Informatie

9.8: Oefening 3 - BLASTP gebruiken - Biologie


  1. Stuur uw browser naar de NCBI BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov). Kies Protein BLAST.
  2. Voer het NP_-nummer in voor S. cerevisiae eiwit (hoofdstuk 5) dat je groep bestudeert.
  3. Kies de records die moeten worden doorzocht. Selecteer voor de database referentie-eiwitten. Voor de

    organisme, type Schizosaccharomyces pombe. (Dit is taxid 4896 uit de vervolgkeuzelijst.)

  4. Vouw de algoritmeparameters onder aan de pagina uit. We gebruiken de standaardwaarden voor de woordgrootte (=3), drempelwaarde (=10) en een gap penalty (=11). Er kan gezocht worden

    strenger door de woordgrootte, drempelwaarde of gap penalty te vergroten. De zoektocht zou kunnen

    minder streng worden gemaakt door deze waarden te verlagen.

  5. Klik op BLAST en wacht tot de resultaten verschijnen.
  6. Analyseer de resultatenpagina:
  • De grafische samenvatting bovenaan geeft je direct een overzicht over de omvang en sterkte van de match met S. pombé sequenties. Kleuren worden gebruikt om uitlijningen met verschillende reeksen bitscores te onderscheiden. De bovenste regel geeft een overeenkomst weer tussen de S. cerevisiaeMetp-eiwit en zijn dichtstbijzijnde S. pombé ortholoog. Er kunnen kortere en minder significante overeenkomsten zijn met andere S. pombé eiwit sequenties.
  • De samenvattingstabel levert de numerieke gegevens. Overeenkomsten met een E-waarde van 1E-10 of minder en totaalscores boven 100 zijn waarschijnlijk significant.
  • Cursor naar beneden om de werkelijke te zien uitlijning tussen de sequenties. Streepjes zijn ingevoerd om ofwel de S. cerevisiae of S. pombé volgorde waarin hiaten de uitlijning onderbreken. De middelste rij vat de homologie tussen de eiwitsequenties samen. Als een aminozuur is geconserveerd tussen de twee soorten, wordt de 1-letterige code weergegeven. Plustekens duiden op conservatieve vervangingen, d.w.z. substituties met BLOSUM-waarden van 1 of meer.
  • Klik op de link naar het NP_ record voor de S. Zoek het EG-nummer. Is het EG-nummer van de S. pombé eiwit hetzelfde als zijn S. cerevisiae ortholoog? Als dat zo is, katalyseren de twee eiwitten dezelfde reactie.

9.8: Oefening 3 - BLASTP gebruiken - Biologie

Alle door MDPI gepubliceerde artikelen worden direct wereldwijd beschikbaar gesteld onder een open access licentie. Er is geen speciale toestemming nodig om het door MDPI gepubliceerde artikel geheel of gedeeltelijk te hergebruiken, inclusief figuren en tabellen. Voor artikelen die zijn gepubliceerd onder een open access Creative Common CC BY-licentie, mag elk deel van het artikel zonder toestemming worden hergebruikt, op voorwaarde dat het originele artikel duidelijk wordt geciteerd.

Feature Papers vertegenwoordigen het meest geavanceerde onderzoek met een aanzienlijk potentieel voor grote impact in het veld. Feature Papers worden ingediend op individuele uitnodiging of aanbeveling door de wetenschappelijke redacteuren en ondergaan peer review voorafgaand aan publicatie.

De Feature Paper kan ofwel een origineel onderzoeksartikel zijn, een substantiële nieuwe onderzoeksstudie waarbij vaak verschillende technieken of benaderingen betrokken zijn, of een uitgebreid overzichtsdocument met beknopte en nauwkeurige updates over de laatste vooruitgang in het veld dat systematisch de meest opwindende vooruitgang in de wetenschappelijke literatuur. Dit type paper geeft een blik op toekomstige onderzoeksrichtingen of mogelijke toepassingen.

Editor's Choice-artikelen zijn gebaseerd op aanbevelingen van de wetenschappelijke redacteuren van MDPI-tijdschriften van over de hele wereld. Redacteuren selecteren een klein aantal artikelen die recentelijk in het tijdschrift zijn gepubliceerd en waarvan zij denken dat ze bijzonder interessant zijn voor auteurs, of belangrijk zijn op dit gebied. Het doel is om een ​​momentopname te geven van enkele van de meest opwindende werken die in de verschillende onderzoeksgebieden van het tijdschrift zijn gepubliceerd.


  • BLAST+ uitvoerbare bestanden (geïnstalleerd en in uw PATH)
  • Aangepaste Perl-scripts (BLASTN_parse.pl en BLASTP_parse.pl)
  • R
  • BBEdit of een tekstverwerker naar keuze
  • Cyberduck of software voor bestandsoverdracht naar keuze
  • Microsoft Excel

[Opmerking: als u geen lokale BLAST en/of BioPerl hebt geïnstalleerd, worden tussenliggende bestanden opgeslagen in de

/TodosSantos/local_blast/prerun/ map zodat u kunt volgen.]


Tackle-techniek van rugby union-spelers tijdens tackles met een kopstoot in vergelijking met blessurevrije tackles

Doelen: De meeste hoofdletsels bij rugby union treden op tijdens tackles waarbij het hoofd een impact krijgt. Tackles met een impact op het hoofd kunnen het gevolg zijn van een slechte tackletechniek. Daarom was het doel van deze studie om de techniekvaardigheid van baldragers en tackelaars te analyseren bij tackels die met het hoofd worden geraakt, en om de techniekvaardigheid te vergelijken met succesvol voltooide tackles in echte wedstrijdsituaties.

Ontwerp: Retrospectieve video-analyse.

Methoden: Videobeelden van hoofdimpact met de 'head-impacted player' (n=157) en de tegenstander 'impacting player' (n=156) werden gescoord voor contacttechniek met behulp van een lijst met technische criteria en vergeleken met contacttechniekscores van rol en tackle-type gematchte blessurevrije, succesvolle tackles (n=170).

Resultaten: Baldragers die contact maakten met hun hoofd tijdens front-on head-impact tackles (gemiddeld 6,4, 95% BI 5,6-7,1 AU, op een totaalscore van 14) scoorden significant minder dan de 'inslaande speler' (gemiddeld 8,1, 95% BI 7,1 -9.1 AU, p<0.01, ES=0.5, small) en succesvolle baldragers (succesvolle baldrager gemiddeld 9.4, 95%CI 8.9-9.9 AU, p<0.0001, ES=1.1, matig). Tacklercontactvaardigheidsscores tijdens succesvolle front-on tackles (gemiddeld 12,3, 95% BI 11,6-12,9 AU, op een totaalscore van 16) waren significant hoger dan de tackelaarcontactvaardigheidsscores voor de 'head-impacted player' (gemiddelde 9,8, 95 %BI 8,6-10,9, p<0,001, ES=0,8, matig) en 'impacting player' (gemiddelde 9,3, 95%BI 8,4-10,1, p<0,0001, ES=1,0, matig).

conclusies: Zowel de baldrager als de tackelaar hebben een technisch mankement bij een kopstoot in wedstrijden. De implicatie van deze bevinding is dat spelers en coaches moeten erkennen dat zowel de baldrager als de tackelaar verantwoordelijk zijn voor elkaars veiligheid tijdens de tackle.

trefwoorden: Hoofdimpact Blessurepreventie Meting Teamsporten Training.

Copyright © 2018 Sportgeneeskunde Australië. Uitgegeven door Elsevier Ltd. Alle rechten voorbehouden.


Lab 9 Transpiratie Voorbeeld 2 ap

Het meeste water dat een plant opneemt, wordt niet gebruikt voor het dagelijks functioneren van een plant. In plaats daarvan gaat het verloren door transpiratie, de verdamping van water door het bladoppervlak en huidmondjes, en door guttatie, wat het verlies van water uit de vaatweefsels in de randen van bladeren is.

Er zijn drie transportniveaus in planten: opname en afgifte van water en opgeloste stoffen door individuele cellen, transport van cel naar cel over korte afstand op weefsel- en orgaanniveau, en transport over lange afstand van sap door xyleem en floëem op het niveau van de hele plant. Het transport van water wordt gestuurd door de waterpotentiaal. Water zal altijd van een gebied met een hoog waterpotentieel naar een gebied met een laag waterpotentieel gaan. Dit waterpotentieel wordt beïnvloed door druk, zwaartekracht en opgeloste stofconcentratie.

Water komt door osmose de plant binnen en creëert een hydrostatische worteldruk die het water over een korte afstand omhoog duwt, maar de belangrijkste kracht in bewegend water is de opwaartse trekkracht als gevolg van transpiratie. Deze aantrekkingskracht wordt vergroot door de natuurlijke eigenschappen van water, zoals hechting en cohesie. Transpiratie vermindert het waterpotentieel in de stele, waardoor water naar binnen stroomt en omhoog trekt in de bladeren en andere gebieden met een laag waterpotentieel. Er begint zich druk op de bladeren op te bouwen, dus om neerwaartse beweging te voorkomen, treedt guttatie op. Guttatie vindt plaats door bladopeningen aan de bladranden die hydrathodes worden genoemd. Waterverlies door transpiratie kan worden vergemakkelijkt door het openen en sluiten van de huidmondjes, afhankelijk van de omgevingsomstandigheden.

Er zijn drie soorten cellen in planten: parenchym, sclerenchym en collenchym. Parenchymcellen komen het meest voor en zijn niet gespecialiseerd. Ze worden gevonden in het mesofyl van bladeren, het vruchtvlees, het merg van stengels en de wortel- en stengelcortex. Sclerenchym zijn langwerpige cellen die vezels vormen. Ze hebben dikke secundaire wanden en de protoplasten sterven vaak als ze ouder worden. Ze worden gebruikt ter ondersteuning en worden aangetroffen in vaatweefsel. Collenchymcellen leven op volwassen leeftijd en hebben een verdikte secundaire wand.

In Lab 9A zullen alle planten in dit experiment water verliezen door transpiratie, maar degenen die worden beïnvloed door het koellichaam en de ventilator zullen een grotere hoeveelheid water verliezen vanwege de omgevingsomstandigheden. Deze verdamping trekt water uit de potometer de plant in. De structuur en celtypen van een stamdoorsnede kunnen onder een microscoop worden waargenomen.

Oefening 9A: Transpiratie

De materialen die nodig waren voor deze oefening waren een pan met water, een timer, een beker met water (koellichaam), een schaar, een pipet van 1 ml, een plantensnijder, een ringstandaard, klemmen, doorzichtige plastic slangen, vaseline, een ventilator, een lamp , spuitfles, een weegschaal, rekenmachine en een plastic zak.

Oefening 9B: Structuur van de stam

De materialen die nodig waren voor deze oefening waren een moer-en-bout-microtoom, een scheermesje met één rand, plantenstengels, paraffine, 50% ethanol, gedestilleerd water, 50% glycerine, toluïdineblauwe O-kleuring, een microscoopglaasje en dekglaasje, potlood , papier en een lichtmicroscoop.

Oefening 9A: Transpiratie

De punt van de pipet werd in de plastic buis geplaatst en ze werden ondergedompeld in een bak met water. Er werd water in de pipet en slang gezogen totdat er geen bellen meer over waren. De stengel van de plant werd onder water afgesneden en in de plastic buis gestoken. Petroleumgelei werd onmiddellijk rond de buisrand geplaatst om een ​​luchtdichte afdichting rond de stengel te vormen. De buis werd gebogen in een '8220U'8221-vorm en er werden twee klemmen op de ringstandaard gebruikt om de potometer op zijn plaats te houden. Men liet de potometer gedurende tien minuten in evenwicht komen.

De plant werd blootgesteld aan een ventilator, die op een meter afstand werd geplaatst en op lage snelheid werd ingesteld. De aflezing op tijd nul werd geregistreerd en vervolgens werd deze gedurende 30 minuten continu om de drie minuten geregistreerd. Na het experiment werden alle bladeren van de plant afgesneden en op elkaar gestapeld door een doos van één cm2 te snijden en te masseren.

Oefening 9B: Structuur van de stam

Er werd een moer-en-boutmicrotoom verkregen en een kleine kom werd gevormd door de bout los te draaien. De steel werd in het microtoom geplaatst en om de steel werd gesmolten paraffine gegoten. Men liet de paraffine drogen en de overtollige stengel werd afgesneden. De bout werd een klein beetje gedraaid en vervolgens gesneden met het mes. Het plakje werd in de 50% ethanol geplaatst. De plakjes werden vijf minuten in de ethanol gelaten. Met behulp van de tang werden de plakjes naar een schaal met de toluïdineblauwe O-kleuring verplaatst en gedurende één minuut met rust gelaten. De secties werden gespoeld in gedestilleerd water. De sectie werd op het objectglaasje gemonteerd met een druppel van 50% glycerine. Een dekglaasje werd over de dia geplaatst. De dwarsdoorsnede werd onder een lichtmicroscoop bekeken en getekend.


Beoordeling

Studenten werken door een reeks reflectievragen die in de oefening zijn geïntegreerd, die vóór de volgende laboratoriumsessie moeten worden ingeleverd en worden beoordeeld voor summatieve beoordeling. Studenten worden aangemoedigd om de vragen tijdens het laboratoriumonderzoek met hun collega's te bespreken en indien nodig advies in te winnen bij de instructeur. De instructeur moet klassikale rondes maken om laboratoriumgroeps-/tafeldiscussies te stimuleren en vragen te beantwoorden of studenten te helpen wanneer ze niet op de goede weg zijn. Tijdens de klassikale rondes moet de instructeur studenten ook aanmoedigen om oplossingen voor de denkvragen, geïntegreerd in de activiteit, mondeling aan de groep uit te leggen als een metacognitieve oefening en om te controleren op begrip. De instructeur kan deze formatieve beoordelingsgegevens gebruiken om te bepalen wanneer het gepast is om de klas weer bij elkaar te brengen voor vervolgdemonstraties in een just-in-time leerstijl.

De reflectievragen zijn ook gebundeld in een informeel/kort op antwoorden gebaseerd laboratoriumrapport dat aan de laatste pagina van elke oefening is toegevoegd als onderdeel van de collectieve activiteit (Ondersteunende bestanden S1-S6: Sequence Similarity - Oefening 1, 2, 3, 4.1 , 4.2 en 4.3). Studenten krijgen de opdracht om oplossingen in hun eigen woorden op te schrijven nadat ze de vragen informeel met hun leeftijdsgenoten hebben besproken. Het informele laboratoriumrapport wordt ingeleverd bij het volgende laboratorium voor summatieve beoordeling. De instructeur kan onderwijsassistenten voorzien van een voorgestelde oplossingssleutel die aan het einde van elke oefening is geïntegreerd (Ondersteunend bestand S1-S6 Sequentieovereenkomst - Oefening 1, 2, 3, 4.1, 4.2 en 4.3) en vervolgens de beoordelingskwaliteit verifiëren terwijl ze cijfers invoeren in het cursusboek.


Ga van vragen naar begrijpen

Vragen stellen

Of je nu vastzit aan een geschiedenisvraag of vastloopt door een geometriepuzzel, er is geen vraag te lastig voor Brainly.

Hulp krijgen

Onze community van experts bestaat uit studenten, onderwijzers, PhD's en andere genieën die wachten om je moeilijkste vragen te beantwoorden.

Om de oppervlakte van de rechthoekige doos 5 cm lang, 3 cm breed en 4 cm hoog te krijgen, gebruiken we de oppervlakteformule van rechthoekige doos. De te gebruiken oppervlakteformule wordt hieronder weergegeven:

Oplossing:

Stap 1: Laten we, voordat we het oplossen, het gegeven opsommen.

Stap 2: Laten we het gegeven gebruiken om de formule te vervangen:

ZA = 2 ((3 cm x 5 cm) + (4 cm x 5 cm) + (4 cm x 3 cm))

ZA = 2 (15 cm² + 20 cm² + 12 cm²)

Antwoord geven:

De oppervlakte van een rechthoekige doos van 5 cm lang, 3 cm breed en 4 cm breed is 94 cm².


9.8: Oefening 3 - BLASTP gebruiken - Biologie

Alle door MDPI gepubliceerde artikelen worden direct wereldwijd beschikbaar gesteld onder een open access licentie. Er is geen speciale toestemming nodig om het door MDPI gepubliceerde artikel geheel of gedeeltelijk te hergebruiken, inclusief figuren en tabellen. Voor artikelen die zijn gepubliceerd onder een open access Creative Common CC BY-licentie, mag elk deel van het artikel zonder toestemming worden hergebruikt, op voorwaarde dat het originele artikel duidelijk wordt geciteerd.

Feature Papers vertegenwoordigen het meest geavanceerde onderzoek met een aanzienlijk potentieel voor grote impact in het veld. Feature Papers worden ingediend op individuele uitnodiging of aanbeveling door de wetenschappelijke redacteuren en ondergaan peer review voorafgaand aan publicatie.

De Feature Paper kan ofwel een origineel onderzoeksartikel zijn, een substantiële nieuwe onderzoeksstudie waarbij vaak verschillende technieken of benaderingen betrokken zijn, of een uitgebreid overzichtsdocument met beknopte en nauwkeurige updates over de laatste vooruitgang in het veld dat systematisch de meest opwindende vooruitgang in de wetenschappelijke literatuur. Dit type paper geeft een blik op toekomstige onderzoeksrichtingen of mogelijke toepassingen.

Editor's Choice-artikelen zijn gebaseerd op aanbevelingen van de wetenschappelijke redacteuren van MDPI-tijdschriften van over de hele wereld. Redacteuren selecteren een klein aantal artikelen die recentelijk in het tijdschrift zijn gepubliceerd en waarvan zij denken dat ze bijzonder interessant zijn voor auteurs, of belangrijk zijn op dit gebied. Het doel is om een ​​momentopname te geven van enkele van de meest opwindende werken die in de verschillende onderzoeksgebieden van het tijdschrift zijn gepubliceerd.


CBSE-vragen van vorig jaar voor klasse 12

CBSE-vragen van vorig jaar voor klasse 12 zijn hier beschikbaar voor alle grote vakken zoals natuurkunde, scheikunde, wiskunde en biologie. Al deze vragen zijn beschikbaar in PDF-formaat door Versionweekly en kunnen eenvoudig worden gedownload. Om de studenten van de 12e standaard goed voor te bereiden op het bestuursexamen, bieden we hier de vragen van de afgelopen 5 jaar aan. Door deze vragen op te lossen, krijgen studenten een idee van het papierpatroon, zoals het aantal vragen dat uit elk hoofdstuk wordt gesteld en ook het markeringsschema.

Het 12e vragenformulier van vorig jaar zal de student helpen om het gewicht van de cijfers van elk hoofdstuk te kennen. Op basis daarvan kan de student zich voorbereiden op het examen, door het belangrijke hoofdstuk voor te bereiden dat zwaarder weegt. Studenten moeten deze vragenformulieren gebruiken om zichzelf te testen en te controleren of ze volledig zijn voorbereid op het bestuursexamen of niet. Ze moeten de vragen binnen de gegeven tijdsduur oplossen, wat zal helpen om hun timing tijdens het eindexamen te beheren.

Voordelen van het verwijzen van CBSE Online studiemateriaal

Enkele belangrijke voordelen van studeren met CBSE Online-studiemateriaal worden in de onderstaande punten gegeven.

  • Het biedt op een eenvoudige manier diepgaande kennis van het cursuscurriculum.
  • Het studiemateriaal is strikt ontworpen volgens de nieuwste CBSE-syllabus en examenpatroon.
  • Het studiemateriaal wordt gemaakt door experts na de diepteanalyse van de cursusstructuur.
  • Het bouwt de basisconcepten op en neemt de twijfels van studenten weg.
  • Het studiemateriaal wordt aangeboden in eenvoudiger taal, zodat studenten het gemakkelijk kunnen begrijpen.
  • De voorbeeldpapieren en vragenpapieren zijn bedoeld om studenten te oefenen.

Het CBSE-studiemateriaal helpt studenten bij hun studie vanaf het begin van de academische sessie tot de voorbereiding op het laatste moment. Studenten moeten ook consistent zijn met hun studie en verschillende problemen oefenen om uitstekend te presteren in het CBSE-examen. Blijf op de hoogte voor de laatste update over CBSE en andere competitieve examens.


Bekijk de video: cours #03: bioinformatique: Format des séquences biologiques + recherche sur la base NCBI (November 2021).