Informatie

2.6: Opdrachten met monsters - Biologie


De opdrachten in deze cursus hebben een open licentie en zijn beschikbaar zoals ze zijn, of kunnen worden aangepast aan de behoeften van uw studenten.

Deze cursus biedt 10 aanwijzingen en beoordelingsrubrieken voor schriftelijke opdrachten, ontworpen om af te stemmen op de cursusresultaten.

Als je deze cursus importeert in je leerbeheer (Blackboard, Canvas, etc.), worden de opdrachten automatisch in de opdrachtentool geladen. Je kunt ze hieronder of tijdens de cursus bekijken.

OpdrachtbestandenModule-uitlijning
Biologische astronaut (download de .docx, .rtf)Na zowel Module 1: Inleiding tot Biologie als Module 2: Chemie van het Leven
Voedingsdeskundige voor een dag (download de .docx, .rtf)
Voorbeeld voltooide opdracht om uit te delen aan studenten
Na module 3: Belangrijke biologische macromoleculen
Cell Builder (download de .docx, .rtf)
Hier is een voorbeeld van wat leerlingen kunnen maken
Na module 4: Cellulaire structuur
Membranen leven! (download de .docx, .rtf)
Voorbeeld voltooide opdracht om uit te delen aan studenten
Na module 5: celmembranen
Observeren van energietransacties (download de .docx, .rtf)
Hier is een voorbeeld van wat leerlingen kunnen maken
Na module 6: Metabole routes
Mitose en Meiose Internet Quests (download de .docx, .rtf)
Bekijk dit voorbeeld van wat studenten zouden kunnen inleveren
Na Module 7: Celdeling
Welke heeft meer DNA? (download de .docx, .rtf)
Bekijk hier de voorbeelden
Na module 8: DNA-structuur en -replicatie
Hoe mutaties werken (download de .docx, .rtf)
Dit document toont een voorbeeldinzending
Houd er rekening mee dat het alleen antwoorden op een paar vragen en een enkele momentopname bevat om u een idee te geven van hoe u deze opdracht kunt voltooien.
Na zowel Module 9: DNA-transcriptie, Module 10: Vertaling en Module 11: Genexpressie
Dragon Genetics (download de .docx, .rtf)
Hier is een uitgewerkt voorbeeld met een screenshot en vereiste tekstuitleg
Module 12: Na erfelijke eigenschappen
Wanneer Jabberjays aanvallen! (download de .docx, .rtf)
Hints document om uit te delen aan studenten
Na zowel Module 13: Evolutietheorie als Module 14: Moderne Biologie

Opdrachten

Voor elk derde deel van de cursus zal één onderzoeksartikel worden toegewezen met betrekking tot de stof die in de lezing wordt behandeld. Iedereen zou deze papers moeten lezen, ze zullen worden besproken in recitatie en gerelateerde vragen kunnen op de examens voorkomen. Bij elke paper zullen we ook een discussievraag uitdelen. Studenten worden aangemoedigd om een ​​kort essay te schrijven (2 pagina's met dubbele regelafstand) als antwoord op deze vraag. Essays krijgen maximaal 15 pts en worden beoordeeld op volledigheid van het antwoord, duidelijkheid van uitleg en originaliteit. Hoewel cursuscijfers uitsluitend worden berekend op basis van examenscores, worden de punten die zijn verzameld door het voltooien van de schrijfopdrachten vervolgens opgeteld bij de examentotalen. Cijfers worden dan toegekend zonder de puntentotalen die overeenkomen met elk lettercijfer te wijzigen. De schrijfopdrachten worden dus behandeld als extra punten.

De antwoorden op de discussievragen moeten de vorm hebben van een essay van 2 pagina's met titel, dubbele regelafstand, met een lettergrootte van 12 met marges van 2,5 cm boven, onder, links en rechts. Alle papieren moeten gerechtvaardigd worden achtergelaten. Geen excuses! Het essay moet een samenvatting geven van de belangrijke punten van de paper die betrekking hebben op de vraag (niet meer dan twee alinea's) en een antwoord op de gestelde vragen voorstellen. De kwaliteit van het antwoord hangt af van de kwaliteit van de ondersteunende argumenten en van de kwaliteit van de presentatie.

Het artikel van Chong en collega's beschrijft de zuivering en karakterisering van een archaebacterieel eiwit (MtMcm) dat verwant is aan de eukaryote Mcm-eiwitten. De experimenten in figuur 1 geven aan dat MtMcm een ​​bindingsplaats heeft voor zowel ssDNA als dsDNA. Het is mogelijk dat deze DNA's aan dezelfde plaats in het eiwit binden of dat ze aan afzonderlijke plaatsen binden. Stel een experiment voor om onderscheid te maken tussen deze twee mogelijkheden en beschrijf de resultaten die u zou verwachten als dsDNA en ssDNA dezelfde bindingsplaats delen. Als ssDNA en dsDNA dezelfde bindingsplaats delen, welk deel van het DNA is dan waarschijnlijk betrokken bij de interactie die de ATPase stimuleert?

Om het vermogen van MtMcm-eiwit om grote DNA-fragmenten te verdringen aan te pakken, creëerden de auteurs een DNA-helicasesubstraat met ssDNA's van variabele lengte (25 tot 500 basen) gegloeid tot een grote ssDNA-cirkel en ontdekten dat MtMcm ssDNA's tot 500 basen kan verdringen. Is dit een test voor MtMcm-procesiviteit? Leg uit waarom wel of niet.

Het artikel van Yang en collega's beschrijft de karakterisering van de BRCA2-homoloog, Brh2. Ze leveren bewijs dat Brh2 de assemblage van Rad51-filament bevordert en dat deze rol zou kunnen verklaren hoe BRCA2-eiwitten functioneren bij DSB-reparatie.

De recombinatie-assays die in het artikel worden beschreven, vereisen het enkelstrengs DNA-bindend eiwit RPA. Leg de meerdere effecten uit die RPA zou hebben op de Rad51-filamentassemblage. In één experiment gebruiken de auteurs E coli SSB in plaats van RPA. Wat is de rol van dit experiment in de logica van het papier?

De auteurs concluderen ook dat Brh2 bij voorkeur de vorming van Rad51-filamenten op ssDNA-dsDNA-knooppunten bevordert. Bovendien concluderen ze dat deze filamenten specifiek groeien om de 3'ssDNA-overhang te bedekken. Hoe zouden hun resultaten verschillen als deze specifieke polariteit van filamentgroei niet was waargenomen? Ze suggereren op basis van hun structurele werk dat deze polariteit te wijten zou kunnen zijn aan nucleatie door BRC-gebonden Rad51. Vindt u dit model aantrekkelijk, onaantrekkelijk of onnodig? Leg uw standpunt over dit onderwerp uit.

Ibrahim, el C., T.D. Schaal, K.J. Hertel, R. Reed en T. Maniatis. "Serine/arginine-rijke eiwitafhankelijke onderdrukking van exon-skipping door exonische splicing-versterkers." Proc Natl Acad Sci U.S.A. 102, nee. 14 (5 april 2005):5002-7. (Epub 7 maart 2005)

Het artikel van Ibrahim et al. richt zich op de mechanismen die worden gebruikt om te zorgen voor een juiste koppeling van 5'- en 3'-splitsingsplaatsen. De auteurs trekken twee duidelijke conclusies: (1) dat SR-eiwitten, door te binden aan niet-gesplitste exons, de splitsingsmachinerie naar de dichtstbijzijnde 5'- en 3'-splitsingsplaatsen sturen (2) de SR-eiwitten functioneren om de splitsing tussen stroomopwaartse 5'-splitsingsplaatsen te onderdrukken en stroomafwaartse 3'-splitsingsplaatsen. Vat het bewijs samen dat specifiek de tweede van deze conclusies ondersteunt.

In pre-mRNA's die verschillende alternatieve exons dragen (bijvoorbeeld een gen met 4 exons, maar 3 alternatieve versies van exon 2 die in verschillende weefsels worden gebruikt) heeft de keuze van de splitsingsplaats extra complexiteit. Stel op basis van de conclusies van dit artikel een model voor hoe alternatieve splicing in de verschillende weefsels kan worden bereikt. U kunt desgewenst een figuur toevoegen, naast de 2 pagina's met geschreven tekst.


Bekijk de video: Biologie: Havo23 - : Eten (December 2021).