Informatie

Is het mogelijk om alleen de 16S-rRNA-component te sequensen? Zo ja, hoe?


Er zijn onlangs verschillende artikelen verschenen over het gebruik van 16S-rRNA als een manier om soorten te identificeren (hier en hier). Ik vraag me af of het mogelijk is om ofwel alleen die subeenheid van het ribosoom te sequensen of alleen de sequentie van DNA waar het vandaan komt (waarschijnlijk niet, ik weet het). Op die manier kun je alleen de sequentie gebruiken die je nodig hebt om te vergelijken met andere 16S rRNA-sequenties om te testen op nieuwe soorten.

Zo ja, om welk proces gaat het?


In principe zijn alle 16S-genen sterk geconserveerd, d.w.z. ze delen veel identieke basen. Dit betekent dat je het 16S-genstuk (nadat het DNA is geknipt) kan binden aan een specifiek ander stuk DNA, zelfs als je de 16S-genbasen niet precies weet. Al het andere wordt dan weggegooid. Nu ten slotte, met behulp van PCR, wordt de rest geamplificeerd en gesequenced. Alleen 16S sequencen is veel minder werk, dus zo deden ze het jaren geleden ook. Tegenwoordig worden hele microbiomen gesequenced door professionele laboratoria.