Informatie

Tegengestelde resultaten tussen Blomberg's K en fylogenetisch signaal in Phylocom (AOT)


Ik heb geprobeerd te testen op significant fylogenetisch conservatisme in sommige planteigenschappen. Tot nu toe gebruikte ik R-pakket picante (Blomberg's K) en AOT in Phylocom. Tot nu toe leveren deze twee methoden volledig tegengestelde resultaten op voor dezelfde eigenschappen, en ik ben in de war. Is het mogelijk om zulke zeer contrasterende resultaten te krijgen van deze twee methoden?

Eén eigenschap toont bijvoorbeeld Blomberg's K = 0,2892 (P = 0,001), wat suggereert dat de evolutie van deze eigenschap in het algemeen niet sterk werd beperkt door fylogenetische verwantschap. Daarentegen levert AOT voor hetzelfde kenmerk variantie van gestandaardiseerde contrasten over boom = 0,006, significantie van contrastvariantie ten opzichte van nulmodel (lage rangorde) = 1, en significantie van contrastvariantie ten opzichte van nulmodel (hoge rangorde) = 1000 (dwz , P = 0,002), wat suggereert dat boomsgewijze fylogenetische conservatisme aanzienlijk groter is dan de verwachtingen van willekeurige tipwisseling.

Ik ben net begonnen naar deze fylogenetische signalen te kijken, dus misschien zie ik iets cruciaals over het hoofd. Ik zou het zeer op prijs stellen als je me zo vriendelijk zou kunnen zijn om aanwijzingen te geven, heel erg bedankt!


Ik denk dat ik dacht. Iemand vertelde me dat de bovenstaande resultaten hetzelfde zijn. De absolute waarde van K = 0,29 geeft aan dat de grootte van het signaal minder is dan verwacht onder een Brownse beweging, maar het is nog steeds meer dan willekeurige verwachting (volgens de P-waarde, P = 0,001). Dus beide methoden suggereren dat boomsgewijze fylogenetisch conservatisme aanzienlijk groter is dan willekeurige verwachtingen.

In feite werden de betekenissen van K-statistieken en P-waarde duidelijk vermeld in het originele artikel (Blomberg et al. 2003). Ik had er eerst naar moeten kijken... maar goed, ik denk dat het nu opgelost is.