Informatie

Proberen DNA te extraheren met een onvolledige kit


Ik wil een DNA-extractie uitvoeren op grond- en wortelmonsters met een 96-wells platenkit.

Mijn probleem is dat iemand de kit heeft doorgenomen en de afdichtingstape heeft meegenomen. Deze tape werd gebruikt om de platen af ​​te dichten, zodat ze kunnen worden gevortext en gecentrifugeerd. Ik heb overwogen om een ​​soortgelijke tape van onze qPCR-reacties te gebruiken, maar dit zou een erg duur laatste redmiddel zijn. Ik heb geprobeerd een plaat met water te vullen en af ​​te dekken met stroken labeltape, maar de tape biedt onvoldoende afdichting voor de vortex.

Ik ben benieuwd of iemand een soortgelijke situatie heeft meegemaakt en of ze een oplossing hebben kunnen vinden. Deze specifieke kit is deze PowerSoil-kit van MoBio, die niet meer bestaat nadat deze is opgekocht door Qiagen. Ik heb Qiagen gebeld en ze verkopen de afdichtingstape niet afzonderlijk.

Bedankt


Het is de vortexstap die je de problemen bezorgt. Maar je kunt handmatig vortexen door een paar keer op en neer te pipetteren in het putje. Sluit vervolgens de bovenkant van de plaat af met parafilm voor centrifugeren.


DNA extraheren met oom Cecil

Blaine en Tracey vroegen me om vandaag langs te komen en "iets leuks" met jullie te delen. Nou, we weten allemaal waar dat toe kan leiden.

Deze keer zullen we niet leren over raketten. We zullen leren over iets veel kleiners: DNA.

Blaine's en Tracey's reis door DNA is vastgelegd in deel 2. Maar als je er nog niet bent, raad ik deze post over DNA ten zeerste aan.

Kortom, DNA is het spul dat onze cellen vertelt wat ze moeten doen en hoe ze eruit moeten zien. Het bevindt zich in de kern van een cel, dus zoals je je kunt voorstellen is het vrij klein.

In feite heb je normaal gesproken een zeer krachtige microscoop nodig om DNA met eigen ogen te zien. Dat wil zeggen, tenzij je het extraheert en dwingt om samen te voegen tot één gigantische massa DNA!!

Vandaag ga ik een truc met je delen die ik op de universiteit heb geleerd om DNA met het blote oog zichtbaar te maken. Ik voel me altijd een beetje als een gekke wetenschapper, dus ik weet zeker dat jullie er veel plezier mee zullen hebben.


Wat u nodig heeft voor DNA-extractie:

Wat doe je:

1. Maak een zoutoplossing in een bekerglas door twee laboratoriumlepels zout toe te voegen aan ongeveer 25 ml gedestilleerd water. Roer tot het zout volledig is opgelost.

2. Giet het zoute water in de papieren beker.

3. Drink, zonder door te slikken, een slok van de oplossing uit het papieren bekertje en beweeg het minstens 30 seconden heen en weer, terwijl u af en toe uw tanden langs de binnenkant van uw wangen schraapt. Het is het beste om dit met een schone mond te doen, dus niet direct na de lunch.

4. Spuug je mondwater terug in de beker. Buig vervolgens de beker in een soort tuit en giet de mondwateroplossing in de reageerbuis totdat deze ongeveer 2,5 cm van de bodem van de reageerbuis vult.

5. Voeg voorzichtig twee druppels vloeibare zeep toe.

6. Kantel de reageerbuis ongeveer 45 graden en gebruik de pipet (of druppelaar op de alcoholfles) om 20 druppels van de gekoelde alcohol toe te voegen, zodat deze door de reageerbuis glijdt zonder de oplossing te verstoren. Omdat het minder dicht is, blijft de alcohol bovenop het mondwater en de zeepoplossing zitten.

7. Doe de dop stevig op het reageerbuisje en kantel het heel langzaam en voorzichtig ondersteboven en vervolgens drie keer met de goede kant naar boven. Doe het voorzichtig om geen bubbels te maken.

8. Laat de reageerbuis een minuut ongestoord rechtop staan. Op dit punt zou je een melkachtig witte draad moeten zien verschijnen, mogelijk afgewisseld met bubbels, tussen de oplossing en de alcohol. Dat is jouw DNA! Na enkele minuten moet het DNA in de alcohollaag zijn gesuspendeerd.

9. Als je wilt, steek je je spies of roerstaafje in de reageerbuis en wind je het DNA er voorzichtig omheen.

10. Om het te bewaren, schraapt u het voorzichtig in de kleine injectieflacon met een paar druppels alcohol. Als je het in de vriezer bewaart, kun je je DNA bijna onbeperkt bewaren!


Methoden:

Celstammen en groeiomstandigheden

Culturen van Euglena gracilis Z (SAG 1224-5/25), Euglena hiemalis (CCAP 1224/35) en Euglena Longa (CCAP 1204-17a) werden statisch gekweekt in het Cramer-Myers medium (Cramer en Myers 1952), aangevuld met ethanol (0,8% v/v) en waterig bodemextract (1% v/v). Cellen werden gekweekt bij 18 ° C onder blootstelling aan wit licht (16:8 uur licht/donkercyclus, ca. 27 mol fotonen m 2 s 1).

Schijfdiffusie-antibioticagevoeligheidstest

Om de antibioticagevoeligheid van verontreinigende organismen te bepalen, werd de agardiffusietest uitgevoerd (Bauer et al. 1966). De initiële, niet-axenische culturen van eugleniden werden uitgeplaat op Tryptone Soya Yeast Extract Agar (TSYEA BTL) aangevuld met amfotericine B (1% v/met wie Sigma). Vervolgens werden de met antibiotica geïmpregneerde papieren schijven (Oxoid) op de platen geplaatst en lieten ze incuberen. Onze eerdere ervaring heeft aangetoond dat antibiotica die de DNA- of eiwitsynthese beïnvloeden, met name de recentelijk ontwikkelde antibiotica, dodelijker zijn voor eugleniden bij lagere concentraties dan voor hun bacteriële en/of schimmelverontreinigingen. Daarom zijn ze in dit onderzoek niet meegenomen. Verschillende middelen die de bacteriële celwandsynthese remmen, zoals ampicilline (25 g), cefotaxime (30 g), fosfomycine (50 g), gentamicine (30 g), penicilline (25 g), rifampicine (30 g), trimethoprim (2,5 g ), en vancomycine (30 g), werden gebruikt bij de antibioticascreening, als het minst schadelijk voor de cellen van eugleniden. Cefotaxime en vancomycine - de verbindingen die de grootste remmingszones genereren - werden gekozen voor de uiteindelijke zuiveringsprocedure.

Cultuur zuivering

De initiële kweken van eugleniden werden mechanisch voorgezuiverd door middel van centrifugatie (2500 x .).G, 30 s, RT) en wassen met gedestilleerd water (elke keer dat het supernatant werd weggegooid). De procedure werd herhaald zolang de onder de microscoop waargenomen hoeveelheid bacteriën zichtbaar afnam. Dergelijke bereide kweken werden verdund en uitgestreken op vast Cramer-Myers-medium aangevuld met mineraal medium (5% v/v) (Starr 1964), waterig bodemextract (5% v/v) en amfotericine B (1% v/met wie Sigma), en geagariseerd met TSYEA (1% v/met wie BTL). Om zones met afnemende concentraties antibiotica te verkrijgen, werden slechts twee schijven, één voor elk van de geselecteerde verbindingen (respectievelijk cefotaxime en vancomycine), aan weerszijden van de plaat geplaatst (aanvullende figuur S1, aanvullend materiaal online). Gegroeid Euglena kolonies (zichtbaar onder de microscoop als bacterievrij en levend) werden vervolgens opnieuw uitgestreken op hetzelfde medium voor verdere zuivering. Om de overlevingskansen van de Euglena cellen werden de antibioticumschijven elke tweede passage op de platen geplaatst. De procedure werd herhaald totdat de axenische algenculturen waren verkregen. Daarna werden ze overgebracht naar het vloeibare medium en constant gecontroleerd op aanwezigheid van bacteriën en schimmels.

Genomische DNA-extractieprotocollen

In deze studie werden vijf DNA-extractiemethoden geëvalueerd. Het DNA werd geïsoleerd van alle drie de soorten (E. gracilis, E. longa, E. hiemalis) in vijfvoud bij elk extractieprotocol. De initiële experimentele stappen bleven in alle gevallen hetzelfde. Een totaal volume van 10 ml vloeibare culturen in de logaritmische groeifase werd gecentrifugeerd (5000×G, 5 min, RT) en driemaal gespoeld met nucleasevrij water om de resten van het groeimedium volledig te verwijderen. gewassen Euglena cellen werden vervolgens opnieuw gesuspendeerd, in porties verdeeld (1 ml) en gecentrifugeerd. Vervolgens werd elk van de celpellets (± 50 mg) verwerkt in overeenstemming met de vereisten van de gekozen methode. Ten slotte werd het DNA geëlueerd of geresuspendeerd in 100 L nuclease-vrij water (GE Healthcare).

Extractie met in de handel verkrijgbare kolomkits met silicamembraan

Twee commercieel vervaardigde kits, ontworpen voor snelle zuivering van genomisch DNA - DNeasy Blood & Tissue (Qiagen) en DNeasy Plant (Qiagen) - werden getest. In het geval van de DNeasy Blood & Tissue-kit werd het spinkolom-protocol toegepast dat is ontworpen voor zuivering van totaal DNA uit dierlijk bloed/gekweekte cellen, terwijl in het geval van de DNeasy Plant-kit het TissueRuptor-protocol met vloeibare stikstof werd gebruikt. Alle stappen werden strikt uitgevoerd zoals beschreven in de instructies van de fabrikant. In beide gevallen werd RNAse A-digestie op de kolom (100 mg ml -1, 4 L, 2 min, RT Qiagen) uitgevoerd.

Extractie met fenol:chloroform

Genomisch DNA werd geïsoleerd met standaard ethanolprecipitatie na fenol:chloroform:isoamylalcohol (24:25:1 .). v/v AppliChem) behandeling, volgens het eerder beschreven, zij het licht gewijzigde protocol (Psifidi et al. 2010 Green en Sambrook 2017). In het bijzonder 1 ml lysisbuffer met 10 mM Tris HCl (pH = 7,5), 1 mM EDTA, 50 mM NaCl, 0,2% SDS (v/met wie), en 1 mg proteïnase K (Qiagen) werd gebruikt om te verteren Euglena cellen gedurende 1,5 uur bij 56 ° C. De lysaatextractie werd tweemaal uitgevoerd met 1 ml fenol:chloroform:isoamylalcohol (24:25:1 v/v AppliChem). Na de eerste extractiestap werd de waterige fase behandeld met RNAse A (100 mg ml -1, 4 ul Qiagen) en gedurende 30 minuten bij 37 ° C geïncubeerd met periodiek, voorzichtig mengen. Daarna werd de extractie herhaald. Vervolgens werden 2,5 volume absolute ethanol (AppliChem) en 0,1 volume 3 M natriumacetaat (pH = 5,2) toegevoegd en het DNA werd gedurende 1,5 uur bij -20 ° C geprecipiteerd. Het monster werd gesponnen bij 12.000 ×G, 10 min, RT, en de DNA-pellet werd tweemaal gewassen met 70% ethanol. Ten slotte werd de pellet aan de lucht gedroogd en opnieuw gesuspendeerd in nucleasevrij water.

Extractie met traditionele CTAB-methode

De cetyltrimethylammoniumbromide (CTAB AppliChem) DNA-isolatie werd strikt uitgevoerd zoals elders beschreven (Allen et al. 2006). De volumes van gebruikte reagentia werden verkleind op basis van de hoeveelheid van de initiële Euglena biomassa.

Extractie met aangepaste CTAB-methode

Het op CTAB gebaseerde, snelle DNA-extractieprotocol (Healey et al. 2014) werd enigszins aangepast. Voorafgaand aan de juiste isolatie werden de celpellets gewassen met ijskoud DMSO:acetonitril (1:1 v/v AppliChem). Deze stap werd geïntroduceerd om het vlies te perforeren (en om de penetratie van de lysisbuffer in de cellen te vergemakkelijken), evenals om de fotosynthetische pigmenten, polysachariden en wasesters te verwijderen die de isolatie en zuivering van nucleïnezuren belemmeren (Rosenberg 1967 Mederic et al. 1987 Barsanti et al. 2001 del Campo et al. 2010 Healey et al. 2014). Ook werd de behandeling met RNAse A (100 mg ml -1, 4 L Qiagen) verlengd tot 30 minuten in vergelijking met de richtlijnen van Healey et al. (2014).

DNA-integriteitsbeoordeling

De integriteit van de DNA-monsters die met elke geteste extractiemethode werden verkregen, werd onderzocht door middel van standaard gelelektroforese (Psifidi et al. 2015). In detail werd 5 L van elk DNA-extract geanalyseerd in een 1,5% agarosegel gekleurd met 0, 5% Midori Green (Nippon), uitgevoerd in 1 x TAE-buffer. DNA-banden werden gevisualiseerd met behulp van de ChemiDoc UV-transilluminator (Bio-Rad).

DNA zuiverheid en opbrengst

Voor elk van de toegepaste extractieprocedures werden de concentratie en zuiverheid van het teruggewonnen DNA spectrofotometrisch beoordeeld met NanoPhotometer NP80 (Implen). een abs260/280 ratio werd gebruikt om eiwitcontaminatie te evalueren, terwijl een Abs260/230 verhouding werd gebruikt om de verontreiniging met organische oplosmiddelen te bepalen. Daarna werd voor elke soort/isolatiemethode één monster (met de beste parameters) geselecteerd op basis van de absorptiewaarden en onderworpen aan fluorimetrische metingen. Concentratie van het DNA in die monsters werd verder onderzocht met behulp van de High Sensitivity DNA Assay geïmplementeerd door Qubit 3.0 fluorometer (Thermo Scientific). Elke keer werd 1,5 L (absorptie) of 1 μL (fluorescentie) DNA-monster (of nucleasevrij water als blanco oplossing) gebruikt tijdens de monsterbeoordeling. Elke meting werd tweemaal uitgevoerd en de verkregen waarden werden gemiddeld. De totale DNA-opbrengst werd berekend op basis van de DNA-concentratie afgeleid van de NanoPhotometer en de Qubit-resultaten werden samen met het totale volume van het DNA-extract berekend.

Toepassing van het geïsoleerde DNA bij sequencing met hoge doorvoer

Op basis van de gemiddelde waarden van de bovenstaande parameters werd van de vijf geteste extractiemethoden de meest effectieve en robuuste gekozen. Om de toepassing ervan in de constructie en sequencing van NGS-bibliotheken te evalueren, zijn enkele isolaten van E. hiemalis en E. longa, die optimale parameters van concentratie en kwaliteit vertoonden, werden gekozen voor verdere manipulaties. Het voor sequencing voorbereide DNA werd niet langer dan een paar dagen bij -20 ° C bewaard, waardoor blootstelling aan temperatuuramplitudes werd vermeden.

De voorbereiding van een pair-end reads (PE150) bibliotheek werd extern uitgevoerd met behulp van NEBNext DNA Library Prep Master Mix Set for Illumina (NEB) en commercieel gesequenced op een HiSeq4000-instrument (Genomed, Warschau, Polen). De kwaliteit van de DNA-bibliotheek werd beoordeeld met behulp van een 2100 Bioanalyzer (Agilent). Bovendien werd de kwaliteit van onbewerkte sequencing-lezingen na het trimmen (verwijderen van bibliotheekadapters) geanalyseerd met behulp van de FastQC-software (Andrews 2010).


Indiana Jane moet toestemming hebben om met elk bot te werken. Als ze klaar is om DNA te extraheren, snijdt ze een klein stukje bot of tand en verpulvert het tot poeder. Het lijkt een beetje op meel waar je mee kunt bakken.

Het bot moet worden gesneden voordat het kan worden verpletterd om het botpoeder te analyseren. Klik voor meer details.

In het botpoeder zitten miljoenen botcellen en miljoenen cellen van andere organismen, waaronder bacteriën en parasieten. In elke cel bevindt zich een kopie van het DNA.

In het botpoeder zit een mix van vuil, botcellen en cellen van bacteriën, parasieten of andere microben. Afbeelding door Maria Nieves-Colón.

Vervolgens moet ze de celwanden openbreken zodat het DNA eruit loopt. Een speciaal enzym doet dit werk. Het lijkt veel op het openbreken van een ei in een kom, behalve dat het allemaal microscopisch klein is.

Maar DNA is niet het enige in een cel. Als de celwanden barsten, komen er ook andere celdelen naar buiten. Om het DNA van de andere delen van de cel te scheiden, is de volgende stap de reinigingsstap. Indiana Jane moet alleen het DNA vastleggen, maar al het "vuil" achterlaten.

Als het DNA schoon is, is het klaar voor analyse. Indiana Jane hoopt dat we meer hebben vastgelegd dan alleen menselijk DNA. Dit is waar ze hoopt dat het microbe-DNA zal zijn.


Ontdek nucleïnezuurextractieprotocollen per monstertype

De technische handleiding die bij elke kit wordt geleverd, bevat aanbevolen protocollen voor specifieke monstertypen. We blijven aanvullende voorbeeldtypen testen en publiceren de resultaten als korte Application Notes. Zoek in onze Application Notes-database naar uw specifieke monstertype dat u interesseert om protocollen te vinden voor handmatige, Maxwell- of plaatgebaseerde methoden.

Filteren op


Voor het starten

  • RNA is niet zo stabiel als DNA en is gevoelig voor afbraak door hitte, RNasen en andere enzymen.

*Pro-tip* Draag altijd handschoenen en houd het RNA-monster en de reagentia waar mogelijk koud en werk snel om RNA-afbraak te verminderen.

*Pro-tip* Houd de werkruimte, apparatuur en reagentia RNase-vrij (gebruik een RNase-ontsmettingsoplossing, zoals RNaseZap® of RNase AWAY®, mag worden gebruikt).

Laatste update: 10 april 2020


DNA-extractie

Ons lab gebruikt momenteel Qiagen's Plant DNeasy extractiekit voor de meeste DNA-extracties. We hebben die kit getest met verschillende andere methoden (waaronder de methode die hieronder wordt beschreven), en we hebben geconstateerd dat dit de eenvoudigste methode is die hoogwaardig, schoon DNA oplevert (opmerking). We hebben echter ook een gemodificeerd CTAB-DNA (hieronder beschreven) isolatieprotocol gebruikt dat geschikt is voor katoen en andere planten met overvloedige polysachariden en polyfenolen.

Dit protocol is gewijzigd ten opzichte van de procedure die is gerapporteerd door Tel-Zur, N. et al. in Plant Biology Reporter (1999, vol. 17, blz. 249-54). Het heeft hoogwaardig DNA geproduceerd van verschillende malvaceous soorten, waaronder: Gossypioides kirkii, een zeer weerbarstige soort voor DNA, en van oude katoenvezels. De extractiebuffer is verantwoordelijk voor het wegwerken van veel celcomponenten, maar houdt in dat de organellenkernen ook openbarsten bij de introductie ervan. De zoutrijke CTAB-buffer scheidt DNA specifiek van andere stoffen, zoals eiwitten. Sarkosyl is een wasmiddel en verstoort zo de membranen. Fenol en chloroform zijn beide eiwitverwijderaars.

Reagentia en oplossingen

  • Extractiebuffer: 100 mM Tris-HCl bij pH 8,0, met 0,35 M sorbitol, 5 mM EDTA bij pH 8,0 en 1% 2-mercapto-ethanol (net voor ons toegevoegd) (hele oplossing ijskoud houden)
  • CTAB-buffer met hoog zoutgehalte: 50 mM Tris-HCl bij pH 8,0, met 4M NaCl, 1,8% CTAB (gemengd alkyltrimethylammoniumbromide) en 25 mM EDTA bij pH 8,0
  • Sarkosyl (30% waterige oplossing)
  • Chloroform: isoamylalcohol (24:1)
  • Isopropanol (100%)
  • TE-buffer, 1´ oplossing
  • RNase A (10 mg/ml)
  • Natriumacetaat (3M, bij pH 5,2)
  • Fenol
  • Fenol: chloroform (1:1 maak net voor gebruik)
  • Chloroform
  • Ethanol (zowel 70% als 100%, beide koud)

1. Maal 1-2 g vers weefsel met een vijzel en stamper in vloeibare stikstof.

2. Breng het poeder over in buisjes van 50 ml en voeg 20 ml ijskoude extractiebuffer toe. Meng de buizen voorzichtig en/of keer ze om gedurende ongeveer 5 minuten.

3. Centrifugeer de buisjes bij 4°C, 5000g (

6200 tpm) gedurende 10 minuten. [We gebruiken een IEC Centra MP4R tafelcentrifuge uitgerust met rotormodel 801 (6-plaats vaste hoek 45°)].

5. Voeg nog eens 20 ml ijskoude extractiebuffer toe en was ongeveer 5 minuten zoals hiervoor.

6. Centrifugeer zoals in stap #3.

8. Voeg 5 ml ijskoude extractiebuffer toe en meng voorzichtig kort zoals hiervoor.

9. Voeg 3,5 ml van de CTAB-buffer met hoog zoutgehalte en 0,3 ml 30% sarkosyl toe. Incubeer in een shaker (50-60 rpm) gedurende 1 tot 1 ½ uur.

10. Extraheer met chloroform. [Opmerking: doe dit door een gelijk volume chloroform toe te voegen en voorzichtig te mengen. Schud voorzichtig en centrifugeer vervolgens gedurende 10 minuten bij 5000 g. Je zult de vorming van drie lagen opmerken: een bovenste fase (waterige fase), een dunne tussenfase en een onderste fase. De fase die je wilt verzamelen is de bovenste fase, die je DNA bevat. De interfase bevat restanten van de cellen en verschillende rommel. De onderste fase zal voornamelijk chloroform, eiwitten en een samenstelling van biochemicaliën zijn. Wees niet hebzuchtig wanneer u de bovenste fase uit de pipett - het is vooral belangrijk om geen van de tussen- of lagere fasen op te pikken. Het is beter om een ​​deel van de bovenste fase achter je te laten dan te proberen elke laatste druppel te krijgen en het risico te lopen enkele van de andere lagen op te pakken en je monster te besmetten.]

11. Voeg 2/3 (v/v) koude isopropanol toe. Meerdere keren omkeren.(*Dit is een mogelijk stoppunt. Na toevoeging van isopropanol, 's nachts of tijdens een pauze overdag bewaren bij 4°C.)

12. Centrifugeer gedurende 10 minuten op 5000 g.

13. Giet de oplossing af en laat de pellet achter. Voeg ml koude 70% ethanol toe en draai om de componenten te mengen. Centrifugeer gedurende 5 minuten op 5000 g.

14. Giet de oplossing af en laat de pellet achter. Droog de pellet gedurende 30 minuten in een zuurkast of ondersteboven op keukenpapier op de bank.

15. Voeg 500 µl 1´ TE-buffer toe en los de pellet op in een waterbad (tot 60°C). Breng vloeistoffen over in microcentrifugebuizen van 1,7 mL.

16. Voeg 5-10 µL RNase A toe en incubeer gedurende 30-60 minuten bij kamertemperatuur of 37°C.

17. Voeg 500 uL fenol toe, meng grondig door inversie of voorzichtig te vortexen en centrifugeer bij 10.000 g (

12.400 tpm) gedurende 10 minuten. [In deze en de overige centrifugatiestappen gebruiken we een Eppendorf 5417c centrifuge met een F45-30-11 rotor. De maximale snelheid van dit model is 20,817 rpm.] Extraheer de bovenste (waterige) fase en breng over naar een nieuwe set microcentrifugebuisjes. Gebruik dezelfde voorzichtigheid als in stap #10.

18. Voeg 500 uL fenol:chloroform toe (1:1 vlak voor gebruik), meng grondig door inversie of voorzichtig te vortexen, en centrifugeer bij 10.000 g (

12.400 tpm) gedurende 10 minuten. Extraheer de bovenste (waterige) fase en breng over naar een nieuwe set microcentrifugebuizen. Gebruik dezelfde voorzichtigheid als in stap #10.

19. Voeg 500 µl chloroform toe, meng grondig door inversie of voorzichtig te vortexen en centrifugeer bij 10.000 g (

12.400 tpm) gedurende 10 minuten. Extraheer de bovenste (waterige) fase en breng over naar een nieuwe set microcentrifugebuizen. Wees uiterst voorzichtig om bij deze specifieke extractie geen van de tussen- of lagere fases op te pipetteren!

20. Voeg 2 volumes ijskoude 100% ethanol toe, gecombineerd met 1/10 volume natriumacetaat. Bewaren bij -20°C gedurende 30 minuten.

21. Centrifugeer de buisjes gedurende 15 minuten op de hoogste snelheid. Hierdoor wordt het DNA gepelleteerd.

22. Voeg 300 µl koude 70% ethanol toe en laat de buis 30-60 minuten op kamertemperatuur staan.

23. Centrifugeer 5 minuten op 5000 g.

24. Droog de korrel. [We gebruiken een vacuümcentrifuge (speed-vac) met of zonder verwarming.]

25. Los de pellet op in water of TE (afhankelijk van de grootte, ongeveer 200-300uL oplosmiddel). [Als u een lage opbrengst verwacht, gebruik dan slechts 50-100 µL oplosmiddel.]

Protocol bijgewerkt in december 2001. Hartelijk dank aan allen die hebben bijgedragen.


  • Je kunt deze stappen proberen om DNA van veel andere levende wezens te zuiveren. Pak wat havermout of kiwi's uit de keuken en probeer het opnieuw! Van welke voedingsmiddelen krijg je het meeste DNA?
  • Als je toegang hebt tot een milligramschaal (een balans genoemd), kun je meten hoeveel DNA je krijgt (een opbrengst genoemd). Weeg gewoon je bamboespies met milligram voor en na de DNA-zuivering. Trek vervolgens het startgewicht af van het uiteindelijke gewicht om uw uiteindelijke opbrengst in milligram (mg) te krijgen.
  • Vergelijk uw opbrengst in milligram (mg) onder verschillende experimentele omstandigheden:
    • Beginnen met verschillende hoeveelheden aardbeien&mdashis meer beter?
    • Verander enkele componenten van uw kit&mdashzullen andere wasmiddelen beter werken?
    • Begin met verschillende materialen en deel daar andere bronnen van DNA met hogere opbrengsten?
    Ja, ik heb dit project gedaan! Log in (of maak een gratis account aan) om ons te laten weten hoe het is gegaan.

    Amerika

    De site wordt in het Engels weergegeven.

    We gebruiken deze cookies om ervoor te zorgen dat onze site veilig en naar behoren functioneert. Ze zijn noodzakelijk om onze diensten te laten functioneren en kunnen niet worden uitgeschakeld in onze systemen. Ze worden meestal alleen ingesteld naar aanleiding van acties van u die neerkomen op een verzoek om diensten, zoals inloggen, het gebruik van een winkelwagen of het invullen van formulieren. U kunt uw browser zo instellen dat deze cookies blokkeert of u voor deze cookies waarschuwt, maar sommige delen van onze diensten werken niet zonder deze. Net als de andere cookies die we gebruiken, kunnen strikt noodzakelijke cookies first-party cookies of third-party cookies zijn.

    We gebruiken deze cookies om uw instellingen en voorkeuren te onthouden. We kunnen deze cookies bijvoorbeeld gebruiken om uw taalvoorkeuren te onthouden.
    Voorkeurscookies toestaan

    We gebruiken deze cookies om informatie te verzamelen over hoe u met onze diensten omgaat en om ons te helpen deze te meten en te verbeteren. We kunnen deze cookies bijvoorbeeld gebruiken om te bepalen of u interactie heeft gehad met een bepaalde pagina.
    Prestatie-/statistiekcookies toestaan

    Wij en onze advertentiepartners gebruiken deze cookies om advertenties te leveren, ze relevanter en betekenisvoller voor u te maken, en om de efficiëntie van onze advertentiecampagnes bij te houden, zowel op onze diensten als op andere websites en sociale media.
    Marketingcookies toestaan


    Bekijk de video: Belajar Isolasi DNA Pisang: Bisa dilakukan sendiri di rumah (December 2021).