Informatie

19.1: De functie van genen - biologie


Beadle en Tatum: één gen, één enzymhypothese

Het leven is afhankelijk van (bio)chemie om energie te leveren en om de moleculen te produceren om cellen te bouwen en te reguleren. Meer dan 40 jaar later, in 1941, Beadle en Tatum gebouwd op deze verbinding tussen genen en metabole routes. Hun onderzoek leidde tot de “één gen, één enzym (of eiwit)”-hypothese, die stelt dat elk van de enzymen die in een biochemische route werken, wordt gecodeerd door een ander gen. Hoewel we nu veel uitzonderingen kennen op het principe "één gen, één enzym (of eiwit)", is het over het algemeen waar dat elk verschillend gen een eiwit produceert dat een duidelijke katalytische, regulerende of structurele functie heeft.

Beadle en Tatum gebruikten de schimmel Neurospora crassa (een schimmel) voor hun studies omdat het praktische voordelen had als laboratoriumorganisme. Ze wisten dat Neurospora was... prototroof, wat betekent dat het zijn eigen aminozuren kan synthetiseren als het erop wordt gekweekt minimaal medium, die de meeste voedingsstoffen misten, behalve enkele mineralen, eenvoudige suikers en één vitamine (biotine). Ze wisten ook dat door Neurospora-sporen bloot te stellen aan röntgenstralen, ze het DNA willekeurig konden beschadigen om mutaties in genen te creëren. Elke verschillende spore die werd blootgesteld aan röntgenstralen bevatte mogelijk een mutatie in een ander gen. Na genetische screening van vele, vele sporen op groei, bleken de meeste nog steeds prototroof te zijn en nog steeds in staat om te groeien op minimaal medium. Sommige sporen hadden echter mutaties waardoor ze veranderden in auxotroof soorten die niet meer konden groeien op minimaal medium, maar wel doorgroeiden compleet medium aangevuld met voedingsstoffen (Figuur (PageIndex{12})). In feite zouden sommige auxotrofe mutaties kunnen groeien op minimaal medium met slechts één enkele voedingsstof, zoals arginine.

B&T's 1 gen: 1 enzymhypothese leidde tot biochemische paddissectie met behulp van genetische screenings en mutaties

De experimenten van Beadle en Tatum zijn niet alleen belangrijk vanwege de conceptuele vooruitgang in het begrijpen van genen, maar ook omdat ze het nut aantonen van screening op genetische mutanten een biologisch proces onderzoeken - genetische analyse. De resultaten van Beadle en Tatum waren nuttig om biologische processen te onderzoeken, met name de metabole routes die aminozuren produceren. Zo testten Srb en Horowitz in 1944 het vermogen van de aminozuren om redden auxotrofe stammen. Ze voegden een van elk van de aminozuren toe aan minimaal medium en registreerden welke van deze de groei herstelden tot onafhankelijke mutanten. Als het nageslacht van een gemutageniseerde spore bijvoorbeeld alleen op minimaal medium zou kunnen groeien als het werd aangevuld met arginine (Arg), dan moet de auxotroof een mutatie in de Arg-biosyntheseroute dragen en werd een "arginineloze" stam (arg-) genoemd. .

De synthese van zelfs een relatief eenvoudig molecuul zoals arginine vereist veel stappen, elk met een ander enzym. Elk enzym werkt achtereenvolgens op een ander tussenproduct in de route (Figuur (PageIndex{13})). Voor arginine (Arg) zijn twee van de tussenproducten ornithine (Orn) en citrulline (Cit). Dus mutatie van een van de enzymen in deze route zou Neurospora in een Arg-auxotroof (arg-) kunnen veranderen. Srb en Horowitz hebben hun analyse van Arg-auxotrofen uitgebreid door de tussenproducten van aminozuurbiosynthese te testen op het vermogen om de groei van de mutanten te herstellen (Figuur (PageIndex{14})).

Ze ontdekten dat sommige van de Arg-auxotrofen alleen door Arg konden worden gered, terwijl andere door Arg of Cit konden worden gered, en weer andere mutanten konden door Arg, Cit of Orn worden gered (tabel (PageIndex{1} )). Op basis van deze resultaten hebben ze de locatie van elke mutatie in de biochemische route van Arg afgeleid (d.w.z. welk gen verantwoordelijk was voor het metabolisme van welk tussenproduct).

Tabel (PageIndex{1}): Vermogen van auxotrofe mutanten van elk van de drie enzymen van de biosynthetische routes van Arg om te groeien op minimaal medium (MM) aangevuld met Arg of een van zijn voorlopers, Orn en Cit. Gennamen verwijzen naar de labels die worden gebruikt in Afbeelding (PageIndex{14})

MM + Orn

MM + Cit

MM + Arg

gen A mutanten

Ja

Ja

Ja

gen B mutanten

Nee

Ja

Ja

gen C mutanten

Nee

Nee

Ja


SSR's in codeerregio's

Niet-willekeurige distributie

Er zijn talloze SSR's in ORF's van hogere eukaryoten, waaronder: Drosophila, Caenorhabditis elegans, zoogdieren, mensen, planten en gisten (Tóth, Gáspári en Jurka 2000 Katti, Ranjekar en Gupta 2001 Kantety et al. 2002 Morgante, Hanafey en Powell 2002). Het optreden van SSR in coderende gebieden lijkt te worden beperkt door niet-verstoring van het leeskader. Dit is bewezen door de volgende feiten: (1) in een menselijke cDNA-database heeft meer dan 92% van de voorspelde SSR-polymorfismen binnen coderende sequenties herhalingseenheden die een veelvoud van drie zijn (Wren et al. 2000) (2 ) in veel soorten bevatten exons (in tegenstelling tot andere genomische regio's) zeldzame dinucleotide- en tetranucleotide-SSR's, maar hebben veel meer triplet- en hexanucleotide-SSR's dan andere herhalingen (Field en Wills 1996 Edwards et al. 1998 Metzgar, Bytof en Wills 2000 Wren et al. 2000 Young, Sloan en van Riper 2000 Cordeiro et al. 2001 Morgante, Hanafey en Powell 2002). Triplet-herhalingen vertonen een ongeveer twee keer grotere frequentie in exonische regio's dan in intronische en intergene regio's in alle menselijke chromosomen behalve het Y-chromosoom (Subramanian, Mishra en Singh 2003). In prokaryotische genen die verband houden met aanpassing of reacties op stress van Escherichia coli K12-, mononucleotide- en trinucleotide-SSR's zijn significant oververtegenwoordigd, terwijl dinucleotide- en tetranucleotide-herhalingen ondervertegenwoordigd zijn (Rocha, Matic en Taddei 2002). Een dergelijke dominantie van tripletten over andere herhalingen in coderende gebieden kan worden verklaard op basis van de onderdrukking van niet-trimere SSR's in coderende gebieden, mogelijk veroorzaakt door frameshift-mutaties (Metzgar, Bytof en Wills 2000).

De aanwezigheid van SSR's in coderende gebieden toont een voorkeur voor een specifieke nucleotidesamenstelling. A/T-herhalingen komen dus vaker voor (11,8% van 45.425 coderende sequenties: CDS's) dan G/C-herhalingen (0,7%) in menselijke coderende sequenties (Olivero et al. 2003). Exons en EST's tonen een hogere frequentie voor GA/CT-herhaling dan voor AT-herhaling in Arabidopsis thaliana (Morgante, Hanafey en Powell 2002) en granen (Kantety et al. 2002 Morgante, Hanafey en Powell 2002). De AC/GT-herhalingen in planten waren zeldzamer dan in dierlijke genomen (Tóth, Gáspári en Jurka 2000 Morgante, Hanafey en Powell 2002). Dit patroon kan verband houden met hoge frequenties van bepaalde aminozuren in planten dan in dieren (Tóth, Gáspári en Jurka 2000).

Triplet-herhalingen in exons kunnen worden gegroepeerd in 10 motiefsubklassen (tabel 1), die elk zes overlappende en complementaire eenheidspatronen vertegenwoordigen (Jurka en Pethiyagoda 1995). In het dierenrijk was AGC het meest voorkomende motief (40,9% -60,9%). In planten is het meest voorkomende tripletmotief de AAG-subklasse (28,3%-42,1%) in A. thaliana, druif en endofyten (tabel 1). Bij graansoorten is het meest voorkomende triplet echter CCG in alle soorten, variërend van 32% in tarwe tot 49% in sorghum (Varshney et al. 2002 Thiel et al. 2003), tot 39,3% in suikerriet (Cordeiro et al. 2001). De overvloed aan CCG-herhalingen is een specifiek kenmerk van eenzaadlobbige genomen, en het kan te wijten zijn aan hun verhoogde GC-gehalte (Morgante, Hanafey en Powell 2002). De AAT-motieven kwamen het minst vaak (<1%) voor bij eenzaadlobbige soorten (Cordeiro et al. 2001 Varshney et al. 2002 Thiel et al. 2003) en bij andere soorten die in tabel 1 zijn vermeld. Dit kan worden verklaard door het feit dat TAA- gebaseerde varianten coderen voor stopcodons die een direct effect hebben op de eiwitsynthese in eukaryoten.

Frequenties van verschillende codonherhalingen variëren aanzienlijk, afhankelijk van het type gecodeerd aminozuur

In planten zijn de meest voorkomende codonherhalingen codons voor Lys in Arabidopsis en codons voor Arg in suikerriet (tabel 2). In Drosophila, C. elegans, en gist, zijn de meest voorkomende codonherhalingen CAA en CAG die coderen voor Gln in volledige genoomcoderende DNA-sequenties (Katti, Ranjekar en Gupta 2001). Het is interessant dat die uitbreidingen van codonherhaling die overeenkomen met kleine/hydrofiele aminozuren meer worden getolereerd (met ≥14 herhalingstijden) dan hydrofobe aminozuren (met kortere herhalingstijden) (Katti, Ranjekar en Gupta 2001). Op DNA-niveau lijken de AGC-, GCA-, CAG-, CTG-, TGC- en GCT-herhalingen (die dezelfde herhalende DNA-duplex vertegenwoordigen) behoorlijk op elkaar en kan worden verwacht dat hun frequenties vergelijkbaar zijn. In feite echter, Drosophila coderende regio's vertonen een sterke voorkeur voor CAG (Gln: 77,5% van in totaal 1.909 van deze herhaalde groep), en zeer zeldzaam voor CTG (leucine: 0,6%) en TGC (cysteïne: 0,2%) (Katti, Ranjekar en Gupta 2001). In gisteiwitten zijn de meest voorkomende aminozuurherhalingen codons van Gln, Asn, Asp, Glu en Ser (Richard en Dujon 1997 Alba, Santibáñez-Koref en Hancock 1999). Verschillende aminozuurherhalingen zijn geconcentreerd in verschillende klassen van eiwitten. Herhalingen van zure en polaire aminozuren zijn significant geassocieerd met transcriptiefactoren en eiwitkinasen, terwijl Ser-herhalingen significant geassocieerd zijn met membraantransporteiwitten (Alba, Santibáñez-Koref en Hancock 1999). Interessant is dat in gist de langste triplet-herhalingen (≥ 75 bp) vaak worden gevonden in nucleair-eiwitgenen (Richard en Dujon, 1997). Een sterke voorkeur voor bepaalde beperkte sets aminozuren in verschillende eiwitten of cellocaties toonde aan dat triplet-herhalingen in ORF's niet willekeurig waren met betrekking tot de ORF's en DNA-strengen (Richard en Dujon 1997). Evenzo waren bij mensen en muizen repeat-bevattende genen verrijkt met bepaalde aminozuren zoals Pro, Gln, His en Ser (voor codons, zie tabel 2 Hancock, Worthey en Santibáñez-Koref 2001). Evenzo, CGG-, CCG-, CAG- en GAA-herhalingen die coderen voor (Ala)N, (Gly)N, (Pro)N, (Gln)N, en (Lys)N zijn overvloedig aanwezig in genen van primaten (Borštnik en Pumpernik 2002). Het bovenstaande bewijs kan suggereren dat functionele selectie inwerkt op aminozuurherhaling in de gecodeerde eiwitten (Alba, Santibáñez-Koref en Hancock 1999 Katti, Ranjekar en Gupta 2001), maar deze selectie weerspiegelde geen onderliggende vooroordelen in de basissamenstelling.

De overvloed aan CAG-herhalingen in gistcoderende regio's (Alba, Santibáñez-Koref en Hancock 1999 Katti, Ranjekar en Gupta 2001) loopt parallel met de overvloed aan exons van zoogdieren (Stallings 1994). AAT-herhalingen, ook zeer overvloedig in voor gist coderende gebieden, zijn echter zeldzaam in de exons van zoogdieren, en GGC-herhalingen, die relatief overvloedig aanwezig zijn in exons van zoogdieren (Stallings 1994), zijn ongebruikelijk in gistgenen. Dit kan zijn omdat Asn-herhalingen (AAT) niet worden getolereerd bij zoogdieren, en dat hetzelfde geldt voor Gly-herhalingen (GGC) in gist. Asn-herhalingen lijken zeldzaam te zijn bij gewervelde dieren, maar komen vaker voor bij ongewervelde dieren, gisten en plantaardige eiwitten (Stallings 1994). Als alternatief kunnen deze verschillen te wijten zijn aan verschillen in het slipproces tussen de groepen, of ze kunnen het lage GC-gehalte van het gistgenoom weerspiegelen (Richard en Dujon 1997).

Fenotypisch effect van SSR's in codeergebieden

Eenvoudige sequentieherhalingsvariatie binnen genen zou zeer kritisch moeten zijn voor normale genactiviteit, omdat het coderen van SSR-expansie of -contractie direct de overeenkomstige genproducten beïnvloedt en zelfs fenotypische veranderingen veroorzaakt. Bij eukaryoten zijn SSR-effecten in coderende regio's op fenotypes uitgebreid bestudeerd, alleen bij menselijke ziekten, waardoor overvloedig bewijsmateriaal over menselijke neuronale aandoeningen en kankers werd onthuld.

Exon CAG Repeat Expansion produceert giftige mutante eiwitten die ziekten bij de mens veroorzaken

Herhalingsziekten bij mensen zijn overwegend neurologisch en worden veroorzaakt door instabiliteit en expansie van tripletmotieven binnen of nabij genen (besproken in Cummings en Zoghbi 2000 Masino en Pastore 2002). De grootste klasse van deze ziekten is het gevolg van de uitbreiding van coderende CAG-herhalingen die worden vertaald in verlengde (Gln)N traktaten binnen de overeenkomstige eiwitten. Deze dominant erfelijke ziekten omvatten de ziekte van Huntington (HD), dentatorubro-pallidoluysiaanse atrofie (DRPLA), spinobulbaire spieratrofie (SBMA) en spinocerebellaire ataxie (SCA1, SCA2, SCA3, SCA6 en SCA7 tabel 3). Alle acht stoornissen zijn progressief, meestal opvallend op middelbare leeftijd en veroorzaken verhoogde neuronale disfunctie en uiteindelijk neuronaal verlies 10-20 jaar na het begin van de symptomen. Verschillende andere kenmerken kenmerken deze groep ziekten: hoe groter het aantal CAG-herhalingen op uitgebreide allelen, hoe vroeger de aanvangsleeftijd en hoe ernstiger de ziekte. De herhalingen laten zowel somatische als kiembaaninstabiliteit zien (zie review: Zoghbi en Orr 2000 Lima et al. 2001). Opeenvolgende generaties van getroffen families ervaren anticipatie, of een eerdere leeftijd waarop de ziekte begint, en een snellere ziekteprogressie als gevolg van intergenerationele herhaalde instabiliteit die vooral duidelijk is bij overdrachten door de vader. CAG-contractie binnen het androgeenreceptorgen was betrokken bij kanker of andere ziekten (tabel 3).

Hoe kunnen de uitgebreide CAG-herhalingen deze ziekten veroorzaken? Er zijn sterke aanwijzingen dat de uitgebreide (Gln)N stretch verleent ofwel een winst- of verandering van functie aan de overeenkomstige eiwitten (zie recensies: Galvão et al. 2001 Ranum en Day 2002). In de meeste gevallen werd een toxische functiewinst van het mutante eiwit aangetoond. Zo tonen zowel celkweek- als dierstudies duidelijk aan dat een lange (Gln)N darmkanaal is giftig voor zowel neuronen als perifere cellen (Galvão et al. 2001). Aanvullende peptidesequenties van uitgebreide CAG-herhalingen moeten bijdragen aan het late begin van deze ziekten en selectieve neuronale kwetsbaarheid. Deze neuronale selectiviteit verdwijnt in de vroegste juveniele gevallen, wanneer de (Gln)N tractus onevenredig groot wordt ten opzichte van de rest van het eiwit, kan er een drempel zijn voor de lengte van de Gln-herhaling waarboven het de overheersende toxische groep wordt (Zoghbi en Orr 2000). Het is ook mogelijk dat RNA's die CAG-geëxpandeerde herhalingen bevatten, ofwel interfereren met de verwerking van het primaire transcript, resulterend in een tekort aan het overeenkomstige eiwit, of een interactie aangaan met RNA-bindende eiwitten, waardoor hun normale activiteit verandert (zie overzicht: Galvão et al. 2001 ). Recente experimenten suggereren dat, naast de ubiquitine/proteasoomroute, mutante eiwitten met geëxpandeerde (Gln)N stretches betrokken zijn bij de lysosomale route voor eiwitafbraak, en dat dit verwerkingsmechanisme kan dienen als een doelwit voor nieuwe therapeutische benaderingen van CAG-herhalingsziekten (Yamada, Tsuji en Takahashi 2002).

Monomeer SSR-variatie in coderende regio's inactiveert MMR-genen via Frameshift, maar leidt ook tot andere afgeknotte eiwitten in tumorcellen

Microsatelliet-instabiliteit (MSI) komt voor bij ongeveer 90% van de erfelijke niet-polyposis colorectale kankers (HNPCC) en bij ongeveer 15% van de sporadische tumoren van de dikke darm (Mark Redston 2001), in aantallen maag (Yamada et al. 2002een), long (Zienoddiny et al. 1999) en endometriumkanker (Vassieva et al. 2002). Het is bewezen dat veel MSI-tumoren worden veroorzaakt door mutatie-inactivatie van de verschillende MMR-genen vermeld in tabel 3. De mutatie-inactivatie werd voornamelijk veroorzaakt door een frameshift die optreedt binnen de (A)N traktaten gelokaliseerd in exons van zowel grote als kleine MMR-genen (voor een overzicht, zie Duval en Hamelin 2002), behalve de methylering van de hMLH1 promotor (Yanagisawa et al. 2000).

Evenzo wordt een aantal SSR-bevattende genen (vermeld in tabel 3) vaak beïnvloed door de MSI in tumorcellen. Net als de MMR-genen bevatten deze genen ook (A)N traktaten in coderende regio's, wat kan leiden tot frameshift-mutatie in MMR-defecte cellen (Duval en Hamelin 2002). De eiwitten die door deze genen worden gecodeerd vertonen tumoronderdrukkende functies en vertegenwoordigen dus belangrijke doelwitten van met mutatorroute geassocieerde carcinogenese (Schwartz et al. 1999). De meeste MSI-hoogfrequente (MSI-H) tumoren hadden frameshift-mutaties gekregen in meer dan één gen onder hMSH3, hMSH6, BAX, IGFIIR, TGFbetaIIR, E2F4 en BRCA2 (Johansdottir et al. 2000).

Het humane hTCF4-gen interageert functioneel met β-catenine in de Wnt-signaleringsroute. Alternatief gebruik van verschillende leeskaders in het exon 17 van hTCF-4 genereert verschillende eiwit-isovormen met agonistische of antagonistische transactiverende activiteiten (Duval et al. 2000). Een deletie van 1 bp in een (A)9 herhaling binnen exon 17, evenals andere frameshift-mutaties, resulteert in een afname van het aandeel van de lange COOH-terminale hTCF-4-isovorm, die twee bindende domeinen bevat voor c-terminaal bindend eiwit, een eiwit dat betrokken is bij de onderdrukking van de TCF-familie transcriptionele activiteit. Het verlies van het TCF-4-vermogen om te interageren met COOH-terminaal bindend eiwit zou dus een belangrijk effect kunnen hebben op colorectale carcinogenese door Wnt-signalering te wijzigen (Duval et al. 2000).

SSR-variatie in coderende regio's beïnvloedt genexpressie en pathogenese in prokaryoten

De aanwezigheid van SSR's in prokaryoten is zeldzaam, maar de meeste die wel voorkomen, zijn gerelateerd aan pathogene organismen. Hun variatie in herhalingsaantallen kan ook fenotypische veranderingen veroorzaken (besproken in van Belkum et al. 1998). Deze SSR-motieven deden denken aan de aanwezigheid van repetitieve elementen bestaande uit opnamesignaalsequenties, intergene dyade-sequenties en meervoudige tetranucleotide-iteratie (Karlin, Mrazek en Campbell 1997). Haemophilus influenzae (Hoi), een obligate commensaal/pathogeen van de bovenste luchtwegen, gebruikt fasevariatie (PV) om zich aan te passen aan veranderingen in de gastheeromgeving. Omschakeling vindt plaats door slippen van SSR-herhalingen binnen genen die coderen voor virulentiemoleculen (Hood et al. 1996). De meeste van dergelijke SSR's in Hoi zijn tetranucleotide-herhalingen, die worden vermeld in tabel 3. De hoge prevalentie van tetranucleotiden die PV mediëren, is een uitzonderlijk kenmerk van de Hoi genoom. Weiser, Love en Moxon (1989) vonden bijvoorbeeld dat verschillende patronen van lipopolysaccharide-expressie (LPS: LPS-fasevariatie functioneert als een aanpassingsmechanisme dat bacteriën in staat stelt te ontsnappen aan de aanval van het immuunsysteem en zich over verschillende fysieke barrières te verplaatsen: van Putten 1993) en de moleculaire omschakeling die tot deze fenotypische variabiliteit leidde, bleek afhankelijk te zijn van de translationele capaciteit van het gen lic1 mRNA, dat wordt veroorzaakt door variabele aantallen van een CAAT-motief in dit gen. Variatie in het totale aantal van deze CAAT-eenheid verplaatst een van de drie ATG-codons in of uit het leeskader van de eiwitsynthese, en beïnvloedt dan direct de eiwitsynthese en de primaire aminozuursequentie. Meer voorbeelden staan ​​in tabel 3.

Variatie in de opaciteitsoppervlakte-eiwitten (Opa) vindt plaats door recA-onafhankelijke herrangschikkingen in de coderende herhalingssequentie. In dit gebied vindt verschuiving van het translationele leeskader plaats vanwege veranderingen in het repetitieve DNA-spoor (Murphy et al. 1989). Deze veranderingen treden onafhankelijk op in een van de opa genen, die tegelijkertijd verantwoordelijk zijn voor de productie van verschillende Opa-eiwitten. De relatie tussen de oppervlakkige Opa-eiwitsamenstelling van een bacterieel isolaat met invasiviteit in het menselijke epitheel is experimenteel aangetoond (Makino, van Putten en Meyer 1991). Een variabel aantal CTCTT-motieven in de opa leader-peptide verplaatst de lezing van het gen in of uit het frame. Deze sequentie is eigenaardig omdat het waarschijnlijk is dat een triple-helix-conformatie optreedt en het CTCTT-herhalingsgebied overgevoelig lijkt te zijn voor enkelstrengs-specifieke nuclease. Het aantal herhalingen varieert continu bij lage frequentie in vivo. Zodra omgevingsselectie het voortbestaan ​​van een van de 'minderheids-SSR-typen' beïnvloedt, zal dit type zijn selectieve voordeel 'vertalen' in overgroei van de bestaande populatie (Makino, van Putten en Meyer 1991).

In het algemeen benadrukken de voorbeelden die in deze sectie en in tabel 3 worden genoemd het belang van SSR-elementen in veel aspecten van: aangepaste gedrag bij bacteriën. SSR-variaties stellen bacteriën in staat te reageren op diverse omgevingsfactoren, en veel daarvan zijn duidelijk gerelateerd aan bacteriële pathogenese en virulentie. De contingente genen die SSR's bevatten, vertonen hoge mutatiesnelheden, waardoor de bacteriën snel kunnen inwerken op schadelijke omgevingscondities (Moxon et al. 1994). Sommige van de SSR's lijken een essentiële rol te spelen bij het beheersen van de oppervlakteblootstelling van actieve eiwitdomeinen en antigene variatie.


Voorgestelde lectuur

Allesen-Holm M, Barken KB, Yang L, Klausen M, Webb JS, Kjelleberg S, et al. Een karakterisering van DNA-afgifte in Pseudomonas aeruginosa-culturen en biofilms. Mol Microbiol. 200659(4):1114–28.

Das T, Sehar S, Manefield M. De rollen van extracellulair DNA in de structurele integriteit van extracellulaire polymere substantie en bacteriële biofilmontwikkeling. Environ Microbiol Rep. 20135(6):778-86.

Flemming HC, Wingender J, Szewzyk U, Steinberg P, Rice SA, Kjelleberg S. Biofilms: een opkomende vorm van bacterieel leven. Nat Rev Microbiol. 201614(9):563-75.

Gallo PM, Rapsinski GJ, Wilson RP, Oppong GO, Sriram U, Goulian M, et al. Amyloïde-DNA-composieten van bacteriële biofilms stimuleren auto-immuniteit. Immuniteit. 201542(6):1171-84.

de Aldecoa AL I, Zafra O, Gonzalez-Pastor JE. Mechanismen en regulatie van extracellulaire DNA-afgifte en zijn biologische rollen in microbiële gemeenschappen. Microbiol vooraan. 20178: 1390.

Scholing SR, Hubley A, Beveridge TJ. Interacties van DNA met van biofilm afgeleide membraanblaasjes. J Bacteriol. 2009191(13):4097-102.

Turnbull L, Toyofuku M, Hynen AL, Kurosawa M, Pessi G, Petty NK, et al. Explosieve cellysis als mechanisme voor de biogenese van bacteriële membraanblaasjes en biofilms. Nat Comm. 20167:11220.

Tursi SA, Lee EY, Medeiros NJ, Lee MH, Nicastro LK, Buttaro B, et al. Bacteriële amyloïde curli werkt als een drager voor DNA om een ​​auto-immuunrespons op te wekken via TLR2 en TLR9. PLoS Pathog. 201713(4), e1006315.

Vorkapic D, Pressler K, Schild S. Veelzijdige rollen van extracellulair DNA in bacteriële fysiologie. Curr Genet. 201662(1):71–9.

Whitchurch CB, Tolker-Nielsen T, Ragas PC, Mattick JS. Extracellulair DNA vereist voor bacteriële biofilmvorming. Wetenschap. 2002295(5559):1487.


<p>Deze sectie geeft informatie over de expressie van een gen op mRNA- of eiwitniveau in cellen of in weefsels van meercellige organismen.<p><a href='/help/expression_section' target='_top'>Meer. </a></p> Expressie i

<p>Deze subsectie van de sectie 'Expressie' geeft informatie over de expressie van een gen op mRNA- of eiwitniveau in cellen of in weefsels van meercellige organismen. De informatie is standaard afgeleid van experimenten op mRNA-niveau, tenzij gespecificeerd 'op eiwitniveau'.<br></br>Voorbeelden: <a href="http://www.uniprot.org/uniprot/P92958#expression" >P92958</a>, <a href="http://www.uniprot.org/uniprot/Q8TDN4#expression">Q8TDN4</a>, <a href="http://www.uniprot.org/uniprot/O14734# expression">O14734</a><p><a href='/help/tissue_specificity' target='_top'>Meer. </a></p> Weefselspecificiteit i

Genexpressiedatabases

Bgee-database voor genexpressie-evolutie

Genevisible zoekportaal voor genormaliseerde en samengestelde expressiegegevens van Genevestigator


Bekijk de video: Basisstof 2 Chromosomen, genen en eiwitten (December 2021).