Informatie

Wat is Tandemherhaling?


Na het lezen -

(wikipedia) Tandemherhalingen komen voor in DNA wanneer een patroon van een of meer nucleotiden wordt herhaald en de herhalingen direct naast elkaar liggen.

(een paper) Een tandemherhaling in DNA is twee of meer aaneengesloten, bij benadering kopieën van een patroon van nucleotiden.

Ik concludeerde dat het deel van oriC dat alle vier de 9-mer-s bevat een tandem-herhaling moest worden genoemd en samen met alle drie de 13-mer-s, twee tandem-herhalingen.

Maar nogmaals, tijdens het lezen van Principles of genetics door Simmons kwam ik het volgende tegen:

De enkele ori in E.coli is tot in detail gekarakteriseerd. Het is 245 nucleotidepaar lang en bevat twee herhaalde sequenties. Eén 13-bp is aanwezig in drie tandemherhalingen. De drie herhalingen zijn rijk aan…

Dus hier staat dat elke 9-mer in de serie eigenlijk een tandemherhaling is.

Welke betekenis is meer geaccepteerd?


De DNA-sequentie "TATATATA" bevat 4 herhalingen van het 2-meer "TA" en omdat deze herhalingen aan elkaar grenzen, zijn ze tandem herhalingen. Het patroon van nucleotiden wordt herhaald en de herhalingen liggen naast elkaar.

Dit is wat zowel de Wikipedia- als de Simmons-definities proberen te communiceren. De verklaring die u citeert uit Benson'a-paper kan worden opgevat als hetzelfde (behalve voor "bij benadering"), maar kan ook worden opgevat als zeggend dat de verzameling van alle aaneengesloten herhalingen is een tandem repeat, maar dat was niet de bedoeling.

De oriC-sequentie heeft dus 4 tandemherhalingen van één soort (9-meren) en 3 tandemherhalingen van een ander patroon (13-meren).