Informatie

Hoe de continentale afstammingsgroep (ras) te bepalen met transcriptoomgegevens verkregen met RNA-microarray?


Stel dat ik een volledige genoomexpressiegegevens (transcriptoom) heb voor wat bemonsterd menselijk weefsel. Zijn deze gegevens voldoende om de continentale afstammingsgroep van een donor te achterhalen?


Als u genomische varianten uit uw gegevens kunt noemen, zou u, afhankelijk van uw dekking van het genoom, in staat moeten zijn om voorouders in kaart te brengen. Als u bijvoorbeeld sequencing-reads hebt, kunt u uw reads afstemmen op een referentiegenoom en vervolgens varianten aanroepen met behulp van bestaande pijplijnen.

Zodra u variantaanroepen heeft, kunt u voorouders-informatieve markeringen gebruiken om de voorouders van uw monster rechtstreeks af te leiden.

Of u kunt bestaande software gebruiken om de voorouders van uw monster in kaart te brengen in relatie tot andere voorbeelden van bekende voorouders, met behulp van een programma als ADMIXTURE, STRUCTURE, EIGENSOFT, of gewoon analyse van de belangrijkste componenten. Voor referentievoorbeelden kunt u een openbaar beschikbare dataset gebruiken, zoals HapMap 3 of het Human Genome Diversity Project.


Bekijk de video: Mudah menentukan himpunan dan bukan himpunan - menyajikan himpunan - Himpunan Kelas 7 SMP (December 2021).