Informatie

Welke informatie is te halen uit een lijst met gennamen?


Laten we zeggen dat ik alleen een lijst met gennamen heb. Ik weet dat ze gereguleerd zijn en ik weet dat ze verband houden met kanker.

Welke informatie kan ik verkrijgen door alleen de namen van genen te hebben? Is er bijvoorbeeld een manier om een ​​gen-gen-interactie te vinden, of iets anders? Is het mogelijk om informatie op te halen door alleen de naam van de genen te hebben?


Ik stel voor om de naam te doorzoeken in een betrouwbare genetica-database, zoals NCBI's GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/). Je kunt het gewoon door Google zoeken, maar het kan iets langer duren om op die manier nuttige informatie te vinden.

Ik hoop dat dit helpt en veel succes met je onderzoek,

CDB


Het werd lang in de reacties.

In het licht van uw opmerkingen bent u wellicht geïnteresseerd in Gene-set Enrichment Analysis (GSEA). U kunt een GSEA doen met uw set, de andere komt uit referentiedatabases zoals MSigDB (zie hier). U kunt uw lijst bijvoorbeeld op genfamilies categoriseren met behulp van deze techniek.

U kunt een idee krijgen van welk cellulair proces het meest wordt beïnvloed door de genen in uw lijst en van daaruit proberen enkele conclusies te trekken, maar als waarschuwing: wat u probeert is helemaal niet triviaal. Het zal moeilijk zijn om geldige conclusies te trekken op basis van een eenvoudige lijst van genen, aangezien correlatie niet betekent dat er een oorzakelijk verband is (d.w.z. is het gen gereguleerd vanwege kanker of veroorzaakt het de kanker?)

Om paden te visualiseren, kun je dit bericht op Biostars bekijken. Hiervoor is verschillende software beschikbaar.


Het hangt er van af; van welke soort zijn de genen? Sommige organismen hebben uitgebreid geannoteerde genomen en actief samengestelde soortspecifieke databases, terwijl andere soorten misschien niet eens een referentiegenoomsequentie beschikbaar hebben. Op zichzelf, a priori, als je geluk had, zou alles wat je lijst je zou vertellen, zijn hoe je de namen van die genen spelt - als je geluk hebt. Maar voor een ervaren bio-informaticus kan deze lijst een toegangspoort zijn tot een ontdekking, of een patent, of een publicatie, of een subsidie, hoewel geen van deze zeer waarschijnlijk is.


Probeer ook de lijst door Reactome of String DB te halen om te zien of je toewijzing aan bepaalde paden ziet. http://string-db.org/

U kunt ook lijsten via ConceptGen plaatsen om op ontologie gebaseerde analyses uit te voeren http://portal.ncibi.org/gateway/conceptgen.html


Ervan uitgaande dat elk gensymbool een uniek gen of eiwit vertegenwoordigt (dit is misschien niet waar; zie voor aliassen voor gennamen in bijvoorbeeld het NCBI Entrez-gen), kunt u programmatisch veel informatie krijgen. Hieronder ziet u een voorbeeld met R- en Bioconductor-bronnen.

Definieer uw lijst met genen:

# lijst met gensymbolen, hier concentreren we ons op één. > genen <- "KRAS"

Laad het annotatiepakket org.Hs.eg.db en haal basisinformatie op, inclusief Gene Ontology-ID's:

# annotatiepakket voor menselijke genen. > library(org.Hs.eg.db) # query Entrez gene id, description (GENENAME) and Gene Ontology id (GO) > info <- select(org.Hs.eg.db, keys = genes, keytype = "SYMBOOL ", columns = c("ENTREZID", "GENENAME", "GO")) > head(info) SYMBOOL ENTREZID GENENAME GO BEWIJS 1 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoom viraal oncogeen homoloog GO:0000165 TAS 2 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoom viraal oncogen homoloog GO:0000186 TAS 3 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoom viraal oncogeen homoloog GO:0001934 IMP 4 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoom viraal oncogeen homoloog GO:0005515 IPI 5 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoom viraal oncogeen homoloog GO:0005525 IEA 6 rat KRAS 3845 viraal oncogen homoloog GO:0005737 IDA ONTOLOGY 1 BP 2 BP 3 BP 4 MF 5 MF 6 CC

Laad het GO.db-pakket en haal de term op die is gekoppeld aan de GO-id's (dit geeft informatie over de vermeende functie):

> bibliotheek(GO.db) > info$Term <- Term(GOTERM[info$GO]) > head(info) SYMBOOL ENTREZID GENENAME GO BEWIJS 1 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoom viraal oncogen homoloog GO:0000165 TAS 2 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoom viraal oncogen homoloog GO:0000186 TAS 3 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoom viraal oncogen homoloog GO:0001934 IMP 4 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoom viraal oncogen homoloog GO:0005515 IPI 5 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoom viraal oncogen homoloog EA 6 KRAS 38 I Kirsten-rattensarcoom viraal oncogen homoloog GO:0005737 IDA ONTOLOGY Term 1 BP MAPK-cascade 2 BP-activering van MAPKK-activiteit 3 ​​BP-positieve regulatie van eiwitfosforylering 4 MF-eiwitbinding 5 MF GTP-binding 6 CC

Laad het RefNet-pakket en krijg informatie over op elkaar inwerkende eiwitten:

> bibliotheek (RefNet) > refnet <- RefNet() # deze stap wordt gedownload van AnnotationHub en kan enige tijd duren. > int <- interactions(refnet, species = "9606", id = genen, provider = "BioGrid") # creëer data.frame met Entrez id van eiwitten. > d <- int[,1:2] > d$A <- sub(".*locuslink:(.*)|.*", "1", d$A) > d$B < - sub(".*locuslink:(.*)|.*", "1", d$B) > kop(d) AB 1 3065 3845 2 8841 3845 3 23411 3845 4 1994 3845 5 3845 9770 6 9770 3845

Gebruik het igraph-pakket om de interagerende eiwitten te visualiseren.

> bibliotheek (igraph) > g <- igraph::simplify(graph.data.frame(d, direction = FALSE)) # annoteer de knooppunten met het symbool. > V(g)$label <- select(org.Hs.eg.db, keys = V(g)$name, columns = c("SYMBOL"), )$SYMBOL > plot(g)

Dan zou je de cyclus kunnen herhalen met de samenwerkende partners. Er zijn nog veel meer dingen die u kunt doen, te beginnen met een lijst met symbolen; dit is slechts een kort voorbeeld. Meer gedetailleerde voorbeelden en workflows vindt u hier.


neem de gennamen en kopieer ze allemaal, open vervolgens een online tool genaamd gene mania. plak al je genen op het raam. je krijgt hun interactie en andere gerelateerde genen. Ga nu naar een database genaamd genenkaarten en typ al het gen dat je hebt gekregen van genmanie en plak het een voor een om nuttige informatie over de individuele genen te krijgen. waarvan sommige restrictiesite-informatie, transcriptiefactoren enz.


Genetische informatie en de werkplek

Recente vorderingen in genetisch onderzoek hebben het mogelijk gemaakt om de genetische basis voor ziekten bij de mens te identificeren, waardoor de deur is geopend voor geïndividualiseerde preventiestrategieën en vroege detectie en behandeling. Deze vorderingen houden veel belofte in voor het verbeteren van de gezondheid. Genetische informatie kan echter ook op oneerlijke wijze worden gebruikt om personen op het werk te discrimineren of te stigmatiseren. Mensen kunnen bijvoorbeeld banen of voordelen worden ontzegd omdat ze bepaalde genetische eigenschappen bezitten - zelfs als die eigenschap geen invloed heeft op hun vermogen om het werk te doen. Bovendien, aangezien sommige genetische eigenschappen vaker worden gevonden in specifieke raciale of etnische groepen, zou dergelijke discriminatie deze groepen onevenredig kunnen treffen. Dit rapport laat zien waarom Amerikaanse werknemers federale wetgeving verdienen om hen te beschermen tegen genetische discriminatie op de werkplek.

De belofte van genetische informatie

Ongekende vooruitgang bij het identificeren en begrijpen van de ongeveer 50.000 tot 100.000 genen die het menselijk genoom vormen, biedt wetenschappers de mogelijkheid om strategieën te ontwikkelen om de effecten van genetische ziekten te voorkomen of te verminderen. Wetenschappers hebben aangetoond dat ongecompliceerde erfelijke fouten in onze genen verantwoordelijk zijn voor naar schatting 3.000 tot 4.000 ziekten, waaronder de ziekte van Huntington, cystische fibrose, neurofibromatose en spierdystrofie van Duchenne. Complexere overerving van meerdere genetische fouten kan ook het risico van een individu op het ontwikkelen van veelvoorkomende aandoeningen zoals kanker, hartaandoeningen en diabetes vergroten. Genetische technologieën, zoals eenvoudige DNA-testen, komen steeds meer beschikbaar om mensen te identificeren die een verhoogde kans hebben op het ontwikkelen van een aandoening. De meeste ziekten waarmee Amerikanen worden geconfronteerd, zijn echter niet alleen het gevolg van genetische aanleg, maar van de interactie van genen met omgevingsfactoren, waaronder beroep, dieet en levensstijl. Bijgevolg kunnen genetische tests alleen niet met zekerheid voorspellen of een persoon met een bepaalde genetische fout daadwerkelijk een ziekte zal ontwikkelen.

Met tools van het Human Genome Project wordt bijna elke week een nieuwe genontdekking gerapporteerd. Wetenschappers rapporteerden onlangs bijvoorbeeld de ontdekking van een genetische verandering die, in vroege studies, het risico op darmkanker lijkt te verdubbelen. De genetische verandering, die kan worden geïdentificeerd met een bloedtest van $ 200, komt het meest voor onder Joden van Oost-Europese afkomst. Eenmaal geïdentificeerd, kunnen mensen die deze mutatie dragen regelmatig colononderzoeken gebruiken om kankergroei vroeg op te sporen wanneer deze het gemakkelijkst te behandelen is.

Waar effectieve middelen voor vroege detectie en behandeling zijn vastgesteld, kan kennis van genetische veranderingen iemand helpen om ziekte te voorkomen of de kans op ziekte te verminderen, en in sommige gevallen zelfs de kosten van de gezondheidszorg verminderen. Genetische tests voor hemochromatose, glaucoom en sommige vormen van kanker kunnen het individu bijvoorbeeld waarschuwen om preventieve maatregelen te nemen voordat de ziekte schade veroorzaakt.

Genetische informatie en discriminatie

Er zijn verschillende manieren om genetische informatie te verzamelen. Het kan worden afgeleid uit de medische geschiedenis van een familie of tijdens een lichamelijk onderzoek. Routinematige laboratoriumtests die de productie van specifieke stoffen door het lichaam meten, kunnen ook de genetische samenstelling van het individu suggereren. Maar de meest directe benadering om genetische informatie te verkrijgen is door analyse van DNA, het materiaal waaruit genen zijn opgebouwd. Dergelijke genetische tests identificeren specifieke DNA-kenmerken bij mensen die al een ziekte hebben ontwikkeld, bij gezonde mensen die het risico lopen om later een genetische aandoening te krijgen, of bij mensen die het risico lopen een kind te krijgen met een erfelijke aandoening. Genetische informatie omvat dus informatie over genen, genproducten en overgeërfde kenmerken die afkomstig kunnen zijn van individuen of hun familieleden.

Genetische technologie vergroot het vermogen om gezondheidsstoornissen op te sporen en te voorkomen, maar kan ook worden misbruikt om individuen te discrimineren of te stigmatiseren. Een onderzoek uit 1996 onder personen die het risico liepen een genetische aandoening te ontwikkelen en ouders van kinderen met specifieke genetische aandoeningen identificeerde meer dan 200 gevallen van genetische discriminatie onder de 917 mensen die reageerden. Het ging om discriminatie door verzekeringsmaatschappijen, werkgevers en andere organisaties die genetische informatie gebruiken. Een ander recent onderzoek onder genetische adviseurs, eerstelijnsartsen en patiënten identificeerde 550 mensen aan wie een baan of verzekering was geweigerd op basis van hun genetische aanleg voor een ziekte. Bovendien, omdat de genetische informatie van een individu gevolgen heeft voor zijn of haar familieleden en toekomstige generaties, kan misbruik van genetische informatie intergenerationele effecten hebben die veel breder zijn dan enig individueel incident van misbruik.

Veel Amerikanen zijn terughoudend om te profiteren van nieuwe doorbraken in genetische tests, uit angst dat de resultaten niet zullen worden gebruikt om hun gezondheid te verbeteren, maar eerder om hun banen of ziektekostenverzekering te ontzeggen.

Uit een Harris-enquête onder het grote publiek uit 1995 bleek dat meer dan 85 procent van de ondervraagden aangaf zeer bezorgd of enigszins bezorgd te zijn dat verzekeraars of werkgevers toegang zouden hebben tot genetische informatie en deze zouden gebruiken.

Drieënzestig procent van de deelnemers aan een nationale telefonische enquête in 1997 onder meer dan 1000 mensen meldde dat ze geen genetische tests voor ziekten zouden ondergaan als zorgverzekeraars of werkgevers toegang zouden krijgen tot de resultaten. Vijfentachtig procent vond dat het werkgevers zou moeten worden verboden informatie te verkrijgen over iemands genetische aandoeningen, risico's en aanleg.

Onderzoekers die een meerjarig onderzoek in Pennsylvania uitvoerden om te begrijpen hoe vrouwen met genmutaties voor borstkanker gezond kunnen worden gehouden, meldden dat bijna een derde van de risicovolle vrouwen die waren uitgenodigd om aan het onderzoek deel te nemen, weigerde omdat ze bang waren voor discriminatie of verlies van privacy.

Een ander onderzoek onder 332 mensen die behoorden tot steungroepen voor gezinnen met genetische aandoeningen, vond dat angst voor genetische discriminatie ertoe leidde dat 17 procent van de deelnemers genetische informatie niet aan werkgevers openbaarde.

Bovendien hebben mensen genetische informatie over zichzelf verborgen uit angst voor de effecten van openbaarmaking. Bijvoorbeeld, een 18-jarige man, die het risico liep de ziekte van Huntington te erven van een van zijn ouders, die dienst wilde nemen bij de mariniers om in de Perzische Golfoorlog te dienen, geloofde dat kennis van zijn risicostatus hem zou diskwalificeren van dienst , hoewel het onwaarschijnlijk was dat hij symptomatisch zou worden tijdens zijn dienstplicht. Hij antwoordde daarom "nee" op vragen over erfelijke aandoeningen in zijn aanvraag en nam de ziekte van Huntington niet op in zijn medische familiegeschiedenis. Een andere persoon wiens ouder stierf aan de ZvH koos er ook voor om de waarheid voor zijn werkgever te verbergen. Uit angst voor nadelige gevolgen op het werk als deze doodsoorzaak bekend was, regelde de persoon dat de diagnose verstikking als doodsoorzaak werd vermeld om te voorkomen dat de ziekte in een overlijdensbericht werd vermeld. Angst voor genetische discriminatie en de gevolgen van deze angst zijn gemeld in zowel de wetenschappelijke literatuur als de populaire pers.

Genetische informatie op de werkplek

Op de werkplek kunnen twee soorten genetische tests plaatsvinden: genetische screening en genetische monitoring. Genetische screening onderzoekt de genetische samenstelling van werknemers of sollicitanten op specifieke erfelijke eigenschappen. Het kan worden gebruikt om algemene erfelijke aandoeningen te detecteren die niet geassocieerd zijn met blootstellingen op de werkplek bij werknemers of sollicitanten. Zo gebruikten werkgevers begin jaren zeventig genetische screening om Afro-Amerikanen te identificeren die een genmutatie voor sikkelcelanemie droegen. Degenen die de genmutatie droegen, kregen geen baan, hoewel velen van hen gezond waren en de ziekte nooit zouden krijgen. In deze gevallen vond genetische screening om de sikkelceleigenschap te identificeren vaak plaats zonder de toestemming van de individuen.

Genetische screening kan ook worden gebruikt om de aanwezigheid van genetisch bepaalde eigenschappen te detecteren die een werknemer vatbaar of 'overgevoelig' maken voor een bepaalde ziekte als hij wordt blootgesteld aan specifieke omgevingsfactoren of stoffen die op de werkplek aanwezig kunnen zijn. In theorie kan genetische screening op beroepsrelevante eigenschappen worden gebruikt om werknemers die genetisch vatbaar zijn voor bepaalde beroepsziekten weg te wijzen van schadelijke blootstelling. Er bestaat momenteel echter geen consensus over de validiteit van het wetenschappelijk bewijs of het nut van de genetische tests die zijn gerapporteerd om de gevoeligheid van een persoon voor blootstelling te voorspellen.

Genetische monitoring, een tweede type testen, stelt vast of het genetisch materiaal van een persoon in de loop van de tijd is veranderd als gevolg van blootstelling aan gevaarlijke stoffen op de werkplek. Bewijs van genetische veranderingen in een populatie van werknemers zou kunnen worden gebruikt om werkgebieden aan te pakken voor verhoogde veiligheids- en gezondheidsvoorzorgsmaatregelen en om aan te geven dat de blootstellingsniveaus moeten worden verlaagd voor een groep die is blootgesteld aan een voorheen onbekend gevaar. Het uiteindelijke doel van genetische monitoring is het voorkomen of verminderen van het risico op ziekte veroorzaakt door genetische schade.

Hoewel genetische veranderingen zoals chromosomale schade in verband zijn gebracht met blootstelling aan straling en sommige chemische mutagenen of kankerverwekkende stoffen, is er weinig bekend over welke veranderingen voorspellend zijn voor het daaropvolgende ziekterisico. Er is veel meer onderzoek nodig om de eventuele relatie tussen die veranderingen en het daaropvolgende ziekterisico voor getroffen populaties en individuen vast te stellen. Om deze reden is het gebruik van genetische monitoringresultaten om beslissingen over werkgelegenheid te nemen zelden te rechtvaardigen.

Bovendien kunnen sommige werkgevers genetische tests gebruiken om werknemers te discrimineren - zelfs degenen die nog geen ziekteverschijnselen hebben of nooit zullen vertonen - omdat de werkgevers bang zijn voor de gevolgen voor de kosten. Op basis van genetische informatie kunnen werkgevers proberen werknemers in dienst te nemen waarvan zij denken dat ze waarschijnlijk ziekteverlof zullen nemen, ontslag nemen of vervroegd met pensioen gaan om gezondheidsredenen (waardoor extra kosten ontstaan ​​bij het aanwerven en opleiden van nieuw personeel), een aanvraag indienen voor compensatie van werknemers of gebruik maken van gezondheidswinst te hoog. Uit een onderzoek uit 1989 onder grote bedrijven, particuliere nutsbedrijven en vakbonden bleek dat 5 procent van de 330 organisaties die reageerden genetische screening of monitoring van hun werknemers uitvoerde. Een ander onderzoek uit 1989 onder 400 bedrijven, uitgevoerd door Northwestern National Life Insurance, toonde aan dat 15 procent van de bedrijven tegen het jaar 2000 van plan was de genetische status van toekomstige werknemers en hun gezinsleden te controleren voordat ze werkaanbiedingen deden. Er zijn dus aanwijzingen dat genetische informatie nog steeds wordt gebruikt om gekwalificeerde werknemers te discrimineren. De economische prikkel om te discrimineren op basis van genetische informatie zal waarschijnlijk toenemen naarmate genetisch onderzoek vordert en de kosten van genetische tests afnemen.

Echte mensen - echte discriminatie

Genetische aanleg of aandoeningen kunnen leiden tot discriminatie op de werkplek, zelfs in gevallen waarin werknemers gezond zijn en waarschijnlijk geen ziekte zullen krijgen of waar de genetische aandoening geen invloed heeft op het vermogen om werk te verrichten. Als gevolg hiervan worden echte mensen kansen op werk ontzegd.

Eén persoon werd gescreend en ontdekte dat hij drager was van een enkele mutatie voor de ziekte van Gaucher. Zijn dragerschap geeft aan dat hij deze mutatie misschien aan zijn kinderen zou doorgeven, maar niet dat hij zelf de ziekte van Gaucher zou krijgen. Hij onthulde deze informatie bij het solliciteren naar een baan en werd de baan geweigerd vanwege zijn genetische mutatie, hoewel dit geen invloed had op zijn huidige of toekomstige bekwaamheid om een ​​baan uit te voeren.

Een 53-jarige man onthulde tijdens een sollicitatiegesprek bij een verzekeringsmaatschappij dat hij hemochromatose had maar asymptomatisch was. Tijdens het tweede interview kreeg hij te horen dat het bedrijf geïnteresseerd was om hem in dienst te nemen, maar hem geen ziektekostenverzekering zou kunnen aanbieden vanwege zijn genetische aandoening. Hij stemde in met deze regeling. Tijdens zijn derde interview vertelde de vertegenwoordiger van het bedrijf hem dat ze hem graag in dienst wilden nemen, maar dit niet konden doen vanwege zijn genetische aandoening.

De ouder van een werknemer ontwikkelde de ziekte van Huntington, wat aangeeft dat de werknemer een kans van 50 procent had om het gemuteerde gen te erven waardoor ze de ziekte zou krijgen. Ze besloot zich te laten testen. Een genetisch adviseur adviseerde haar om een ​​levens- en ziektekostenverzekering af te sluiten voordat ze werd getest, omdat een positief testresultaat niet alleen zou betekenen dat ze de ziekte zou krijgen, maar waarschijnlijk ook zou voorkomen dat ze een verzekering zou afsluiten. Een collega die hoorde dat ze afspraken maakte om getest te worden, rapporteerde de gesprekken van de werknemer aan hun baas. Aanvankelijk leek de baas empathisch en bood aan om te helpen. Toen de werknemer uiteindelijk het nieuws deelde dat haar testresultaten aangaven dat ze het gemuteerde gen droeg, werd ze ontslagen van haar baan. In de periode van 8 maanden voorafgaand aan haar beëindiging had ze drie promoties en uitstekende prestatiebeoordelingen ontvangen. Bang door de ervaring van hun zus, is geen van haar broers en zussen bereid om genetische tests te ondergaan uit angst om ziektekostenverzekering of banen te verliezen. Bijgevolg moeten ze leven met de onzekerheid dat ze niet weten of ze de genetische eigenschap hebben geërfd die tot de ZvH leidt.

Inspanningen om het gebruik van genetische informatie op de werkplek te beperken

Er is geen wetenschappelijk bewijs voor een verband tussen niet tot uitdrukking gebrachte genetische factoren en het vermogen van een persoon om zijn of haar werk uit te voeren. Daarom bevelen de meeste deskundigengroepen aan om het gebruik van genetische tests en toegang tot genetische informatie op de werkplek te verbieden of ernstig te beperken. De Council on Ethical and Judicial Affairs van de American Medical Association (AMA) concludeert dat het niet gepast is om werknemers met genetische risico's voor ziekte van de werkplek uit te sluiten vanwege dat risico. In de toekomst erkent de AMA-raad echter dat er in bepaalde situaties een passende maar beperkte rol kan zijn voor genetische tests om werknemers met een genetische vatbaarheid voor beroepsziekten te beschermen wanneer gezondheidsrisico's nauwkeurig kunnen worden voorspeld door de test.

Het National Action Plan on Breast Cancer (NAPBC) en de National Institutes of Health-Department of Energy Working Group on Ethical, Legal and Social Implications of Human Genome Research hebben ook aanbevelingen opgesteld voor nationale en federale beleidsmakers om te beschermen tegen genetische discriminatie in de werkplek. Over het algemeen beperken de aanbevelingen het verzamelen, openbaar maken en gebruiken van genetische informatie en ondersteunen ze een sterke handhaving van deze beperkingen door middel van overheidsinstanties of particulier actierecht. Uitzonderingen worden gemaakt voor mogelijke toekomstige situaties die zich kunnen voordoen als is aangetoond dat testen wetenschappelijk valide is om beroepsrisico's te voorspellen en situaties waarin een persoon niet in staat is om aan de prestatie-eisen van een baan te voldoen.

Bestaande beveiligingen zijn beperkt

Er zijn geen federale wetten die directe en uitgebreide bescherming bieden tegen misbruik bij het verzamelen of gebruiken van genetische informatie op de werkplek. Er zijn incidenteel enkele beschermingen krachtens federale wetten die zijn uitgevaardigd om andere vormen van discriminatie op de werkplek aan te pakken. De incidentele federale bescherming tegen discriminatie op de werkplek op basis van genetische informatie die wel bestaat, is beperkt van opzet en grotendeels niet goed ingeburgerd. Ze zijn niet voldoende om Amerikanen adequate bescherming te bieden tegen genetische discriminatie op de werkplek. Staten blijven wetgeving aannemen als reactie op de groeiende bezorgdheid over het spookbeeld van genetische discriminatie op de werkplek. Bestaande staatswetten verschillen echter in dekking, geboden bescherming en handhavingsregelingen. Federaal leiderschap is nodig om ervoor te zorgen dat alle werknemers worden beschermd tegen discriminatie op basis van genetische informatie.

Federale wetten

De enige federale wet die de kwestie van genetische discriminatie rechtstreeks behandelt, is de 1996 Health Insurance Portability and Accountability Act (HIPAA). HIPAA verbiedt groepsgezondheidsplannen om elke gezondheidsstatusgerelateerde factor, inclusief genetische informatie, te gebruiken als basis voor het weigeren of beperken van het recht op dekking of om een ​​persoon meer aan te rekenen voor dekking. Daarnaast heeft de regering nauw samengewerkt met het Congres aan wetgeving die zou voorkomen dat een verzekeringsmaatschappij of zorgverzekeraar genetische informatie openbaar maakt of een hele ziektekostenverzekering of groep meer in rekening brengt op basis van genetische informatie. Deze inspanningen pakken echter niet de grotere problemen aan van het verzamelen of gebruiken van genetische informatie op de werkplek buiten de zorgverzekeringscontext.

De meest waarschijnlijke huidige bron van bescherming tegen genetische discriminatie op de werkplek wordt geboden door wetten die discriminatie op grond van een handicap verbieden. Titel I van de Americans with Disabilities Act (ADA), afgedwongen door de Equal Employment Opportunity Commission (EEOC), en soortgelijke op handicaps gebaseerde antidiscriminatiewetten, zoals de Rehabilitation Act van 1973, hebben geen expliciete betrekking op genetische informatie, maar ze enige bescherming bieden tegen aan handicaps gerelateerde genetische discriminatie op de werkplek. Volgens de ADA hebben personen met symptomatische genetische handicaps dezelfde bescherming tegen discriminatie als personen met andere handicaps. Naarmate we nieuwe vooruitgang boeken in de genetica, zal deze bescherming echter niet voldoende zijn. Steeds meer mensen zullen kwetsbaar zijn voor genetische discriminatie op basis van niet tot uitdrukking gebrachte genetische aandoeningen die niet vallen binnen de duidelijke discriminatieverboden op basis van handicaps van de ADA.

Bescherming tegen discriminatie op basis van genetische informatie voor degenen die momenteel geen symptomatische genetische handicap hebben, is niet goed ingeburgerd. Personen die momenteel geen symptomatische genetische aandoening hebben en daarom mogelijk niet worden beschermd tegen discriminatie als een momenteel gehandicapte persoon, omvatten niet-aangetaste dragers van een ziekte die de ziekte misschien nooit zelf zullen krijgen, personen met laat optredende genetische aandoeningen die mogelijk worden geïdentificeerd door middel van genetische tests die een hoog risico lopen om de ziekte te ontwikkelen, en anderen van wie via de familiegeschiedenis is vastgesteld dat ze een hoog risico lopen om de ziekte te ontwikkelen.

De EEOC heeft geprobeerd ADA-bescherming te bieden aan personen die geen symptomatische genetische handicaps hebben, maar die mogelijk worden gediscrimineerd op basis van genetische informatie. In 1995 gaf het EEOC handhavingsrichtlijnen uit waarin werd geadviseerd dat een werkgever die nadelige maatregelen tegen een persoon neemt op basis van genetische informatie met betrekking tot ziekte, ziekte of andere aandoeningen, die persoon beschouwt als een persoon met een handicap in de zin van de ADA. De ADA verbiedt discriminatie van een persoon die wordt beschouwd als een persoon met een handicap. De leidraad is echter beperkt in reikwijdte en rechtskracht. Het is een beleidsrichtlijn die niet hetzelfde juridisch bindende effect heeft op een rechtbank als een wet of verordening en die niet in de rechtbank is getoetst. Bovendien zijn veel zaken die zijn gebaseerd op het argument dat een werkgever werknemers heeft gediscrimineerd door hen als gehandicapt te beschouwen, niet goed ontvangen door de rechtbanken.

Bovendien beschermt de ADA werknemers niet tegen vereisten of verzoeken om genetische informatie aan hun werkgevers te verstrekken. Op grond van de ADA mag een werkgever over het algemeen geen medisch onderzoek doen naar een sollicitant voordat een voorwaardelijk arbeidsaanbod wordt verlengd. Echter, zodra een voorwaardelijk arbeidsaanbod is verlengd, maar voordat de persoon begint te werken, kan de werkgever uitgebreide medische informatie over de aanvrager verkrijgen, inclusief genetische informatie. Gedurende deze periode kan een werkgever bijvoorbeeld genetische monsters van sollicitanten verkrijgen en opslaan, genetische screening als arbeidsvoorwaarde eisen of genetische informatie over sollicitanten kopen van een genetische informatiedatabank. Bovendien kan de werkgever, zodra de sollicitant is aangenomen, om medische informatie vragen die verband houdt met het werk en in overeenstemming is met de zakelijke noodzaak.

Het is moeilijk om ervoor te zorgen dat medische informatie niet wordt gebruikt om te discrimineren. Het opsporen van discriminatie op basis van genetische informatie, die eerder op een risico dan op een manifestatie van ziekte wijst, is bijzonder moeilijk. Als gevolg hiervan zou genetische informatie kunnen worden gebruikt om werknemers een baan of kansen te ontzeggen, ongeacht hun vermogen om het werk te doen. Deze zorg is vooral belangrijk vanwege de snelle vooruitgang in genetisch onderzoek. Zo kan in de toekomst genetische informatie die vandaag is verkregen, wijzen op een risicofactor die ten grondslag kan liggen aan discriminatie. Bovendien zou deze informatie ook kunnen worden gebruikt om de gezondheidsrisico's van de gezinsleden van een individu te voorspellen, waardoor het potentieel ontstaat dat genetische informatie kan worden gebruikt om toekomstige generaties werknemers te discrimineren.

Een andere federale wet die incidenteel bescherming kan bieden tegen bepaalde vormen van genetische discriminatie is Titel VII van de Civil Rights Act van 1964. Er zou kunnen worden beweerd dat genetische discriminatie op basis van raciale of etnisch verwante genetische aandoeningen onwettige discriminatie op grond van ras of etniciteit vormt. Bescherming op grond van titel VII is echter alleen beschikbaar wanneer een werkgever een bepaalde raciale of etnische groep discrimineert op basis van een genetische eigenschap die substantieel gerelateerd is aan een ras of etnische groep. Aangezien voor slechts enkele ziekten een sterke band tussen ras of nationale afkomst is vastgesteld, zal titel VII geen effectief instrument zijn om de meeste vormen van genetische discriminatie te bestrijden. Het is dus duidelijk dat de huidige antidiscriminatiewetten de kwestie van genetische discriminatie op het werk niet adequaat aanpakken.

Staatswetten

Een aantal staten heeft de kwestie van genetische discriminatie op het werk aangepakt door middel van staatswetgeving. In oktober 1997 hadden 14 staten wetten aangenomen om bescherming te bieden tegen verschillende vormen van genetische discriminatie op de werkplek. Er zijn grote verschillen tussen deze staatswetten.

Enkele van de eerste staatswetten die werden uitgevaardigd om dit probleem aan te pakken, verboden discriminatie van individuen met specifieke genetische eigenschappen of aandoeningen, zoals de sikkelcel-eigenschap (Florida en Louisiana) of de hemoglobine-eigenschap (North Carolina). Latere wetten hebben betrekking op bredere categorieën van genetische eigenschappen en aandoeningen. Een statuut van New Jersey uit 1981 (later uitgebreid) verbiedt bijvoorbeeld discriminatie op het werk op basis van een 'atypische erfelijke cel- of bloedeigenschap', en een wet in New York verbiedt werkgevers gelijke arbeidskansen te ontzeggen op basis van 'unieke genetische aandoeningen'.

Andere staatswetten regelen zowel het gebruik van genetische tests bij arbeidsbeslissingen als de openbaarmaking van genetische testresultaten. Deze staatswetten verbieden over het algemeen werkgevers om van werknemers en sollicitanten te eisen dat ze genetische tests ondergaan als arbeidsvoorwaarde.

De staatswet van Oregon verbiedt werkgevers bijvoorbeeld genetische informatie te gebruiken om onderscheid te maken tussen sollicitanten en werknemers of om deze te discrimineren, en verbiedt werkgevers om sollicitanten en werknemers aan genetische tests te onderwerpen. Een onlangs aangenomen wet in Texas verbiedt werkgevers, arbeidsorganisaties, vergunningverlenende instanties en arbeidsbureaus om personen te discrimineren op basis van de resultaten van een genetische test of vanwege de weigering van de persoon om zich aan genetische tests te onderwerpen.

Sommige staten staan ​​genetische tests toe wanneer de werknemer of sollicitant daarom verzoekt om de schadevergoedingsclaim van een werknemer te onderzoeken of de gevoeligheid van de werknemer voor potentieel giftige chemicaliën op de werkplek vast te stellen. Deze statuten vereisen vaak dat de werknemer geïnformeerde schriftelijke toestemming geeft voor dergelijke tests en bevatten specifieke beperkingen voor openbaarmaking en voorkomen dat de werkgever nadelige maatregelen neemt tegen de werknemer.

Gezien de aanzienlijke lacunes in de staats- en federale bescherming tegen discriminatie op het werk op basis van genetische informatie, is uitgebreide federale wetgeving nodig om ervoor te zorgen dat de vooruitgang in genetische technologie en onderzoek wordt gebruikt om de gezondheidsbehoeften van de natie aan te pakken - en niet om individuen werkgelegenheidskansen en voordelen. Federale wetgeving zou minimale bescherming bieden die zou kunnen worden aangevuld door staatswetten.

De noodzaak van federale bescherming is door het Congres erkend met de invoering van talrijke wetsvoorstellen met steun van twee partijen. Er zijn drie op zichzelf staande wetsvoorstellen ingediend die bestaande burgerrechten- of arbeidswetten wijzigen om werknemers te beschermen tegen discriminatie op het werk op basis van genetische informatie (S. 1045, Sen. Daschle H.R. 2275, Rep. Lowey H.R. 2215, Rep. Kennedy). Er zijn twee aanvullende wetsvoorstellen ingediend die bescherming van werknemers omvatten tegen discriminatie op basis van genetische informatie, als onderdeel van bredere voorstellen over het gebruik van genetische informatie (S. 422, Sen. Domenici H.R. 2198, Rep. Stearns).

Guiding Principles for Federal Action

Federal legislation is needed to ensure that knowledge gained from genetic research is fully utilized to improve the health of Americans and not to discriminate against workers. This legislation should provide a floor or minimum level of protection and allow existing state laws to provide greater protection. Workers should not be forced to avoid tests that can help prevent disease because of fear of discrimination. At the same time, we must preserve the ability of scientists to continue the research, including studies of occupational health and safety, that is so vital to expanding our knowledge of genetics and health.

The Administration proposes that Congress pass a law to ensure that discoveries made possible by the Human Genome Project are used to improve health and not to discriminate against workers or their families. Legislation generally should include the following basic protections against misuse of genetic information in the workplace.

Employers should not require or request that employees or potential employees take a genetic test or provide genetic information as a condition of employment or benefits. Employers should not use genetic information to discriminate against, limit, segregate, or classify employees in a way that would deprive them of employment opportunities.

Employers should not obtain or disclose genetic information about employees or potential employees under most circumstances.

Genetic testing and the use of genetic information by employers should be permitted in the following situations to ensure workplace safety and health and to preserve research opportunities. However, in all cases where genetic information about employees is obtained, the information should be maintained in medical files that are kept separate from personnel files, treated as confidential medical records, and protected by applicable state and federal laws.

An employer should be permitted to monitor employees for the effects of a particular substance found in the workplace to which continued exposure could cause genetic damage under certain circumstances. Informed consent and assurance of confidentiality should be required. In addition, employers may only use the results to identify and control adverse conditions in the workplace and to take action necessary to prevent significant risk of substantial harm to the employee or others.

The statutory authority of a federal agency or contractor to promulgate regulations, enforce workplace safety and health laws, or conduct occupational or other health research should not be limited.

An employer should be able to disclose genetic information for research and other purposes with the written, informed consent of the individual.

These recommendations should apply to public and private-sector employers, unions, and labor-management groups that conduct joint apprenticeship and other training programs. Employment agencies and licensing agencies that issue licenses, certificates, and other credentials required to engage in various professions and occupations also should be covered.

Individuals who believe they have been subjected to workplace discrimination based on genetic information should be able to file a charge with the Equal Employment Opportunity Commission, Department of Labor, or other appropriate federal agency for investigation and resolution. The designated agency should be authorized to bring lawsuits in the federal courts to resolve those issues that would not settle amicably. The courts should have the authority to halt the violations and order relief, such as hiring, promotion, back pay, and compensatory and punitive damages, to the individual. Alternatively, an individual should be able to elect to bring a private lawsuit in federal or state court to obtain the same type of relief plus reasonable costs and attorney's fees. In order to enforce these protections, the designated enforcement agency must be given sufficient additional resources to investigate and prosecute allegations of discrimination.


Which information can be obtained from a list of gene names? - Biologie

miRWalk is an improved version of the previous database (i.e. miRWalk). The new version of miRWalk stores predicted data obtained with a maschine learning algorithm including experimentally verified miRNA-target interactions. The focus lies on accuracy, simplicity, user-friendly design and mostly up to date informations. More information can be obtained under Frequently Asked Questions.

Search for a single gene or miRNA

miRNAs: miRNA names (e.g. hsa-miR-214-3p) or Accession numbers (e.g. MIMAT0000271) based on current miRBase. While searching single miRNAs, also short names or family miRNA(e.g. let-7) belongs to several miRNAs are also acceptible. A list of miRNAs will be shown. mRNAs: Official Genesymbols (e.g. GAS2), EntrezIDs (e.g. 10608), Ensembl-IDs (e.g. ENSG00000148935 or ENST00000454584) and RefseqIDs (e.g. NM_001143830) were accepted.

Target Mining

The Target Mining page provides an advanced search option for several miRNAs or gene targets. You may provide your own miRNA or gene list. Alternatively, you may choose the pre-compiled pathway gene list from the page [not implemented yet]. When searching for miRNA gene targets, full mature miRNA names are required. For the search of miRNA regulators, you may provide either NCBI gene IDs or official gene symbols.


Alleles for the straight thumb and the bent pinky are dominant, while those for the bent thumb and the straight pinky are recessive. Some people have hair on the mid-digit of their fingers. This trait is the result of a dominant allele. If your second toe is longer than your big toe it was passed along through a dominant allele.

Parents with a tendency toward allergies have a 25 percent chance that their children will also have allergies. If both parents have allergies the chance goes up to 50 percent. Some traits are sex linked and carried on the X and Y chromosomes. The color blindness trait is a recessive allele carried on the X chromosome, and since women have two X chromosomes they rarely have this condition.


Which information can be obtained from a list of gene names? - Biologie

Primary information of p53 gene

p53 was identified in 1979 by Arnold Levine,David Lane and William Old,working at Princeton University, Dundee University (UK) and Sloan-Kettering Memorial Hospital, respectively. It had been hypothesized to exist before as the target of the SV40 virus, a strain that induced development of tumors.Although it was initially presumed to be an oncogene, its character as a tumor suppressor gene was revealed in 1989.In 1993, p53 protein has been voted molecule of the year by the Science magazine

The p53 protein is a phosphoprotein made of 393 amino acids. It consists of four units (or domains):

A domain that activates transcription factors.

A domain that recognizes specific DNA sequences (core domain).

A domain that is responsible for the tetramerization of the protein.

A domain that recognized damaged DNA, such as misaligned base pairs or single-stranded DNA.


Wild-type p53 is a labile protein, comprising folded and unstructured regions which function in a synergistic

manner (Bell et al. 2002).p53 protein has been voted molecule of the year.

It plays an important role in cell cycle control and apoptosis. Defective p53 could allow abnormal cells to proliferate, resulting in cancer. As many as 50% of all human tumors contain p53 mutants.

In normal cells, the p53 protein level is low. DNA damage and other stress signals may trigger the increase of p53 proteins, which have three major functions: growth arrest, DNA repair en apoptose (cell death). The growth arrest stops the progression of cell cycle, preventing replication of damaged DNA. During the growth arrest, p53 may activate the transcription of proteins involved in DNA repair. Apoptosis is the "last resort" to avoid proliferation of cells containing abnormal DNA.

The cellular concentration of p53 must be tightly regulated. While it can suppress tumors, high level of p53 may accelerate the aging process by excessive apoptosis. The major regulator of p53 is Mdm2, which can trigger the degradation of p53 by the ubiquitin system.

p53 is a transcriptional activator, regulating the expression of Mdm2 (for its own regulation) and the genes involved in growth arrest, DNA repair and apoptosis. Some important examples are listed below.

    1. Growth arrest: p21, Gadd45, and 14-3-3 s.
    2. DNA repair: p53R2.
    3. Apoptosis: Bax, Apaf-1, PUMA and NoxA.

    As mentioned above, p53 is mainly regulated by Mdm2. The regulation mechanism is illustrated in the following figure.

    Figure 1.0. Regulation of p53.

    (een) Expression of Mdm2 is activated by p53.

    (B) Binding of p53 by Mdm2 can trigger the degradation of p53 via the ubiquitin system.

    (C) Phosphorylation of p53 at Ser15, Thr18 or Ser20 will disrupt its binding with Mdm2. In normal cells, these three residues are not phosphorylated, and p53 is maintained at low level by Mdm2.

    The roles of p53 in growth arrest and apoptosis are illustrated in Figure 4-H-6. p53 is also directly involved in DNA repair. One of its transcriptional target gene, p53R2, encodes ribonucleotide reductase, which is important for both DNA replication and repair. p53 also interacts directly with AP endonuclease and DNA polymerase which are involved in base excision repair.

    Figure 2.0 . The roles of p53 in growth arrest and apoptosis.

    (een) The cell cycle progression into the S phase requires the enzyme Cdk2, which can be inhibited by p21. The progression into the M phase requires Cdc2 which can be inhibited by p21, GADD45 or 14-3-3 s. p53 regulates the expression of these inhibitory proteins to induce growth arrest.

    (B) Apoptosis can be induced by the binding of Caspase 9 to cytochrome c and Apaf1. p53 may activate the expression of Apaf1 and Bax. The latter can then stimulate the release of cytochrome c from mitochondria (see Mitochondria, Apoptosis and Aging).

    If the p53 gene is damaged, tumor suppression is severely reduced. People who inherit only one functional copy of p53 will most likely develop tumors in early adulthood, a disease known as Li-Fraumeni syndrome. p53 can also be damaged in cells by mutagens (chemicals, radiation or viruses), increasing the likelihood that the cell will begin uncontrolled division. More than 50 percent of human tumors contain a mutation or deletion of the p53 gene.

    In health p53 is continually produced and degraded in the cell. The degradation of p53 is, as mentioned, associated with MDM-2 binding. In a negative feedback loop MDM-2 is itself induced by p53. However mutant p53s often don't induce MDM-2, and are thus able to accumulate at very high concentrations. Worse, mutant p53 protein itself can inhibit normal p53 (Blagosklonny, 2002).

    7. POTENTIAL THERAPEUTIC USE

    In-vitro introduction of p53 in to p53-deficient cells has been shown to cause rapid death of cancer cells or prevention of further division. It is more these acute effects which hopes rest upon therapeutically (McCormick F, 2001). The rationale for developing therapeutics targeting p53 is that "the most effective way of destroying a network is to attack its most connected nodes". P53 is extremely well connected (in network terminology it is a hub) and knocking it out cripples the normal functioning of the cell. This can be seen as 50% of cancers have missense point mutations in the p53 gene, these mutations impair its anti-cancer gene inducing effects. Restoring its function would be a major step in curing many cancers (Vogelstein et al 2000).

    Various strategies have been proposed to restore p53 function in cancer cells (Blagosklonny,2002).A number of groups have found molecules which appear to restore proper tumour suppressor activity of p53 in vitro. These work by altering the conformation of mutant conformation of p53 back to an active form. So far, no molecules have shown to induce biological responses, but some may be lead compounds for more biologically active agents. A promising target for anti-cancer drugs is the molecular chaperone Hsp90, which interacts with p53 in vivo.

    Adenoviruses rely on their host cells to replicate, they do this by secreting proteins which compel the host to replicate the viral DNA. Adenoviruses have been implicated in cancer-causing diseases, but in a twist it is now modified viruses which are being used in cancer therapy. ONYX-015 (dl1520, CI-1042) is a modified adenovirus which selectively replicates in p53-deficient cancer cells but not normal cells (Bischoff, 1996). It is modified from a virus that expresses the early region protein, E1B, which binds to and inactivates p53. P53 suppression is necessary for the virus to replicate. In the modified version of the virus E1B has been deleted. It was hoped that the viruses would select tumour cells, replicate and spread to other surrounding malignant tissue thus increasing distribution and efficacy. The cells which the adenovirus replicates in are lysed and so the tumour dies.

    Preclinical trials using the ONYX-015 virus on mice were promising however clinical trials have been less so. No objective responses have been seen except when the virus was used in combination with chemotherapy (McCormick, 2001). This may be due to the discovery that E1B has been found to have other functions vital to the virus. Additionally its specificity has been undermined by findings showing that the virus is able replicate in some cells with wild-type p53. The failure of the virus to produce clinical benefits may in large part be due to extensive fibrotic tissue hindering virus distribution around the tumour (McCormick, 2001).

      Bates S, Phillips AC, Clark PA, Stott F, Peters G, Ludwig RL, Vousden KH. (1998) p14ARF links the tumour suppressors RB and p53. Nature 395:124-125

    Bell S, Klein C, Muller L, Hansen S, Buchner J. (2002). p53 contains large unstructured regions in its native state. J Mol Biol, 322:917-927

    Bischoff JR, Kirn DH, Williams A, Heise C, Horn S, Muna M, Ng L, Nye JA, Sampson-Johannes A, Fattaey A, McCormick F. (1996). An adenovirus mutant that replicates selectively in p53-deficient human tumor cells. Science, 274:373-376

    Blagosklonny, MV. (2002). P53: An ubiquitous target of anticancer drugs. International Journal of Cancer, 98:161-166

    McCormick F. (2001). Cancer gene therapy: fringe or cutting edge? Nat Rev Cancer, 1:130-141

    Strachan T, Read AP. (1999). Human Molecular Genetics 2. Ch. 18, Cancer Genetics

    Vogelstein B, Lane D, Levine AJ. (2000). Surfing the p53 network. Nature, 408:307-310


    Which information can be obtained from a list of gene names? - Biologie

    • All MGI Reports
    • Batch Query
    • Genes & Markers
    • Sequence Data
    • Vertebrate Homology
    • Gene Ontology Data
    • Strains & Polymorphisms
    • Genexpressie
    • Phenotypic Data
    • Recombinase (cre)
    • Nomenclatuur
    • Referenties
    • Clone Collections
    • DNA Mapping Panels
    • More Resources Index
    • Research Community E-mail Lists
    • Online Books
    • Nomenclature Home Page
    • MGI Glossary
    • Prototype Tools
    • Mouse Phenome Database (MPD)
    • Deltagen and Lexicon Knockout Mice
    • International Mouse Phenotyping Consortium (IMPC)
    • Deciphering the Mechanisms of Developmental Disorders (DMDD)
    • Contributed Data Sets
    • Community Links

    Voor Mus musculus Build GRCm39 patch information and statistics, see The Genome Reference Consortium web site. MGI now incorporates strain genome data of de novo sequenced mouse strains from the Wellcome Sanger Institute's Mouse Genomes Project (MGP) and the European Bioinformatics Institute (EBI). Genome feature annotations are provided by the GENCODE consortium, the University of California Santa Cruz (UCSC) Genome Browser Group and the Mouse Genomes Project. Browse strain genome features using the Multiple Genome Viewer (MGV).

    MGI contains information about mouse genes, DNA segments, cytogenetic markers and QTLs. Each record may include the marker symbol, name, other names or symbols and synonyms, nomenclature history, alleles, STSs, chromosomal assignment, centimorgan location, cytogenetic band, EC number (for enzymes), phenotypic classifications, human disease data, Gene Ontology (GO) terms, MGI accession IDs and supporting references. See Interpreting a Genes and Markers Summary and Interpreting Gene Details for more information about the content of the display of a marker record as it appears in the query results.

    MGI contains a variety of maps and mapping data. Users can create graphical displays of genome features on the mouse genome using the JBrowse Genome Browser. A variety of types of Genetic Mapping Data are available from marker detail pages, including data from genetic linkage crosses, cytogenetic localization, recombinant inbred and recombinant congenic strains, and radiation hybrid mapping.


    Regulation of the Cell Cycle at Internal Checkpoints

    The cell cycle is controlled by three internal checkpoints that evaluate the condition of the genetic information.

    Leerdoelen

    Explain the effects of internal checkpoints on the regulation of the cell cycle

    Belangrijkste leerpunten

    Belangrijkste punten

    • A checkpoint is one of several points in the eukaryotic cell cycle at which the progression of a cell to the next stage in the cycle can be halted until conditions are favorable.
    • Damage to DNA and other external factors are evaluated at the G1 checkpoint if conditions are inadequate, the cell will not be allowed to continue to the S phase of interphase.
    • The G2 checkpoint ensures all of the chromosomes have been replicated and that the replicated DNA is not damaged before cell enters mitosis.
    • The M checkpoint determines whether all the sister chromatids are correctly attached to the spindle microtubules before the cell enters the irreversible anaphase stage.

    Sleutelbegrippen

    • restriction point: (G1 checkpoint) a point in the animal cell cycle at which the cell becomes “committed” to the cell cycle, which is determined by external factors and signals
    • spindle checkpoint: (M checkpoint) prevents separation of the duplicated chromosomes until each chromosome is properly attached to the spindle apparatus
    • cyclin: any of a group of proteins that regulates the cell cycle by forming a complex with kinases
    • G2 checkpoint: ensures all of the chromosomes have been replicated and that the replicated DNA is not damaged

    Regulation at Internal Checkpoints

    It is essential that the daughter cells are exact duplicates of the parent cell. Mistakes in the duplication or distribution of the chromosomes lead to mutations that may be passed forward to every new cell produced from an abnormal cell. To prevent a compromised cell from continuing to divide, internal control mechanisms operate at three main cell cycle checkpoints. A checkpoint is one of several points in the eukaryotic cell cycle at which the progression of a cell to the next stage in the cycle can be halted until conditions are favorable (e.g. the DNA is repaired). Deze checkpoints vinden plaats aan het einde van G1, bij de G2/M transition, and during metaphase.

    Internal Checkpoints During the Cell Cycle: The cell cycle is controlled at three checkpoints. The integrity of the DNA is assessed at the G1 checkpoint. Proper chromosome duplication is assessed at the G2 checkpoint. Bevestiging van elke kinetochoor aan een spindelvezel wordt beoordeeld op het M-controlepunt.

    De G1 Controlepunt

    De G1 checkpoint determines whether all conditions are favorable for cell division to proceed. De G1 checkpoint, also called the restriction point (in yeast), is a point at which the cell irreversibly commits to the cell division process. External influences, such as growth factors, play a large role in carrying the cell past the G1 controlepunt. The cell will only pass the checkpoint if it is an appropriate size and has adequate energy reserves. At this point, the cell also checks for DNA damage. A cell that does not meet all the requirements will not progress to the S phase. The cell can halt the cycle and attempt to remedy the problematic condition, or the cell can advance into G0 (inactive) phase and await further signals when conditions improve.

    If a cell meets the requirements for the G1 checkpoint, the cell will enter S phase and begin DNA replication. This transition, as with all of the major checkpoint transitions in the cell cycle, is signaled by cyclins and cyclin dependent kinases (CDKs). Cyclins are cell-signaling molecules that regulate the cell cycle.

    De G2 Controlepunt

    De G2 checkpoint bars entry into the mitotic phase if certain conditions are not met. As with the G1 checkpoint, celgrootte en eiwitreserves worden beoordeeld. De belangrijkste rol van de G2 checkpoint is to ensure that all of the chromosomes have been accurately replicated without mistakes or damage. If the checkpoint mechanisms detect problems with the DNA, the cell cycle is halted and the cell attempts to either complete DNA replication or repair the damaged DNA. If the DNA has been correctly replicated, cyclin dependent kinases (CDKs) signal the beginning of mitotic cell division.

    The M Checkpoint

    Het M-controlepunt vindt plaats aan het einde van de metafasefase van de mitose. The M checkpoint is also known as the spindle checkpoint because it determines whether all the sister chromatids are correctly attached to the spindle microtubules. Because the separation of the sister chromatids during anaphase is an irreversible step, the cycle will not proceed until the kinetochores of each pair of sister chromatids are firmly anchored to at least two spindle fibers arising from opposite poles of the cell.


    Which information can be obtained from a list of gene names? - Biologie

    NC-IUPHAR (the International Union of Basic and Clinical Pharmacology Committee on Receptor Nomenclature and Drug Classification) issues guidelines for the nomenclature and classification of (human) biological targets, including the targets of current and future prescription medicines. NC-IUPHAR also works to facilitate the interface between the discovery of new sequences from the Human Genome Project and the designation of the derived entities as functional biological targets and potential drug targets.

    NC-IUPHAR has established close links with the HUGO Gene Nomenclature Committee (HGNC), which attributes human gene names the International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC), to standardise correct use of drug names and the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) to collaborate on receptor-related enzyme nomenclature.

    NC-IUPHAR publishes official nomenclature reports, reviews and other articles on various topics [list of publications] and maintains an online database (IUPHAR-DB, now available through the Guide to PHARMACOLOGY: http://www.guidetopharmacology.org) giving peer-reviewed pharmacological, chemical, genetic, functional and anatomical information on pharmacologically-important receptors, ion channels, enzymes, transporters and other proteins encoded by the human, rat and mouse genomes.

    A letter of guidance to journal editors can be downloaded here: IUPHARlettertoeditors.pdf

    The following are links to relevant NC-IUPHAR pages and publications describing receptor nomenclature.

    G Protein-Coupled Receptors

    IUPHAR GPCR nomenclature available from the GPCR list.

    Voltage-gated Ion Channels

    IUPHAR VGIC nomenclature available from the VGIC list.

    Click here to access articles in the IUPHAR VGIC compendium.

    Ligand-gated Ion Channels

    The nomenclature of ligand-gated ion channels and their subunits has recently been re-examined by NC-IUPHAR. Their revised recommendations for nomenclature are summarised here.

    IUPHAR LGIC nomenclature published in

    • Collingridge GL, Olsen RW, Peters J, Spedding M. (2009)
      A nomenclature for ligand-gated ion channels. Neuropharmacology.56 (1): 2-5 [Full Text]

    Nuclear Hormone Receptors

    IUPHAR NHR nomenclature published in

    • Germain P, Staels B, Dacquet C, Spedding M, Laudet V. (2006)
      Overview of Nomenclature of Nuclear Receptors. Pharmacol Rev.58 (4): 685-704 [PDF][Full Text]

    Click here to access articles in the IUPHAR NHR compendium.

    Guidelines for nomenclature of new receptor subtypes

    • Vanhoutte PM, Humphrey, PPA, Spedding, M. (1996)
      Internationale Unie voor Farmacologie. XI. Recommendations for nomenclature of new receptor subtypes. Pharmacol Rev.48 (1): 1-2 [PDF]

    Recommendations on terms and symbols in quantitative pharmacology

    • Neubig RR, Spedding M, Kenakin T, Christopoulos A. (2003)
      International Union of Pharmacology Committee on Receptor Nomenclature and Drug Classification. XXXVIII. Update on terms and symbols in quantitative pharmacology. Pharmacol Rev.55 (4): 597-606 [PDF][Full Text]

    Further information and advice concerning the nomenclature of existing and newly discovered receptors and ion channels may be obtained by emailing us.

    />
    This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License


    Which information can be obtained from a list of gene names? - Biologie

    Uw winkelmandje is momenteel leeg. i <p>Als u door verschillende UniProt-eiwitten bladert, kunt u de 'mand' gebruiken om ze op te slaan, zodat u ze later kunt terugvinden of analyseren.<p><a href='/help/basket' target='_top'> Meer. </a></p>

    Selecteer item(s) en klik op "Toevoegen aan winkelmandje" om hier je eigen collectie aan te maken
    (maximaal 400 inzendingen)

    Genontologie (GO)

    Last modified April 10, 2018

    The Gene Ontology (GO) project provides a set of hierarchical controlled vocabulary split into 3 categories:

    UniProtKB lists selected terms derived from the GO project. The GO terms derived from the 'Biological process' and Molecular function' categories are listed in the 'Function' section the GO terms derived from the 'Cellular component' category are listed in the 'Subcellular location' section.

    GO terms can be manually or electronically assigned to a UniProtKB entry:

    • Manually assigned GO terms found in UniProtKB/Swiss-Prot are associated with one of 15 GO evidence codes, as well as with a link to the relevant publication, when available. These GO annotations are tagged with a yellow source/evidence label.
    • Electronically assigned GO terms are found in UniProtKB/TrEMBL, but to some extent also in UniProtKB/Swiss-Prot, and are associated with the GO evidence code 'IEA', which means 'inferred from electronic annotation'. These GO annotations are tagged with a blue source/evidence label.

    Note that many UniProtKB keywords are manually mapped to GO terms (see document 'Controlled vocabulary of keywords'), but the resulting GO annotations in UniProtKB appear with a blue label as "inferred from electronic annotation".


    How to Find Information

    No matter how you do your background research, record your sources and take good notes as you go. Your teacher may be able to offer you some tips.

    Library Research

    One of the most valuable resources at the library is not a book, but a person. Public librarians, college librarians and certified school librarians are specially trained to teach information literacy. Librarians are excellent sources for organizing research, for teaching how to search, how to read and use citations, how to narrow down web searches, and how to winnow out the good from the bad. Many public libraries also have virtual reference services, where a client can online chat, email or talk on the phone with a reference librarian. So, be smart talk to your librarian.

    Often the best place to start your background research is by looking up your keywords in an encyclopedia, dictionary, or textbook. Your library may have specialized dictionaries for different topics like science, sports, music, and so on, which offer more complete information than a regular dictionary. Ask your reference librarian to help you.

    "Read the background information and note any useful sources (books, journals, magazines, etc.) listed in the bibliography at the end of the encyclopedia article or dictionary entry. The sources cited in the bibliography are good starting points for further research. By using this technique of routinely following up on sources cited in bibliographies, you can generate a surprisingly large number of books and articles on your topic in a relatively short time" (Engle 2003).

    You can also check the subject headings of books and articles as you look them up in the library catalog. Check to see if other books in the same subject area contain relevant information.

    Periodicals are printed material like magazines and newspapers. Depending on your topic, they may also contain useful information. You can look up your keywords in a printed index such as the Reader's Guide to Periodical Literature, which covers popular magazines. Your library may have a number of periodical indexes in both printed and online forms. Check with your reference librarian.

    One little-known fact about public libraries is that they often pay for online resources that are generally inaccessible to the public. Using computers at the library, or sometimes by logging on at home with your library card number, you can gain access to information unattainable in any other way.

    In addition, branch libraries are part of a larger library system. Although your neighborhood library may be physically tiny, it has access to all the resources of the whole city or county library system. Interlibrary loans of books and documents is also possible. Many libraries have loan agreements with other libraries out of county, out of state or out of country. Tell your librarian the book you want and he or she can probably obtain it for you.

    Internet Research

    There are two primary ways to search for information on the Internet. The first is to use a search engine such as Google or Bing. Search engines try to index everything on the Internet.

    The second way to search is using a subject portal. Subject portals list just a small portion of the information on the Internet, but the sites listed have been checked for relevance. There are science portals from several national governments including:

      (United States)
    • WorldWideScience.org (International)
    • Department of Industry, Science, Energy and Resources (Australia)
    • NRC National Science Library (Canada)
    • Science (Canada)
    • Denmark's Electronic Research Library (DEFF) (Denmark)
    • Center for Resources and Information on Multimedia for Higher Instruction (CERIMES) (France)
    • German National Library of Science and Technology (TIB) (Germany)
    • Japan Science and Technology Agency (JST) (Japan) (Korea)

    You can begin by entering your keywords one at a time to search for information in search engines and subject portals however, this will probably bring up too much irrelevant information. See "Finding Too Much or Too Little Information" below for how to improve your search results.

    If you want some advanced tips on using the Internet to find information, the Evaluating Resources guide from the Library at the University of California, Berkeley is an excellent resource.

    Before you begin Internet research, review internet safety with your parents.

    • Email addresses, user account names, and screen names should never include your name, birthday, name of your school, or any combination of personally identifiable information.
    • Don't assume your posts are private. It's possible for search engines to pick up the information you post. If you publish photos or links to private websites on your blog, you also reduce your level of protection. Check out your blog host's setting options to find out if you can turn off some of these features, and be cautious of what you post on your blog.
    • Never allow a stranger to join a buddy list, a chat, or an IM conversation.

    Finding Too Much or Too Little Information

    If you are finding too much information, for example pages and pages of irrelevant hits on Google or a periodical index, you need to narrow your search. You can narrow your search by borrowing some of the terms in your research questions. For example, let's imagine that searching on "milk" brings up too much irrelevant information about cows. Here are the research questions we listed having to do with milk:

    • What is the composition of milk, Pepsi, and water?
    • What are the properties and characteristics of milk, Pepsi, and water?

    This will narrow your search, and hopefully give your more relevant results.

    If you aren't finding enough information, you need to simplify your search. Let's imagine that searching on "measuring spiciness" isn't finding what you want. Try searching on:

    Most online search engines and periodical guides have instructions about how to narrow and broaden searches. Google also provides tips for using the Google search engine.

    Too Complicated or Too "Babyish" Information

    Sometimes the information you find will be relevant, but either too complicated given your science background or too babyish. This is a problem that we all experience. Just keep looking and ask for advice if you're really stuck.

    Your Goal

    Never forget, the goal of your searching is to find information to answer the research questions you asked about your topic. Don't stop looking until you have sources that will answer your questions! Be sure to ask for help from mentors, parents, and teachers if you're having trouble.