Informatie

15.0: Prelude tot genen en eiwitten - biologie


Sinds de herontdekking van Mendels werk in 1900 is de definitie van het gen geëvolueerd van een abstracte eenheid van erfelijkheid tot een tastbare moleculaire entiteit die in staat is tot replicatie, expressie en mutatie ([link]). Genen zijn samengesteld uit DNA en zijn lineair gerangschikt op chromosomen. Genen specificeren de sequenties van aminozuren, die de bouwstenen zijn van eiwitten. Op hun beurt zijn eiwitten verantwoordelijk voor het orkestreren van bijna elke functie van de cel. Zowel genen als de eiwitten waarvoor ze coderen, zijn absoluut essentieel voor het leven zoals wij dat kennen.


Liposomen, deel D

Darrin D. Stuart, . Theresa M. Allen, in Methoden in Enzymologie, 2004

Invoering

Antisense-oligodeoxynucleotiden (asODN) lijken op het eerste gezicht ideale kandidaten voor gerichte therapieën vanwege hun hoge selectiviteit en lage toxiciteit. Ziektegerelateerde genen kunnen specifiek worden gericht op kennis van hun unieke mRNA-sequentie. Helaas heeft deze aanpak geen wijdverbreid succes gehad in de kliniek, ondanks meer dan 20 klinische onderzoeken en meer dan 10 jaar ontwikkeling. De belangrijkste groei in deze technologie vond plaats op het gebied van genomica, waar asODN wordt gebruikt om functies toe te kennen aan nieuw ontdekte genen en om doelen voor farmaceutische ontwikkeling te valideren.

Sommige van de inspanningen om deze technologie te ontwikkelen tot bruikbare therapieën waren gericht op het ontwikkelen van alternatieve chemie om de stabiliteit, specificiteit, affiniteit en activiteit van nucleïnezuuroligomeren te optimaliseren. 1-6 Voor het grootste deel hebben verbeteringen in de oligonucleotidechemie hun intracellulaire opname niet verbeterd, en asODN vereist nog steeds drager-gemedieerde afgifte of permeabilisatie voor activiteit. 7–10 Daarom waren andere inspanningen gericht op de ontwikkeling van in vitro en in vivo dragers voor oligonucleotiden. Veel van deze activiteit was gericht op het gebruik van kationische lipiden en polymeren die elektrostatisch interageren met anionische oligonucleotiden om complexen te vormen. Overmatige positieve lading in deze complexen stelt hen in staat om intracellulair antisense-oligonucleotiden af ​​te leveren via mechanismen die elektrostatische binding aan anionische celmembraancomponenten kunnen inhouden. 11,12 Deze formuleringen kunnen vrij efficiënt en eenvoudig te gebruiken zijn voor in vitro toepassingen, met als enige nadeel de verhoogde celtoxiciteit, grotendeels te wijten aan de aanwezigheid van de kationische lipiden. 13,14

in vivo, de behoefte aan een lipidendrager is veel minder duidelijk. Er zijn verschillende voorbeelden van therapeutische activiteit van asODN in diermodellen, 15-20 en in klinische onderzoeken bij mensen, 21,22 en in deze voorbeelden zijn lipidedragers niet gebruikt. Er is echter geen bewijs dat suggereert dat de cellulaire opname van vrij asODN efficiënter is in vivo dan in vitro. Bovendien worden asODN snel uit de bloedsomloop geklaard, waarbij een groot deel via de nieren wordt uitgescheiden. 23 Verbeteringen in de intracellulaire afgifte, farmacokinetiek (PK) en biodistributie (BD) van asODN zijn mogelijk mogelijk met het gebruik van goed ontworpen lipidedragers. Het begrijpen van de farmacokinetiek en biodistributie van liposomale asODN is echter een belangrijke opmaat voor het bepalen van geschikte therapeutische toepassingen. Twee eerdere onderzoeken naar de biodistributie van kationische liposomale fosforothioaat-asODN-complexen vonden dat, onmiddellijk na iv injectie, de complexen zich voornamelijk ophoopten in de longen en de lever. 24,25 De liposoomformuleringen waren vergelijkbaar met de gebruikte in vitro: een kationisch lipide gemengd met het fusogene lipide dioleoylphosphatidylethanolamine (DOPE) en vervolgens gecomplexeerd met asODN. De relatief statische omgeving van een weefselkweekschaal is echter heel anders dan die van in vivo omgeving, en daarom moet er enige moeite worden gedaan om liposomale asODN-dragers te optimaliseren voor gebruik in vivo.

Eerdere onderzoeken met liposomen als medicijndragers in vivo hebben aangetoond dat liposomen sekwestratie door de lever en milt moeten kunnen vermijden om passieve (of ligand-gemedieerde) targeting op andere weefsels te bereiken. 26–28 De uitgebreide opname door de lever en de longen en de extreem korte circulatietijden van kationische lipoplexen zouden hun targeting op zieke weefsels belemmeren in vivo. Bovendien zou interactie van deze complexen met serumeiwitten en niet-doelcellen, als gevolg van hun overmatige positieve lading, interfereren met ligand-gemedieerde targeting op een specifiek celtype. Daarom is het doel van onze groep en vele anderen geweest om alternatieven voor kationische lipoplexen te ontwikkelen die nuttiger kunnen zijn voor systemische toediening in vivo. Daarnaast wilden we dragers voor asODN ontwikkelen die specifiek gericht zouden kunnen zijn op ziektecellen en/of weefsels in vivo.

Verschillende onderzoeken hebben methoden en formuleringen onderzocht om de laadefficiëntie van asODN in neutrale of anionische liposomen te verhogen (voor een overzicht, zie Semple et al. 29). In het algemeen kan minder dan 20% van het toegevoegde ODN worden ingesloten in liposomen met een diameter van minder dan 200 nm. Tot op heden is de enige manier om asODN efficiënt te vangen of te complexeren, het gebruik van positief geladen lipiden of polymeren, en een paar onderzoeken hebben formuleringen beschreven die mogelijk bruikbaar zijn. in vivo. Deze formuleringen kunnen worden ingedeeld in twee groepen: formuleringen die lijken op kationische lipoplexen met kleine modificaties en rationeel ontworpen systemen die geen overmatige positieve oppervlaktelading dragen en/of worden afgeschermd door met polymeer geënte lipiden zoals polyethyleenglycol (PEG).

Sonic et al. 30 en Gokhale et al. 31 gebruikten kationische formuleringen waarin gedroogde lipidefilms werden gehydrateerd in aanwezigheid van asODN om liposomen te vormen, die vervolgens werden geëxtrudeerd of gemicrofluïdiseerd tot kleinere diameters. Deze systemen lijken op kationische lipoplexen in die zin dat ze vrij eenvoudig te produceren zijn, een overmatige positieve lading hebben en daarom een ​​redelijke laadefficiëntie hebben, en een zekere mate van activiteit hebben aangetoond. in vivo. Het nadeel van deze formuleringen is dat hun PK en BD nog steeds grotendeels worden bepaald door de kationische oppervlaktelading en dat er zeer weinig gelegenheid is voor afgifte aan weefsels buiten het mononucleaire fagocytsysteem (MPS, bijv. lever-Kupffer-cellen) en de longen. De lever was inderdaad het doelorgaan in de onderzoeken van Soni et al. 30 omdat ze probeerden hepatitis B-virus (HBV) antisense-oligonucleotiden af ​​te leveren aan geïnfecteerde hepatocyten. Gokhale et al. 32 waargenomen significante antitumoractiviteit van a c-raf-1 asODN geformuleerd in kationische lipoplexen [dimethyldioctadecylammoniumbromide, fosfatidylcholine (PC), cholesterol 1: 3,2:1,6 molaire verhouding] in SQ-20B tumorxenotransplantaten. Deze studie vergeleek de werkzaamheid van lipoplexen met vrij asODN niet, en biodistributiegegevens gaven aan dat lipoplexen de intratumorale afgifte niet verhoogden in vergelijking met vrij asODN, maar het veroorzaakte wel een dramatische toename van de dispositie naar de lever en milt.

Sterische stabilisatie van liposomen door het gebruik van aan het oppervlak gebonden hydrofiele polymeren verhoogt aanzienlijk de circulatietijd van liposomen en hun ingesloten geneesmiddelen (voor een overzicht, zie Allen 33). Verschillende groepen hebben liposomale asODN-formuleringen onderzocht die PEG bevatten om positieve of negatieve ladingen af ​​te schermen. Li en Huang 34 formuleerden asODN in deeltjes, LPDII genaamd, door eerst asODN te complexeren met polylysine met een overmatige positieve lading, gevolgd door complexering met anionische liposomen die een PEG-gederivatiseerd lipide, PEG-distearoylfosfatidylethanolamine (DSPE) bevatten. Er werd gerapporteerd dat de laadefficiëntie 60-80% van het toegevoegde asODN was, en de koppeling van folaatmoleculen aan het PEG-uiteinde als gerichte liganden verhoogde de activiteit van een asODN tegen de epidermale groeifactorreceptor in cellijnen die de folaatreceptor tot expressie brengen. Helaas blijkt er geen te zijn in vivo gegevens voor deze formulering. Meyer et al. 35 toonde ook aan dat PEG-lipiden kunnen worden opgenomen in liposomale asODN-formuleringen, wat ligand-gemedieerde targeting mogelijk maakt via de aanhechting van anti-HER2-antilichaamfragmenten. Voorgevormde kationische liposomen bestaande uit dioleoyltrimethylammoniumpropaan (DOTAP), DOPE en PEG-PE (1:1:0,12 molaire verhouding) werden gemengd met Bcl-2 asODN om kleine (120 nm) deeltjes te vormen die effectief waren in het uitschakelen van Bcl-2 eiwitniveaus in cellen die HER2 tot expressie brengen. Deze formulering was enkele dagen stabiel bij 4°C en vertoonde enige stabiliteit in aanwezigheid van plasma. Na injectie echter, dissocieerde het grootste deel van het asODN van de liposomen (Kirpotin, persoonlijke communicatie), wat aangeeft dat een groot deel van het asODN is geassocieerd met de buitenkant van de liposomen.

Gestabiliseerde antisense-lipidedeeltjes (SALP) werden beschreven door Semple et al. 29 en vertegenwoordigen een belangrijke ontwikkeling in de richting van het rationele ontwerp van asODN-formuleringen. Deze formulering maakt gebruik van het ioniseerbare aminolipide dioleoyldimethylammoniumpropaan (DODAP), dat een positieve lading heeft bij subfysiologische pH (bijv. 4), maar neutraal is bij pH 7,4. Dit zou moeten resulteren in minder binding van plasma-eiwitten en minder niet-specifieke cellulaire interacties als gevolg van verlies van oppervlaktelading bij fysiologische pH. Over het algemeen wordt een laadefficiëntie van 65-80% bereikt, wat resulteert in een uiteindelijke asODN tot lipide-verhouding van 0,15-0,2 (w/w). SALP's die werden gebruikt om c-myc asODN af te leveren aan subcutaan groeiende melanoomcellen bij muizen, resulteerden in significante afname van tumorgroei en verlengde werkingsduur in vergelijking met niet-geformuleerd asODN. 36 De SALP-formulering wordt in de volgende paragraaf nader beschreven.

De gecoate kationische liposoom (CCL) formulering die is ontwikkeld in het Allen-laboratorium vertegenwoordigt een andere rationeel ontworpen liposomale asODN-formulering. 37–40 De methode optimaliseert de ladingsinteractie tussen asODN en kationische lipiden om deeltjes te produceren die bijna ladingsneutraal zijn, zoals bepaald door zeta-potentiaalmetingen. Om precipitatie en aggregatie te voorkomen die vaak voorkomen in elektrostatische systemen bij neutrale ladingsverhoudingen, wordt deze stap uitgevoerd in een organisch oplosmiddel met behulp van een Bligh en Dyer monofase op een vergelijkbare manier als beschreven door Reimer et al. 41 voor plasmide-DNA en kationische lipiden. Neutrale lipiden, evenals PEG-lipiden en koppelingslipiden, worden vervolgens aan het systeem toegevoegd en er worden omgekeerde fase verdampingsblaasjes (REV) gemaakt. De CCL-formulering voldoet aan de criteria voor een ideale liposomale asODN-formulering: het is efficiënt bij het laden van asODN (80–100%), het kan worden geëxtrudeerd tot diameters van minder dan 200 nm, het is stabiel in plasma, het vertoont een lang circulerende farmacokinetiek , het kan worden gericht op specifieke celtypen door het gebruik van doelgerichte liganden, en het is functioneel actief.

De CCL- en SALP-formuleringen werden, hoewel ze verschillende methodologieën gebruikten, elk rationeel ontworpen om de resterende oppervlaktelading te minimaliseren en om de ideale eigenschappen van een eerder beschreven liposomaal toedieningssysteem te bereiken. De volgende secties beschrijven de CCL- en SALP-formuleringen in detail met voorbeelden die deze kenmerken illustreren.


Toegangsopties

Krijg volledige toegang tot tijdschriften voor 1 jaar

Alle prijzen zijn NET prijzen.
De btw wordt later bij het afrekenen toegevoegd.
De belastingberekening wordt definitief tijdens het afrekenen.

Krijg beperkte of volledige toegang tot artikelen op ReadCube.

Alle prijzen zijn NET prijzen.


Venus

F46L versnelt de oxidatiestap, wat leidt tot de verbetering van de fluorescentieontwikkeling van YFP bij 37°C. De SEYFP-F46L variant vouwt en vormt de chromofoor zeer efficiënt bij 37°C.

Nagai et al. (2002)

Primaire referentie:

Een variant van geel fluorescerend eiwit met snelle en efficiënte rijping voor celbiologische toepassingen

(2002). Natuur Biotechnologie, 20(1), 87-90. doi: 10.1038/nbt0102-87. Artikel Pubmed

Aanvullende referenties

Systematische karakterisering van de rijpingstijd van fluorescerende eiwitten in levende cellen

(2017). Natuurmethoden, 15(1) , 47-51. doi: 10.1038/nmeth.4509. Artikel Pubmed

Cyaan en gele superfluorescerende eiwitten met verbeterde helderheid, eiwitvouwing en FRET Förster-radius†,‡

(2006). Biochemie, 45(21), 6570-6580. doi: 10.1021/bi0516273. Artikel Pubmed

Kristalstructuur van Venus, een geel fluorescerend eiwit met verbeterde rijping en verminderde omgevingsgevoeligheid

(2002). Tijdschrift voor biologische chemie, 277(52), 50573-50578. doi: 10.1074/jbc.m209524200. Artikel Pubmed

Externe bronnen

Voeg een fragment toe

Je moet ingelogd zijn om fragmenten toe te voegen aan FPbase

Voeg een referentie toe

U moet ingelogd zijn om referenties toe te voegen aan FPbase

Voeg Venus toe aan je collectie

Je moet ingelogd zijn om eiwitverzamelingen aan te maken

Spectrum afbeelding URL-bouwer

Dynamisch gegenereerde spectrale afbeeldingen in verschillende formaten kunnen worden gedownload of elders worden ingesloten. Dit formulier helpt bij het samenstellen van de url-parameters om het gewenste spectrale beeld op te halen.


BLAST ondersteunt nu de nieuwe RefSeq Select-databases.

di 13 okt 2020 12:00:00 EST

De RefSeq Select-dataset bestaat uit een representatief of "Select"-transcript voor elk eiwitcoderend gen.

Om deze nieuwe databases toe te passen, gebruikt u de pull-down selector met Standard Databases geselecteerd in BLASTn en BLASTp. Deze database is ook beschikbaar op FTP/GCP/AWS-sites voor gebruikers van BLAST+ en BLAST+Docker.

Ga voor diepgaande informatie over de inhoud van deze database naar deze site https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/refseq_select/ voor details.


Resultaten

Klinische en histopathologische gegevens

Er waren 24 mannelijke en 16 vrouwelijke patiënten, wat de mannelijke overheersing onder glioblastoompatiënten weerspiegelt. De leeftijd van de patiënt varieerde van 24 tot 73 jaar, met een gemiddelde leeftijd van 55,5 jaar. De tumorlocaties waren pariëtaal bij 9 patiënten, temporaal bij 16, frontaal bij 10, occipitaal bij 3 en intraventriculair bij 2 patiënten. Preoperatieve functionele status werd geëvalueerd volgens de KPS-schaal. Een totaal van 30 gevallen scoorde 80-100, terwijl negen 70 scoorden en één 50. Van de patiënten kreeg 90% radiotherapie en 77,5% chemotherapie. De overleving varieerde van 3 tot 24 maanden, met een gemiddelde overlevingsperiode van 10,5 maanden. Alle patiënten, behalve vier, waren dood toen deze studie werd uitgevoerd.

Histologisch vertoonden alle tumoren kenmerken van glioblastoom met pleomorfe, astrocytische tumorcellen, prominente microvasculaire proliferatie en necrose. Vijf gevallen vertoonden morfologische kenmerken van kleincellig glioblastoom (gevallen 6, 7, 15, 17 en 24). In elk geval werd de expressie van GFAP in neoplastische cellen bevestigd. Het aantal mitosen varieerde van 0 tot 20, met een gemiddelde waarde van 6. Het gemiddelde Ki-67-percentage voor de tumoren was 31,6%: 5-80%. De overexpressie van EGFR (score 2,3) werd waargenomen in 20 tumormonsters (50% tabel 1).

Wijzigingen in het EGFR-gen en chromosoom 7 kopienummers

In totaal werden 40 glioblastomen met succes geanalyseerd door FISH. De FISH-resultaten staan ​​vermeld in Tabel 1. Cellen met EGFR versterking werd gezien in 70% van de gevallen. De metafasen van gekweekte cellen toonden: amplificatie als dmin, in 15 gevallen (Figuur 1a-c), extra kopieën van EGFR ingevoegd in de p- of / en q-armen van chromosoom 7, in 11 gevallen (Figuur 1d-f). Bovendien vertoonden twee gevallen beide soorten amplificatie (Figuur 1g). Een totaal van 12 gevallen van 40 glioblastomen vertoonden geen amplificatie (Figuur 1i).

Twee verschillende patronen van EGFR amplificatie in glioblastomen. Chromosomale status van deze amplificatie. Probe voor EGFR en centromeer 7 waren respectievelijk gelabeld met rood en groen. (een) Versterking op hoog niveau van de EGFR in interfase-kernen van gekweekte cellen. (B) Metafase met trisomie 7 en EGFR versterking als dmin. (C) Polysomie 7 in een metafasespreiding met een hoog aantal dmin. (NS en e) Laag amplicatieniveau: metafasen verspreid met extra kopieën van EGFR ingevoegd in p- en q-armen van chromosomen 7 ((NS), trisomie 7 met twee chromosomen 7 gekruist). (F) Meerdere extrakopieën van EGFR ingevoegd en verdeeld in de drie chromosomen 7 in een metafasespreiding. (G) Verschillende interfase-kernen van gekweekte cellen die amplificatie op hoog en laag niveau (pijl) vertonen. (H) Laag amplicatieniveau: interfase-kernen vertonen een verhoogd aantal kopieën van EGFR. (l) Niet-geamplificeerde tumorcellen van paraffinesectie. (J) Tumorcellen die amplificatie op hoog niveau van de vertonen EGFR in paraffinesectie. (k) Geïsoleerde geamplificeerde tumorcellen in paraffinesectie. (ik) Tumorcellen in paraffinesectie met lage amplificatie/kopieaantalwinsten met andere cellen die een normaal aantal kopieën van de EGFR gen.

Op basis van de EGFR status, het aantal genkopieën en het type amplificatie werden de gevallen ingedeeld in drie groepen: (i) hoog niveau EGFR genamplificatie en dmin (gevallen 1-17), (ii) laag niveau EGFR genamplificatie en inserties (gevallen 18-28), en (iii) nee EGFR genamplificatie (gevallen 19-40). De fractie geamplificeerde cellen in groep (i) varieerde van 1 tot 80% in gekweekte cellen (Figuur la) en van 1 tot 92% in cellen van paraffinecoupes (Figuur 1j). Alleen gevallen 16 en 17 bevatten minder dan 10% geamplificeerde cellen in paraffinecoupes (Figuur 1k). Cellen met minimaal 25 EGFR signalen werden gezien in alle versterkte gevallen van groep (i). Er waren cellen met meer dan 100 EGFR-signalen in negen gevallen, tussen 50-100 in drie gevallen en 25-50 signalen in drie gevallen. De fractie geamplificeerde cellen in groep (ii) varieerde van 4 tot 23% in gekweekte cellen en van 6 tot 16% in cellen van paraffinecoupes. Deze geamplificeerde cellen vertoonden tussen 6-25 EGFR signalen (Figuur 1h en l).

Er was een aanzienlijke heterogeniteit in het aantal centromeer 7 kopieën in deze tumoren. Geamplificeerde gevallen presenteerden disomie in twee, disomie/trisomie in drie, trisomie in 12, trisomie/polysomie in negen, en alleen polysomie in twee gevallen. In totaal werd in 92% van de geamplificeerde gevallen een overmaat van chromosoom 7-kopieën waargenomen. Niet-geamplificeerde gevallen vertoonden disomie in één, trisomie in vier en trisomie/polysomie in zes gevallen. In deze groep vertoonden 90% gevallen een overmaat aan chromosoom 7-kopieën.

Correlatie van EGFR Gene kopie nummer, EGFR mRNA-expressie en EGFR-eiwitexpressie

Met behulp van SNP-arrays hebben we de aanwezigheid van frequente kopie-aantalwinsten afgeleid in de regio van de EGFR plaats. In tumormonsters is een overmaat van EGFR genkopieën werd geïdentificeerd door variatie van het kopienummer van de referentieset en van het kopienummer van de controlemonsters. Een toename van het aantal EGFR kopieën werd gezien in tumoren van groep (i) (Figuur 2A). Genkopie-aantallen bij 7p12.1 werden gevalideerd door qPCR. De qPCR-resultaten staan ​​vermeld in Tabel 1. Elk geval vertoonde een sterke correlatie van deze waarden met de kopieën die door FISH werden aangetoond (Pearson's correlatiecoëfficiënt = 0,77 P-waarde≤0.01).

(een) Heatmap integer kopienummer. Resultaten van 100 K single nucleotide polymorphism (SNP) array-analyse in 20 glioblastomen tonen genomische winsten aan bij 7p12.1, waaronder de EGFR locus (gevallen 5-14), die overeenkomen met de (i) groep met versterking op hoog niveau. (B) EGFR genexpressie warmtekaart. Rode balk geeft tumoren aan met EGFR-overexpressie en groene balk geeft glioblastomen aan met lage expressie van dit gen. Sondesets staan ​​in rijen en monsters in kolommen. (C) Immunoreactiviteitsexpressie voor EGFR: (A) Sterke kleuring, (B) focale kleuring en (C) geen immunoexpressie. Vergroting: × 20.

Genexpressiegegevens waren beschikbaar voor 19 glioblastomen (tabel 1). We vonden een significante, positieve correlatie tussen de EGFR kopienummer en de transcriptie-genexpressie (Pearson's correlatiecoëfficiënt = 0,75 P-waarde≤0.01). de verhogingen in EGFR dosering waren geassocieerd met hogere niveaus van EGFR transcriptie (Figuur 2B). Zoals verwacht, is het hogere percentage gevallen van versterkte EGFR gedetecteerd door FISH was gecorreleerd met een hogere genexpressie (Pearson's correlatiecoëfficiënt = 0,85 P-waarde≤0.01).

De EGFR-eiwitexpressie werd geëvalueerd door middel van immunohistochemie. Gevallen met een hoog amplificatieniveau, groep (i), vertoonden EGFR-overexpressie, dwz scores ≥2, behalve gevallen 16 en 17. Gevallen met een laag amplificatieniveau, groep (ii), hadden geen EGFR-overexpressie in zeven monsters en EGFR-overexpressie in vier monsters. Gevallen die geen versterking vertoonden van EGFR, groep (iii), bracht geen EGFR-eiwit tot expressie, behalve geval 39 (Figuur 2C). Over het algemeen vonden we een nauwe correlatie tussen EGFR genkopie-nummerveranderingen en het niveau van EGFR-eiwitexpressie in onze verzameling glioblastomen (P-waarde=0,002 Fisher's exact-test). Alle gevallen met een hoog mRNA-gehalte vertoonden echter een sterke expressie van het EGFR-eiwit, en de meeste gevallen met een laag mRNA-gehalte vertoonden geen overexpressie van het EGFR-eiwit.

Statistische correlatie van EGFR Wijzigingen in genkopie met klinisch-pathologische parameters

De Kruskal-Wallis-test werd gebruikt om de verschillen tussen de drie amplificatiegroepen te beoordelen en toonde significante verschillen in het percentage cellen met positieve EGFR amplificatie gedetecteerd door FISH, de EGFR kopienummer gekwantificeerd door PCR, en de EGFR transcriptieexpressie beoordeeld door microarrays (P-waarde ≤0,01). In het percentage van EGFR-positieve cellen en EGFR kopieaantal vertoonden alle bilaterale vergelijkingen van de drie amplificatiegroepen statistisch significante verschillen, na de Bonferroni-correctie (i vs ik, ik vs iii, ii vs iii P-waarde ≤0,01). De EGFR-expressiewaarden van amplificatietypen (i) en (ii) waren statistisch significant na de Bonferroni-correctie (P-waarde ≤0,01). Er werden geen significante verschillen gevonden tussen de typen (ii) en (iii). De gemiddelde Ki-67-waarde van groep (i) vertoonde statistisch significante verschillen ten opzichte van de rest (P-waarde <0.05). De gemiddelde Ki-67-waarden voor verschillende groepen waren 41,8% voor groep (i), 24,5% voor groep (ii) en 23,9% voor groep (iii).

Geen van de overlevingscurven toonde significante verschillen in gevestigde groepen volgens EGFR versterkingstype (i, ii, iii, i+ii vs iii en ik vs ii+iii), KPS (≤80 en >80), en leeftijd (<55 en ≥55 jaar). Zoals verwacht vertoonden jongere patiënten (<55 jaar) met KPS>80 een iets hogere overlevingskans. Interessant is dat patiënten met EGFR amplificatietype (i) overleefde voor de kortste duur, gemiddeld 8,7 maanden.


IPD-IMGT/HLA

De IPD-IMGT/HLA-database biedt een gespecialiseerde database voor sequenties van het humane major histocompatibility complex (MHC) en bevat de officiële sequenties die zijn genoemd door de WHO-nomenclatuurcommissie voor factoren van het HLA-systeem. De IPD-IMGT/HLA Database is onderdeel van het internationale ImMunoGeneTics project (IMGT).

De database gebruikt de naamgevingsconventie van 2010 voor HLA-allelen in alle tools hierin. Om te helpen bij de goedkeuring van de nieuwe nomenclatuur, kunnen alle zoekhulpmiddelen worden gebruikt met zowel de huidige als pre-2010 allelaanduidingen. De nomenclatuuraanduidingen van vóór 2010 worden alleen gebruikt waar oudere rapporten of outputs beschikbaar zijn gesteld om te downloaden.

Laatste ontwikkelingen

Recente ontwikkelingen van de IPD-database omvatten:

Laatste publicaties

  • Robinson J, Barker DJ, Georgiou X, Cooper MA, Flicek P, Marsh SGE. IPD-IMGT/HLA-database. Onderzoek naar nucleïnezuren (2020) 48:D948-55
    Full Text PDF beschikbaar bij Nucleic Acids Research
  • Zie voor meer IPD-publicaties onze pagina met citaten.

Financiering en ondersteuning

Vrijwaring

Waar discrepanties zijn ontstaan ​​tussen gerapporteerde sequenties en die welke zijn opgeslagen in de databases, is waar mogelijk contact opgenomen met de oorspronkelijke auteurs en zijn noodzakelijke wijzigingen in gepubliceerde sequenties opgenomen. Toekomstige sequentiëring kan fouten aan het licht brengen en de nomenclatuurcommissies verwelkomen elk bewijs dat helpt om de nauwkeurigheid van de database te behouden. We geven daarom geen garanties met betrekking tot de juistheid van de gegevens en wijzen elke aansprakelijkheid af voor schade die voortvloeit uit het gebruik ervan. We kunnen geen onbeperkte toestemming geven met betrekking tot het gebruik van de gegevens, omdat op sommige gegevens patenten of andere rechten kunnen rusten. Alle medische of genetische informatie wordt uitsluitend verstrekt voor onderzoeks-, educatieve en informatieve doeleinden. Het is op geen enkele manier bedoeld om te worden gebruikt als vervanging voor professioneel medisch advies, diagnose, behandeling of zorg.

Verdere informatie

Voor meer informatie over de database, vragen (inclusief website) of om u te abonneren op de IPD mailinglijsten kunt u contact opnemen met IPD Support.


Verhaal

Genetische imprinting is een nogal mysterieus fenomeen dat de laatste jaren wat beter begrepen is. In wezen verwijst het naar de chemische modificatie van een DNA-sequentie. Houd er hierbij rekening mee dat de DNA-sequentie zelf niet verandert. Dit zijn modificaties aan de DNA-sequentie zelf die in een cel voorkomen - verwijst meestal naar een geslachtscel, ofwel een eicel of een zaadcel - en die verandering wordt van de ene generatie op de andere doorgegeven. De reden dat het wetenschappers jarenlang in verwarring bracht, is dat het een niet-gebaseerd overervingsmechanisme is. Aanvankelijk werd gedacht dat alle overerving gebaseerd is op veranderingen in de volgorde, dit blijkt niet waar te zijn. In een van die mechanismen, die niet betrokken is bij verandering van sequentie, maar eerder bij een erfelijke chemische verandering in een DNA-sequentie, wordt imprinting genoemd. En die inprenting, de reden waarom het belangrijk is, is dat chemische modificatie, die wordt doorgegeven van de moeder of de vader op het nageslacht, de functie van het gen of het genproduct verandert, of het nu de expressie is of eigenlijk de functie van het genproduct zelf .


Hemoglobine: normale, hoge, lage niveaus en oorzaken

Hemoglobine is het eiwitmolecuul in rode bloedcellen dat zuurstof van de longen naar de weefsels van het lichaam transporteert en koolstofdioxide uit de weefsels terugvoert naar de longen.

Hemoglobine is opgebouwd uit vier eiwitmoleculen (globulineketens) die met elkaar verbonden zijn. Het normale hemoglobine (afgekort Hgb of Hb) molecuul voor volwassenen bevat twee alfaglobulineketens en twee bètaglobulineketens. Bij foetussen en zuigelingen komen bètaketens niet vaak voor en het hemoglobinemolecuul bestaat uit twee alfaketens en twee gammaketens. Naarmate het kind groeit, worden de gammaketens geleidelijk vervangen door bètaketens, waardoor de volwassen hemoglobinestructuur wordt gevormd.

Elke globulineketen bevat een belangrijke ijzerbevattende porfyrineverbinding die heem wordt genoemd. Ingebed in de heemverbinding is een ijzeratoom dat van vitaal belang is bij het transport van zuurstof en koolstofdioxide in ons bloed. Het ijzer in hemoglobine is ook verantwoordelijk voor de rode kleur van bloed.

Hemoglobine speelt ook een belangrijke rol bij het in stand houden van de vorm van de rode bloedcellen. In hun natuurlijke vorm zijn rode bloedcellen rond met smalle centra die lijken op een donut zonder een gat in het midden. Abnormale hemoglobinestructuur kan daarom de vorm van rode bloedcellen verstoren en hun functie en doorstroming door bloedvaten belemmeren.

Bloedarmoede Symptomen

Bloedarmoede is een medische aandoening waarbij het aantal rode bloedcellen of hemoglobine lager is dan normaal. Symptomen van bloedarmoede zijn onder meer:

  • Vermoeidheid
  • Gevoel van onwelzijn
  • Hartkloppingen
  • Haaruitval
  • Kortademigheid

Hoe wordt hemoglobine gemeten?

Hemoglobine wordt meestal gemeten als onderdeel van de routinematige test van het volledige bloedbeeld (CBC) uit een bloedmonster.

Er bestaan ​​verschillende methoden voor het meten van hemoglobine, waarvan de meeste momenteel worden uitgevoerd door geautomatiseerde machines die zijn ontworpen om verschillende tests op bloed uit te voeren. In de machine worden de rode bloedcellen afgebroken om de hemoglobine in een oplossing te krijgen. De vrije hemoglobine wordt blootgesteld aan een chemische stof die cyanide bevat en die stevig bindt aan het hemoglobinemolecuul om cyanomethemoglobine te vormen. Door een licht door de oplossing te laten schijnen en te meten hoeveel licht er wordt geabsorbeerd (met name bij een golflengte van 540 nanometer), kan de hoeveelheid hemoglobine worden bepaald.

Wat zijn normaal hemoglobine waarden?

Het hemoglobinegehalte wordt uitgedrukt als de hoeveelheid hemoglobine in gram (g) per deciliter (dL) volbloed, waarbij een deciliter 100 milliliter is.

De normale waarden voor hemoglobine zijn afhankelijk van de leeftijd en, vanaf de adolescentie, het geslacht van de persoon. De normale bereiken zijn:

  • Pasgeborenen: 17 tot 22 g/dL
  • Een (1) week oud: 15 tot 20 g/dL
  • Een (1) maand oud: 11 tot 15 g/dL
  • Kinderen: 11 tot 13 g/dL
  • Volwassen mannetjes: 14 tot 18 g/dL
  • Volwassen vrouwen: 12 tot 16 g/dL
  • Mannen na middelbare leeftijd: 12,4 tot 14,9 g/dL
  • Vrouwen na middelbare leeftijd: 11,7 tot 13,8 g/dL

Al deze waarden kunnen enigszins variëren tussen laboratoria. Sommige laboratoria maken geen onderscheid tussen hemoglobinewaarden voor volwassenen en "na middelbare leeftijd". Zwangere vrouwen wordt geadviseerd om zowel hoge als lage hemoglobinewaarden te vermijden om een ​​verhoogd risico op doodgeboorten (hoog hemoglobine & ndash boven het normale bereik) en vroeggeboorte of een baby met een laag geboortegewicht (laag hemoglobine & ndash onder het normale bereik) te voorkomen.

Wat doet een laag hemoglobinegehalte gemeen?

Een laag hemoglobinegehalte wordt bloedarmoede of een laag aantal rode bloedcellen genoemd. Een lager dan normaal aantal rode bloedcellen wordt bloedarmoede genoemd en het hemoglobinegehalte weerspiegelt dit aantal. Er zijn veel redenen (oorzaken) voor bloedarmoede.

Enkele van de meest voorkomende oorzaken van bloedarmoede zijn:

  • bloedverlies (traumatisch letsel, operatie, bloeding, darmkanker of maagzweer),
  • voedingstekorten (ijzer, vitamine B12, foliumzuur),
  • beenmergproblemen (vervanging van beenmerg door kanker),
  • onderdrukking door synthese van rode bloedcellen door chemotherapie medicijnen, en
  • abnormale hemoglobinestructuur (sikkelcelanemie of thalassemie).

VRAAG

Wat doet een hoog hemoglobinegehalte gemeen?

Hogere dan normale hemoglobinewaarden kunnen worden gezien bij mensen die op grote hoogte wonen en bij mensen die roken. Uitdroging produceert een vals hoge hemoglobinemeting die verdwijnt wanneer de juiste vochtbalans wordt hersteld.


Beschrijving en genomische karakterisering van Massiliimalia massiliensis gen. nov., sp. nov., en Massiliimalia timonensis gen. nov., sp. nov., twee nieuwe leden van de familie Ruminococcaceae geïsoleerd van de menselijke darm

Met behulp van de culturomics-benadering isoleerden we twee stammen, Marseille-P2963 en Marseille-P3753, uit de darmmicrobiota van een 19-jarige gezonde Saoedi-Arabische bedoeïenenman en van een 32-jarige gezonde Senegalese mannelijke fecale transplantatiedonor. Hier hebben we hun fenotypische, fylogenetische en genomische kenmerken bestudeerd. Beide stammen waren fylogenetisch verwant, maar verschillend van Ruminokok soort. Bacteriële cellen waren anaëroob, staafvormig, niet-sporenvormend en niet beweeglijk, zonder katalase- of oxidase-activiteiten. Hun groeitemperaturen varieerden van 28 tot 45 °C, met een optimale groei bij 37 °C. De genomen zijn respectievelijk 2.842.720 bp- en 2.707.061 bp lang. Het G + C-gehalte is respectievelijk 47,18% en 46,90%. Op basis van deze kenmerken stellen we voor om een ​​nieuw geslacht binnen de familie te creëren Ruminococcaceae genaamd Massiliimalia gen. nov., dat de nieuwe soort bevat Massiliimalia massiliensis gen. nov., sp. nov., en Massiliimalia timonensis gen. nov., sp. nov. Stammen Marseille-P2963 T (= CSUR P2963 = DSM 106837) en Marseille-P3753 T (= CSUR P3753 = CCUG 71632) zijn respectievelijk hun typestammen.

Dit is een voorbeeld van abonnementsinhoud, toegang via uw instelling.


Bekijk de video: 2 chromosomen en genen (December 2021).