Informatie

H. Links en referentie - Biologie


  1. Karplus, M. Nobelprijs Lezing. Ontwikkeling van multischaalmodellen voor complexe chemische systemen van H+H2 tot biomoleculen. november 2013.
  2. Michael Levitt, De geboorte van computationele structurele biologie. Natuur Structurele Biologie, 8, 392 (mei 2001)
  3. Pophristic, V. & Goodman, L. Hyperconjugatie, niet sterische afstoting, leidt tot de verspringende structuur van ethaan. Natuur. blz. 411, 565 - 568 (2001). Ook Weinhold, F. Chemistry: een nieuwe draai aan moleculaire vorm. 411, 539 - 541 (2001);
  4. Herfst et al. Kleefkracht van een enkele gekkovoethaar. (VdW-interacties). 405, blz. 681 (2000)

Biologie

De nematode (rondworm) Enterobius vermicularis staat algemeen bekend als de menselijke pinworm vanwege de lange, puntige staart van het vrouwtje. In sommige gebieden worden de gebruikelijke namen &ldquoseatworm&rdquo en &ldquothreadworm&rdquo gebruikt (de laatste wordt soms ook gebruikt om te verwijzen naar Strongyloides stercoralis). Een andere vermeende pinworm-soort, Enterobius gregorii, is beschreven en gerapporteerd door mensen in Europa, Afrika en Azië. Verder morfologisch en moleculair bewijs suggereert echter: E. Gregorius vertegenwoordigt waarschijnlijk een onvolwassen vorm van E. vermicularis. De rattenworm, Syphacia obvelata, is ook zeer zelden gemeld bij het infecteren van mensen.

Levenscyclus

Zwangere volwassen vrouw Enterobius vermicularis eieren afzetten op perianale plooien . Infectie vindt plaats via zelfinoculatie (het overbrengen van eieren naar de mond met handen die het perianale gebied hebben bekrast) of door blootstelling aan eieren in de omgeving (bijv. besmette oppervlakken, kleding, beddengoed, enz.) . Na inname van infectieuze eieren komen de larven uit in de dunne darm en de volwassenen vestigen zich in de dikke darm, meestal in de blindedarm . Het tijdsinterval van inname van infectieuze eieren tot het leggen van eitjes door de volwassen vrouwtjes is ongeveer een maand. Bij volledige volwassenheid meten volwassen vrouwtjes 8 tot 13 mm, en volwassen mannetjes 2 tot 5 mm, de volwassen levensduur is ongeveer twee maanden. Zwangere vrouwtjes migreren 's nachts buiten de anus en oviposit terwijl ze op de huid van het perianale gebied kruipen . De larven in de eieren ontwikkelen zich (de eieren worden infectieus) in 4 tot 6 uur onder optimale omstandigheden .

In zeldzame gevallen kunnen eieren in de lucht komen en worden ingeademd en ingeslikt. Retro-infectie, of de migratie van pas uitgekomen larven van de anale huid terug naar het rectum, kan optreden, maar de frequentie waarmee dit gebeurt is onbekend.

Gastheren

Oxyuride nematoden (pinworms) vertonen over het algemeen een hoge gastheerspecificiteit. Mensen worden beschouwd als de enige gastheer voor E. vermicularis, hoewel incidentele infecties zijn gemeld bij chimpansees in gevangenschap.

Geografische distributie

E. vermicularis komt wereldwijd voor, waarbij infecties het meest voorkomen bij school- of kleuters en in drukke omstandigheden.

Klinische presentatie

Enterobiasis is vaak asymptomatisch. Het meest typische symptoom is perianale jeuk, vooral 's nachts, wat kan leiden tot ontvellingen en bacteriële superinfectie. Af en toe kan invasie van het vrouwelijke geslachtsorgaan met vulvovaginitis en bekken- of peritoneale granulomen optreden. Andere symptomen zijn tandenknarsen, enuresia, slapeloosheid, anorexia, prikkelbaarheid en buikpijn, die blindedarmontsteking kan nabootsen. E. vermicularis larven worden vaak gevonden in de appendix bij appendectomie, maar de rol van deze nematode bij appendicitis blijft controversieel. Zeer zeldzame gevallen van eosinofiele colitis geassocieerd met E. vermicularis larven zijn gemeld.


Verwijzing

Dit omvat het navigeren door influencers die hen producten proberen te verkopen en hen leren te zoeken naar referenties wanneer informatie aan hen wordt verstrekt.

Het wordt ook geleverd met een standaard, zodat je je mannequin kunt gebruiken als referentie voor het tekenen van poses in de lucht.

Je weet nooit wanneer je het nodig hebt als referentie of om aan iemand te laten zien.

De sequencers van Illumina lezen de code van elk monster en vergelijken elke letter met een referentiereeks, op zoek naar significante veranderingen.

Er zijn frequente, zij het algemene, verwijzingen naar krachten die groter zijn dan jezelf.

In 2011 nam LHBT-media-outlet Queerty de app ter verantwoording voor het naar verluidt verwijderen van accounts waarin naar transseksueel werd verwezen.

Vervolgens geeft hij enig inzicht in zijn psyche - compleet met verwijzing naar Animal House.

Er is verwijzing na verwijzing naar de 'zwarte gemeenschap', 'zwartwaarde-ethiek' en naleving van het 'zwarte waardesysteem'.

Inderdaad, ontwerpers verwijzen vaak naar elkaar in hun shows - en de pers merkt het nooit op.

Op zijn Instagram-account (dat inmiddels is verwijderd) verwees Brinsley één keer naar het verbranden van een Amerikaanse vlag.

Deze Eskimo's waren dol op vliegeren, op zichzelf, zonder verwijzing naar nut!

Als hij niet de bedoeling had gehad dat de vloot K. binnendrong, dan moet hij zeker een verwijzing naar de tweede divisie hebben gemaakt.

Voor het gemak geef ik nu de figuur Alfabet in een tabel.

Ze verwees bijvoorbeeld niet naar het feit dat ze nu vaak alleen samen zouden zijn.

Neem de herinneringen van leden van de geleerde beroepen - het zijn meestal alleen referentieherinneringen.


Getuigenissen van studenten

&ldquoIk gebruik RedShelf nu een semester en ik geloof echt dat het een van de beste online platforms voor schoolboeken biedt. De functies die aan studenten worden gegeven, zijn zeer nuttig en hebben een positieve invloed gehad op mijn academische prestaties. Ik hou van het gebruik van de online flashcards en van de samenwerkingsfuncties voor studenten.&rdquo

Kristen S., Student

&ldquoRedShelf's klantenondersteuningsteam en verantwoordelijkheid is fantastisch. Elke interactie die ik heb met hun team is vriendelijk, ondersteunend en efficiënt. Ik weet dat als ik ergens hulp bij nodig heb, ik bij hen terecht kan voor een snel en correct antwoord! Kon meer over hen vertellen.&rdquo

Mollie E., Student

&ldquoIk ben helemaal weg van RedShelf! De online annotatiefuncties zijn erg handig en ik gebruik de flashcard-optie om voor bijna al mijn examens te studeren.&rdquo

Student

&ldquoIk vind het geweldig dat ik onderweg bij mijn studieboeken kan EN dat ze betaalbaar zijn! Ga zo door met het goede werk RedShelf!&rdquo

Allison G., Student

& ldquo Beste prijs, geweldige service. Ze gaan tot het uiterste.&rdquo

Alexis T., Student

Gids voor auteurs

Computers in biologie en geneeskunde, een begeleidende titel bij Informatica in de geneeskunde ontgrendeld, is een medium voor internationale communicatie van de revolutionaire vooruitgang die wordt geboekt in de toepassing van de computer op het gebied van biowetenschappen en geneeskunde . Het tijdschrift moedigt de uitwisseling aan van belangrijk onderzoek, instructie, ideeën en informatie over alle aspecten van het snel groeiende gebied van computergebruik op deze gebieden. Het tijdschrift zal zich richten op gebieden als (1) analyse van biomedische systemen: oplossingen van vergelijkingen (2) synthese van biomedische systemen: simulaties (3) speciale medische gegevensverwerkingsmethoden (4) speciale computers en klinische gegevensverwerking voor realtime, Klinisch en experimenteel gebruik en (5) medische diagnose en verwerking van medische dossiers. Ook inbegrepen zijn de velden (6) biomedische technologie en (7) medische informatica, evenals bio-informatica. Het tijdschrift breidt zich uit met (8) medische toepassingen van internet en World Wide Web (9) Human Genomics (10) Proteomics en (11) Functional Brain Studies.

Het publicatiebeleid is om (1) nieuwe, originele artikelen te publiceren die naar behoren zijn beoordeeld door competente wetenschappelijke mensen, (2) overzichten van ontwikkelingen in de vakgebieden, (3) pedagogische artikelen over specifieke interessegebieden, en (4) boekbesprekingen relevant voor het vakgebied.

Artikelen die de volgende onderwerpen van speciaal belang onderzoeken, zijn opgenomen in: Computers in biologie en geneeskunde: Computerhulpmiddelen voor de analyse van biochemische systemen, computerhulpmiddelen voor de engineering van biocontrolesystemen, neuronale simulatie door digitale computerpoortcomponenten, automatische computeranalyse van afbeeldingen van biologisch en medisch belang, gebruik van computers door commerciële farmaceutische en chemische organisaties, stralings- doseringscomputers, en het verzamelen en oproepen van individuele medische dossiers, real-time talen, interfaces naar patiëntmonitoren, klinisch-chemische apparatuur, gegevensverwerking en weergave in nucleaire geneeskunde en therapie.

We maken nu onderscheid tussen de vereisten voor nieuwe en herziene indieningen. U kunt ervoor kiezen om uw manuscript in te dienen als een enkel Word- of PDF-bestand om te gebruiken in het scheidsrechtersproces. Pas wanneer uw paper zich in de revisiefase bevindt, wordt u gevraagd om uw paper in een 'juist formaat' te plaatsen voor acceptatie en om de items aan te leveren die nodig zijn voor de publicatie van uw artikel.
Ga voor meer informatie naar het gedeelte Voorbereiding hieronder.

Voor vragen over het redactionele proces (inclusief de status van manuscripten die worden beoordeeld) kunt u contact met ons opnemen via https://service.elsevier.com/. Kijk hier voor technische ondersteuning bij inzendingen.

U kunt deze lijst gebruiken om uw inzending nog een laatste keer te controleren voordat u deze ter beoordeling naar het tijdschrift stuurt. Raadpleeg de relevante sectie in deze handleiding voor auteurs voor meer informatie.

Zorg ervoor dat de volgende items aanwezig zijn:

Er is één auteur aangewezen als corresponderende auteur met contactgegevens:
&bull e-mailadres
&bull Volledig postadres

Alle benodigde bestanden zijn geüpload:
Manuscript:
&stier Trefwoorden opnemen
&bull Alle cijfers (inclusief relevante bijschriften)
&bull Alle tabellen (inclusief titels, beschrijving, voetnoten)
&bull Zorg ervoor dat alle verwijzingen naar figuren en tabellen in de tekst overeenkomen met de opgegeven bestanden
&stier Geef duidelijk aan of kleur moet worden gebruikt voor figuren in print
Grafische Abstracts / Highlights-bestanden (indien van toepassing)
Aanvullende bestanden (indien van toepassing)

Verdere overwegingen
&bull Manuscript is 'op spelling gecontroleerd' en 'grammatica gecontroleerd'
&bull Alle verwijzingen die in de Referentielijst worden genoemd, worden in de tekst geciteerd en vice versa
&bull Toestemming is verkregen voor het gebruik van auteursrechtelijk beschermd materiaal uit andere bronnen (inclusief internet)
&bull Er wordt een verklaring van concurrerende belangen verstrekt, zelfs als de auteurs geen concurrerende belangen hebben om aan te geven
Het &bull-tijdschriftbeleid dat in deze gids wordt beschreven, is beoordeeld
& Bull Scheidsrechtersuggesties en contactgegevens verstrekt, op basis van tijdschriftvereisten

Bezoek ons ​​Support Center voor meer informatie.

Raadpleeg onze informatie over ethiek bij publicaties.

Studies bij mens en dier

Als het werk het gebruik van menselijke proefpersonen omvat, moet de auteur ervoor zorgen dat het beschreven werk is uitgevoerd in overeenstemming met de ethische code van de World Medical Association (Verklaring van Helsinki) voor experimenten met mensen. Het manuscript moet in overeenstemming zijn met de aanbevelingen voor het uitvoeren, rapporteren, bewerken en publiceren van wetenschappelijk werk in medische tijdschriften en streven naar de opname van representatieve menselijke populaties (geslacht, leeftijd en etniciteit) volgens die aanbevelingen. De termen geslacht en geslacht moeten correct worden gebruikt.

Auteurs moeten een verklaring in het manuscript opnemen dat geïnformeerde toestemming is verkregen voor experimenten met menselijke proefpersonen. De privacyrechten van personen moeten altijd worden gerespecteerd.

Alle dierproeven moeten voldoen aan de ARRIVE-richtlijnen en moeten worden uitgevoerd in overeenstemming met de UK Animals (Scientific Procedures) Act, 1986 en bijbehorende richtlijnen, EU-richtlijn 2010/63/EU voor dierproeven of de National Institutes of Health-gids voor de zorg en het gebruik van proefdieren (NIH-publicaties nr. 8023, herzien 1978) en de auteurs moeten duidelijk in het manuscript aangeven dat dergelijke richtlijnen zijn gevolgd. Het geslacht van de dieren moet worden vermeld en, waar van toepassing, de invloed (of associatie) van het geslacht op de resultaten van het onderzoek.

Geïnformeerde toestemming en patiëntgegevens

Voor studies bij patiënten of vrijwilligers is goedkeuring van de ethische commissie en geïnformeerde toestemming vereist, die in de paper moet worden gedocumenteerd. Passende toestemmingen, toestemmingen en vrijgaven moeten worden verkregen wanneer een auteur casusdetails of andere persoonlijke informatie of afbeeldingen van patiënten en andere personen in een publicatie van Elsevier wil opnemen. Schriftelijke toestemmingen moeten door de auteur worden bewaard, maar kopieën mogen niet aan het tijdschrift worden verstrekt. Alleen op uitdrukkelijk verzoek van het tijdschrift in uitzonderlijke omstandigheden (bijvoorbeeld als er zich een juridisch probleem voordoet) moet de auteur kopieën van de toestemmingen of bewijs leveren dat dergelijke toestemmingen zijn verkregen. Raadpleeg voor meer informatie het Elsevier-beleid inzake het gebruik van afbeeldingen of persoonlijke informatie van patiënten of andere personen. Tenzij u schriftelijke toestemming hebt van de patiënt (of, indien van toepassing, de nabestaanden), moeten de persoonlijke gegevens van elke patiënt die in enig deel van het artikel en in aanvullend materiaal (inclusief alle illustraties en video's) zijn opgenomen, worden verwijderd voordat ze worden ingediend .

Aan het einde van de tekst, onder een subkop van "Belangenverstrengeling", moeten alle auteurs alle financiële en persoonlijke relaties met andere mensen of organisaties bekendmaken die hun werk op ongepaste wijze zouden kunnen beïnvloeden (vooroordelen). Voorbeelden van mogelijke belangenconflicten zijn onder meer werkgelegenheid, adviesbureaus, aandelenbezit, honoraria, betaalde getuigenissen van deskundigen, octrooiaanvragen/registraties en subsidies of andere financiering. Zie ook https://www.elsevier.com/conflictsofinterest. Meer informatie en een voorbeeld van een formulier voor belangenverstrengeling vindt u op: https://service.elsevier.com/app/answers/detail/a_id/286/supporthub/publishing.

Indieningsverklaring en verificatie

Indiening van een artikel houdt in dat het beschreven werk niet eerder is gepubliceerd (behalve in de vorm van een abstract, een gepubliceerde lezing of wetenschappelijke scriptie, zie 'Meervoudige, overtollige of gelijktijdige publicatie' voor meer informatie), dat het niet in behandeling is voor publicatie elders, dat de publicatie ervan is goedgekeurd door alle auteurs en stilzwijgend of expliciet door de verantwoordelijke autoriteiten waar het werk is uitgevoerd, en dat, indien geaccepteerd, het niet elders in dezelfde vorm, in het Engels of in een andere vorm zal worden gepubliceerd taal, ook elektronisch zonder schriftelijke toestemming van de auteursrechthebbende. Om de originaliteit te verifiëren, kan uw artikel worden gecontroleerd door de originaliteitsdetectieservice Crossref Similarity Check.

Voordrukken
Houd er rekening mee dat preprints altijd en overal kunnen worden gedeeld, in overeenstemming met het deelbeleid van Elsevier. Het delen van uw preprints b.v. op een preprint-server telt niet als eerdere publicatie (zie 'Meerdere, redundante of gelijktijdige publicatie' voor meer informatie).

Gebruik van inclusieve taal

Inclusieve taal erkent diversiteit, straalt respect uit voor alle mensen, is gevoelig voor verschillen en bevordert gelijke kansen. Inhoud mag geen aannames doen over de overtuigingen of toezeggingen van een lezer, niets bevatten dat zou kunnen impliceren dat de ene persoon superieur is aan de andere op grond van leeftijd, geslacht, ras, etniciteit, cultuur, seksuele geaardheid, handicap of gezondheidstoestand en inclusieve taal gebruiken gedurende. Auteurs moeten ervoor zorgen dat schrijven vrij is van vooroordelen, stereotypen, jargon, verwijzingen naar dominante cultuur en/of culturele veronderstellingen. We adviseren om genderneutraliteit na te streven door meervoudige zelfstandige naamwoorden ("clinici, patiënten/cliënten") als standaard/waar mogelijk te gebruiken om het gebruik van "hij, zij" of "hij/zij" te vermijden. We raden aan het gebruik van descriptoren die verwijzen naar persoonlijke kenmerken zoals leeftijd, geslacht, ras, etniciteit, cultuur, seksuele geaardheid, handicap of gezondheidstoestand te vermijden, tenzij ze relevant en geldig zijn. Deze richtlijnen zijn bedoeld als referentiepunt om de juiste taal te helpen identificeren, maar zijn zeker niet uitputtend of definitief.

Elke auteur moet zijn of haar individuele bijdrage aan het artikel aangeven: alle auteurs moeten wezenlijk hebben deelgenomen aan het onderzoek en/of de voorbereiding van het artikel, dus de rollen voor alle auteurs moeten worden beschreven. De verklaring dat alle auteurs het definitieve artikel hebben goedgekeurd, moet waar zijn en worden opgenomen in de openbaarmaking.

Alle auteurs zouden substantiële bijdragen moeten hebben geleverd aan al het volgende: (1) het concept en ontwerp van de studie, of verwerving van gegevens, of analyse en interpretatie van gegevens, (2) het opstellen van het artikel of het kritisch herzien van belangrijke intellectuele inhoud , (3) definitieve goedkeuring van de in te dienen versie.

Alle bijdragers die niet voldoen aan de criteria voor auteurschap zoals hierboven gedefinieerd, moeten worden vermeld in een sectie met dankbetuigingen. Voorbeelden van personen die kunnen worden erkend, zijn onder meer een persoon die puur technische hulp heeft verleend, hulp bij het schrijven of een afdelingsvoorzitter die alleen algemene ondersteuning heeft verleend. Auteurs moeten bekendmaken of ze schrijfhulp hebben gehad en de entiteit identificeren die voor deze hulp heeft betaald.

Van auteurs wordt verwacht dat ze de lijst en volgorde van auteurs zorgvuldig overwegen voordat ze hun manuscript indienen en de definitieve lijst van auteurs verstrekken op het moment van de oorspronkelijke indiening. Elke toevoeging, verwijdering of herschikking van auteursnamen in de auteurschapslijst mag alleen worden gedaan voordat het manuscript is geaccepteerd en alleen als deze is goedgekeurd door de uitgever van het tijdschrift. Om een ​​dergelijke wijziging aan te vragen, moet de redacteur het volgende van de corresponderende auteur ontvangen: (a) de reden voor de wijziging in de auteurslijst en (b) schriftelijke bevestiging (e-mail, brief) van alle auteurs dat ze akkoord gaan met de toevoeging , verwijdering of herschikking. In het geval van toevoeging of verwijdering van auteurs is dit inclusief bevestiging van de auteur die wordt toegevoegd of verwijderd.
Alleen in uitzonderlijke omstandigheden zal de redacteur de toevoeging, verwijdering of herschikking van auteurs overwegen nadat het manuscript is geaccepteerd. Terwijl de redacteur het verzoek in overweging neemt, wordt de publicatie van het manuscript opgeschort. Als het manuscript al in een online uitgave is gepubliceerd, zullen verzoeken die door de redacteur zijn goedgekeurd, resulteren in een corrigendum.

In overeenstemming met het standpunt van het International Committee of Medical Journal Editors, beschouwt het tijdschrift resultaten die zijn gepubliceerd in hetzelfde register voor klinische proeven waarin de primaire registratie zich bevindt, niet als voorafgaande publicatie als de gepubliceerde resultaten worden gepresenteerd in de vorm van een korte gestructureerde ( minder dan 500 woorden) abstract of tabel. Het onthullen van resultaten in andere omstandigheden (bijv. bijeenkomsten van investeerders) wordt echter ontmoedigd en kan de overweging van het manuscript in gevaar brengen. Auteurs moeten alle publicaties in registers van resultaten van hetzelfde of nauw verwant werk volledig openbaar maken.

Klinische onderzoeken rapporteren
Gerandomiseerde gecontroleerde studies moeten worden gepresenteerd volgens de CONSORT-richtlijnen. Bij het indienen van het manuscript moeten auteurs de CONSORT-checklist verstrekken, vergezeld van een stroomschema dat de voortgang van patiënten door het onderzoek illustreert, inclusief werving, inschrijving, randomisatie, intrekking en voltooiing, en een gedetailleerde beschrijving van de randomisatieprocedure. De CONSORT-checklist en het sjabloonstroomschema zijn online beschikbaar.

Registratie van klinische proeven
Registratie in een openbaar onderzoeksregister is een voorwaarde voor publicatie van klinische onderzoeken in dit tijdschrift in overeenstemming met de aanbevelingen van de International Committee of Medical Journal Editors. Trials moeten worden geregistreerd bij of vóór het begin van de inschrijving van de patiënt. Het registratienummer van de klinische proef moet worden vermeld aan het einde van de samenvatting van het artikel. Een klinische proef wordt gedefinieerd als elke onderzoeksstudie die prospectief menselijke deelnemers of groepen mensen toewijst aan een of meer gezondheidsgerelateerde interventies om de effecten van gezondheidsresultaten te evalueren. Gezondheidsgerelateerde interventies omvatten elke interventie die wordt gebruikt om een ​​biomedische of gezondheidsgerelateerde uitkomst te wijzigen (bijvoorbeeld medicijnen, chirurgische procedures, apparaten, gedragsbehandelingen, dieetinterventies en veranderingen in het zorgproces). Gezondheidsresultaten omvatten alle biomedische of gezondheidsgerelateerde maatregelen die zijn verkregen bij patiënten of deelnemers, inclusief farmacokinetische maatregelen en bijwerkingen. Puur observationele studies (die waarbij de toewijzing van de medische interventie niet ter beoordeling van de onderzoeker is) vereisen geen registratie.

Artikeloverdrachtservice
Dit tijdschrift maakt deel uit van onze Artikel Transfer Service. Dit betekent dat als de redacteur van mening is dat uw artikel meer geschikt is in een van onze andere deelnemende tijdschriften, u mogelijk wordt gevraagd om te overwegen het artikel naar een van die tijdschriften over te hevelen. Als u akkoord gaat, wordt uw artikel automatisch namens u overgedragen zonder dat u het opnieuw hoeft te formatteren. Houd er rekening mee dat uw artikel opnieuw wordt beoordeeld door het nieuwe tijdschrift. Meer informatie.

Bij acceptatie van een artikel wordt aan auteurs gevraagd een 'Journal Publishing Agreement' in te vullen (zie meer informatie hierover). Er wordt een e-mail naar de corresponderende auteur gestuurd waarin de ontvangst van het manuscript wordt bevestigd, samen met een formulier 'Journal Publishing Agreement' of een link naar de online versie van deze overeenkomst.

Abonnees mogen inhoudsopgaven reproduceren of lijsten met artikelen opstellen, inclusief samenvattingen, voor interne verspreiding binnen hun instellingen. Toestemming van de uitgever is vereist voor doorverkoop of distributie buiten de instelling en voor alle andere afgeleide werken, inclusief compilaties en vertalingen. Als er fragmenten uit andere auteursrechtelijk beschermde werken zijn opgenomen, moeten de auteur(s) schriftelijke toestemming krijgen van de auteursrechthebbenden en de bron(nen) in het artikel vermelden. Elsevier heeft voorgedrukte formulieren die auteurs in deze gevallen kunnen gebruiken.

Voor gouden open access artikelen: Bij acceptatie van een artikel wordt aan auteurs gevraagd een 'Licentieovereenkomst' in te vullen (meer informatie). Toegestaan ​​hergebruik door derden van gouden open access artikelen wordt bepaald door de gebruikerslicentie van de auteur.

Auteursrechten
Als auteur heb je (of je werkgever of instelling) bepaalde rechten om je werk te hergebruiken. Meer informatie.

Elsevier ondersteunt verantwoord delen
Ontdek hoe u uw onderzoek gepubliceerd in Elsevier-tijdschriften kunt delen.

Rol van de financieringsbron

U wordt verzocht aan te geven wie financiële steun heeft verleend voor het uitvoeren van het onderzoek en/of de voorbereiding van het artikel en om kort de rol van de eventuele sponsor(s) in de onderzoeksopzet te beschrijven bij het verzamelen, analyseren en interpreteren van gegevens bij het schrijven van het rapport en bij het besluit het artikel voor publicatie in te dienen. Indien de financieringsbron(nen) een dergelijke betrokkenheid niet hadden, dient dit vermeld te worden.

Bezoek onze Open Access-pagina voor meer informatie.

Elsevier Onderzoeker Academie
Researcher Academy is een gratis e-learningplatform dat is ontworpen om vroege en mid-career onderzoekers te ondersteunen tijdens hun onderzoekstraject. De "Learn"-omgeving van Researcher Academy biedt verschillende interactieve modules, webinars, downloadbare handleidingen en bronnen om u te begeleiden bij het proces van schrijven voor onderzoek en peer review. Voel je vrij om deze gratis bronnen te gebruiken om je inzending te verbeteren en gemakkelijk door het publicatieproces te navigeren.

Taal (gebruik en bewerkingsdiensten)
Schrijf uw tekst in goed Engels (Amerikaans of Brits gebruik wordt geaccepteerd, maar geen combinatie hiervan). Auteurs die van mening zijn dat hun Engelstalige manuscript moet worden bewerkt om mogelijke grammaticale of spelfouten te elimineren en om te voldoen aan correct wetenschappelijk Engels, kunnen de Engelstalige bewerkingsservice gebruiken die verkrijgbaar is bij Elsevier's Author Services.

Ons online indieningssysteem leidt u stapsgewijs door het proces van het invoeren van uw artikelgegevens en het uploaden van uw bestanden. Het systeem converteert uw artikelbestanden naar een enkel PDF-bestand dat wordt gebruikt in het peer-reviewproces. Bewerkbare bestanden (bijv. Word, LaTeX) zijn vereist om uw artikel voor definitieve publicatie te zetten. Alle correspondentie, inclusief kennisgeving van de beslissing van de redacteur en verzoeken tot herziening, wordt per e-mail verzonden.

Om eerlijkheid te garanderen, wordt elk manuscript anoniem beoordeeld door ten minste twee onafhankelijke reviewers. Opbouwende kritiek van de beoordelaars wordt doorgestuurd naar de auteur.

Het indienen bij dit tijdschrift gaat volledig online en u wordt stapsgewijs begeleid bij het maken en uploaden van uw bestanden. Het systeem converteert uw bestanden automatisch naar een enkel PDF-bestand, dat wordt gebruikt in het peer-reviewproces.
Als onderdeel van de Your Paper Your Way-service kunt u ervoor kiezen om uw manuscript als één bestand in te dienen voor gebruik in het scheidsrechtersproces. Dit kan een pdf-bestand of een Word-document zijn, in elk formaat of opmaak dat door referenten kan worden gebruikt om uw manuscript te beoordelen. Het moet cijfers bevatten van voldoende hoge kwaliteit voor scheidsrechters. Als u dit liever doet, kunt u bij de eerste indiening nog steeds alle of enkele bronbestanden opgeven. Houd er rekening mee dat afzonderlijke figuurbestanden groter dan 10 MB apart moeten worden geüpload.

Referenties
Er zijn geen strikte vereisten voor de opmaak van referenties bij indiening. Referenties kunnen in elke stijl of formaat zijn, zolang de stijl maar consistent is. Indien van toepassing dienen auteur(s)na(a)m(en), tijdschrifttitel/boektitel, hoofdstuktitel/artikeltitel, jaartal van uitgave, jaargangnummer/boekhoofdstuk en het artikelnummer of paginering aanwezig te zijn. Het gebruik van DOI wordt sterk aangemoedigd. De referentiestijl die door het tijdschrift wordt gebruikt, zal door Elsevier in de proeffase worden toegepast op het geaccepteerde artikel. Merk op dat ontbrekende gegevens in de bewijsfase worden gemarkeerd zodat de auteur dit kan corrigeren.

Opmaakvereisten
Er zijn geen strikte opmaakvereisten, maar alle manuscripten moeten de essentiële elementen bevatten die nodig zijn om uw manuscript over te brengen, bijvoorbeeld Samenvatting, Trefwoorden, Inleiding, Methoden, Resultaten, Discussie, Beperkingen, Conclusies, Tabellen en Figuren met legenda's.
Als uw artikel video's en/of ander aanvullend materiaal bevat, moet dit worden opgenomen in uw eerste inzending voor peer review-doeleinden.
Verdeel het artikel in duidelijk gedefinieerde secties.

Cijfers en tabellen ingesloten in tekst
Zorg ervoor dat de figuren en tabellen in het enkele bestand naast de relevante tekst in het manuscript worden geplaatst, in plaats van onderaan of bovenaan het bestand. Het bijbehorende bijschrift moet direct onder de afbeelding of tabel worden geplaatst.

Dit tijdschrift hanteert een enkel geanonimiseerd beoordelingsproces. Alle bijdragen worden in eerste instantie door de redacteur beoordeeld op geschiktheid voor het tijdschrift. Papers die geschikt worden geacht, worden dan meestal naar minimaal één onafhankelijke deskundige reviewer gestuurd om de wetenschappelijke kwaliteit van het paper te beoordelen. De Redacteur is verantwoordelijk voor de uiteindelijke beslissing over acceptatie of afwijzing van artikelen. De beslissing van de redactie is definitief. Redacteuren zijn niet betrokken bij beslissingen over papers die ze zelf hebben geschreven of zijn geschreven door familieleden of collega's of die betrekking hebben op producten of diensten waarin de editor een belang heeft. Een dergelijke inzending is onderworpen aan alle gebruikelijke procedures van het tijdschrift, waarbij peer review onafhankelijk van de relevante redacteur en hun onderzoeksgroepen wordt afgehandeld. Meer informatie over soorten peer review.

Latex
U wordt aangeraden de nieuwste Elsevier-artikelklasse te gebruiken om uw manuscript voor te bereiden en BibTeX om uw bibliografie te genereren.
Onze richtlijnen bevatten alle details.

Samenvatting
Een samenvatting aan het einde van het artikel (maximaal 500 woorden) kan het manuscript op een apart blad vergezellen, maar houd er rekening mee dat dit niet verplicht is.

bijlagen
Als er meer dan één bijlage is, moeten deze worden geïdentificeerd als A, B, enz. Formules en vergelijkingen in bijlagen moeten een aparte nummering krijgen: Vgl. (A.1), Vgl. (A.2), enz. in een volgende appendix, Vgl. (B.1) enzovoort. Hetzelfde geldt voor tabellen en figuren: Tabel A.1 Fig. A.1, enz.

Essentiële titelpagina-informatie

&stier Titel. Beknopt en informatief. Titels worden vaak gebruikt in systemen voor het ophalen van informatie. Vermijd afkortingen en formules waar mogelijk.
&stier Auteursnamen en voorkeuren. Vermeld duidelijk de voornaam(-namen) en familienaam(-namen) van elke auteur en controleer of alle namen correct zijn gespeld. U kunt uw naam tussen haakjes in uw eigen schrift toevoegen achter de Engelse transliteratie. Presenteer de affiliatieadressen van de auteurs (waar het eigenlijke werk is gedaan) onder de namen. Vermeld alle voorkeuren met een kleine letter in superscript onmiddellijk na de naam van de auteur en voor het juiste adres. Geef het volledige postadres van elke affiliatie, inclusief de naam van het land en, indien beschikbaar, het e-mailadres van elke auteur.
&stier Corresponderende auteur. Geef duidelijk aan wie de correspondentie afhandelt in alle stadia van arbitrage en publicatie, ook na publicatie. Deze verantwoordelijkheid omvat het beantwoorden van toekomstige vragen over Methodologie en Materialen. Zorg ervoor dat het e-mailadres wordt vermeld en dat de contactgegevens door de corresponderende auteur up-to-date worden gehouden.
&stier Huidig/vast adres. Als een auteur is verhuisd sinds het werk dat in het artikel wordt beschreven, is voltooid of op dat moment op bezoek was, kan een 'Huidig ​​adres' (of 'Permanent adres') worden vermeld als een voetnoot bij de naam van die auteur. Het adres waar de auteur het werk daadwerkelijk heeft gedaan, moet als hoofdadres worden aangehouden. Voor dergelijke voetnoten worden superscript-Arabische cijfers gebruikt.

Algemene vorm
Het hele manuscript moet met dubbele regelafstand worden getypt, inclusief de samenvatting, voetnoten, verwijzingen, legenda's en tabellen, met een marge van 3 cm. Er dient een begeleidende brief te worden bijgevoegd met vermelding van naam, adres, telefoon- en faxnummer van de corresponderende auteur. De titel van het artikel en de naam, het adres, het faxnummer en/of telefoonnummer van de auteur moeten worden vermeld. Manuscripten mogen niet langer zijn dan 35 pagina's met dubbele regelafstand, inclusief afbeeldingen, referenties, enz. Figuren en tabellen moeten aan het einde van het manuscript worden weergegeven, na alle tekst. De publicatietaal is Engels.

Samenvatting: Een samenvatting aan het einde van het artikel (maximaal 500 woorden) moet het manuscript op een apart blad vergezellen.

Hoogtepunten zijn verplicht voor dit tijdschrift omdat ze de vindbaarheid van uw artikel via zoekmachines helpen vergroten. Ze bestaan ​​uit een korte verzameling opsommingstekens die de nieuwe resultaten van uw onderzoek vastleggen, evenals nieuwe methoden die tijdens het onderzoek zijn gebruikt (indien aanwezig). Bekijk de voorbeelden hier: voorbeeld Highlights.

Hoogtepunten moeten worden ingediend in een apart bewerkbaar bestand in het online indieningssysteem. Gebruik 'Hoogtepunten' in de bestandsnaam en voeg 3 tot 5 opsommingstekens toe (maximaal 85 tekens, inclusief spaties, per opsommingsteken).

Een korte samenvatting in het Engels (maximaal 250 woorden) moet onmiddellijk aan de inleiding voorafgaan. Gestructureerde koppen kunnen als volgt worden gebruikt: Achtergrond, Methode, Resultaten en Conclusies. De samenvatting moet los staan ​​van de tekst, daarom mogen er geen verwijzingen worden opgenomen.

grafisch abstract
Hoewel een grafische samenvatting optioneel is, wordt het gebruik ervan aangemoedigd omdat het meer aandacht vestigt op het online artikel. De grafische samenvatting moet de inhoud van het artikel samenvatten in een beknopte, picturale vorm die is ontworpen om de aandacht van een breed lezerspubliek te trekken. Grafische abstracts moeten als een apart bestand worden ingediend in het online indieningssysteem. Afbeeldingsgrootte: geef een afbeelding op met minimaal 531 & maal 1328 pixels (h & maal w) of proportioneel meer. De afbeelding moet leesbaar zijn op een formaat van 5 & x 13 cm met een normale schermresolutie van 96 dpi. Voorkeursbestandstypen: TIFF-, EPS-, PDF- of MS Office-bestanden. U kunt Voorbeeld Grafische Abstracts bekijken op onze informatiesite.
Auteurs kunnen gebruik maken van Elsevier's Illustratie Services om de beste presentatie van hun afbeeldingen en in overeenstemming met alle technische vereisten te garanderen.

Voeg bij elk manuscript, aan het einde van het abstract, vijf tot tien sleutelwoorden toe. Deze termen moeten relatief onafhankelijk zijn (coördinaatindextermen) en als groep het papier optimaal karakteriseren.

Opmaak van financieringsbronnen
Maak een lijst van financieringsbronnen op deze standaardmanier om naleving van de vereisten van de financier te vergemakkelijken:

Financiering: Dit werk werd ondersteund door de National Institutes of Health [subsidienummers xxxx, yyyy] de Bill & Melinda Gates Foundation, Seattle, WA [subsidienummer zzzz] en de United States Institutes of Peace [subsidienummer aaaa].

Het is niet nodig om gedetailleerde beschrijvingen van het programma of het type beurzen en prijzen op te nemen. Als de financiering afkomstig is van een blokbeurs of andere middelen die beschikbaar zijn voor een universiteit, hogeschool of andere onderzoeksinstelling, vermeld dan de naam van het instituut of de organisatie die de financiering heeft verstrekt.

Als er geen financiering is voor het onderzoek, voeg dan de volgende zin toe:

Dit onderzoek heeft geen specifieke subsidie ​​ontvangen van financieringsinstanties in de publieke, commerciële of non-profitsector.

voetnoten
Voetnoten moeten spaarzaam worden gebruikt. Nummer ze opeenvolgend door het hele artikel. Veel tekstverwerkers bouwen voetnoten in de tekst en deze functie kan worden gebruikt. Mocht dit niet het geval zijn, geef dan de positie van de voetnoten in de tekst aan en presenteer de voetnoten zelf apart aan het eind van het artikel.

Beeldmanipulatie
Hoewel wordt aanvaard dat auteurs soms afbeeldingen moeten manipuleren voor de duidelijkheid, zal manipulatie met het oog op misleiding of fraude worden gezien als wetenschappelijk ethisch misbruik en dienovereenkomstig worden behandeld. Voor grafische afbeeldingen hanteert dit tijdschrift het volgende beleid: geen specifieke functie binnen een afbeelding mag worden verbeterd, verduisterd, verplaatst, verwijderd of geïntroduceerd. Aanpassingen van helderheid, contrast of kleurbalans zijn acceptabel als en zolang ze geen informatie in het origineel verdoezelen of elimineren. Niet-lineaire aanpassingen (bijv. wijzigingen in gamma-instellingen) moeten worden vermeld in de legenda van de figuren.

Elektronische kunstwerken
Algemene punten
&bull Zorg ervoor dat u uniforme letters en afmetingen van uw originele illustraties gebruikt.
&bull Voorkeurslettertypen: Arial (of Helvetica), Times New Roman (of Times), Symbol, Courier.
&bull Nummer de illustraties volgens hun volgorde in de tekst.
&bull Gebruik een logische naamgevingsconventie voor uw illustratiebestanden.
&bull Geef per figuur aan of het een enkele, 1,5 of 2-koloms passende afbeelding is.
&bull Alleen voor Word-inzendingen kunt u in de revisiefase nog steeds figuren en hun bijschriften en tabellen in een enkel bestand aanleveren.
&bull Houd er rekening mee dat individuele figuurbestanden groter dan 10 MB in aparte bronbestanden moeten worden aangeleverd.

Er is een gedetailleerde gids over elektronische kunstwerken beschikbaar.
U wordt dringend verzocht deze site te bezoeken. Enkele fragmenten uit de gedetailleerde informatie worden hier gegeven.
formaten
Ongeacht de gebruikte toepassing, wanneer uw elektronische illustraties zijn voltooid, kunt u de afbeeldingen 'opslaan als' of converteren naar een van de volgende formaten (let op de resolutievereisten voor lijntekeningen, halftonen en lijn/halftooncombinaties die hieronder worden gegeven):
EPS (of PDF): Vectortekeningen. Embed het lettertype of sla de tekst op als 'graphics'.
TIFF (of JPG): Foto's in kleur of grijstinten (halftonen): gebruik altijd minimaal 300 dpi.
TIFF (of JPG): Bitmap-lijntekeningen: gebruik minimaal 1000 dpi.
TIFF (of JPG): Combinaties bitmap-lijn/halftoon (kleur of grijstinten): minimaal 500 dpi is vereist.
Doe alstublieft niet:
&bull Lever bestanden aan die zijn geoptimaliseerd voor schermgebruik (bijv. GIF, BMP, PICT, WPG) de resolutie is te laag.
&bull Lever bestanden met een te lage resolutie aan.
&bull Dien afbeeldingen in die onevenredig groot zijn voor de inhoud.

Kleur kunstwerk
Zorg ervoor dat artworkbestanden een acceptabel formaat hebben (TIFF (of JPEG), EPS (of PDF) of MS Office-bestanden) en de juiste resolutie hebben. Als u samen met uw geaccepteerde artikel bruikbare kleurencijfers indient, zorgt Elsevier er kosteloos voor dat deze cijfers online (bijv. ScienceDirect en andere sites) in kleur verschijnen, naast de kleurreproductie in print. Meer informatie over de voorbereiding van elektronische kunstwerken.

Bijschriften
Zorg ervoor dat elke illustratie een bijschrift heeft. Een bijschrift moet een korte titel bevatten (niet op de afbeelding zelf) en een beschrijving van de illustratie. Beperk de tekst in de illustraties zelf tot een minimum, maar leg alle gebruikte symbolen en afkortingen uit.

Citaat in tekst
Zorg ervoor dat elke in de tekst genoemde referentie ook in de literatuurlijst voorkomt (en vice versa). Alle referenties die in het abstract worden aangehaald, moeten volledig worden vermeld. Niet-gepubliceerde resultaten en persoonlijke communicatie worden niet aanbevolen in de referentielijst, maar kunnen in de tekst worden vermeld. Als deze referenties in de referentielijst worden opgenomen, moeten ze de standaard referentiestijl van het tijdschrift volgen en de publicatiedatum vervangen door 'Niet-gepubliceerde resultaten' of 'Persoonlijke communicatie'. Het citeren van een referentie als 'in press' houdt in dat het item is geaccepteerd voor publicatie.

Referentielinks
Verhoogde vindbaarheid van onderzoek en hoogwaardige peer review worden verzekerd door online links naar de geciteerde bronnen. Om ons in staat te stellen koppelingen te maken naar abstractie- en indexeringsservices, zoals Scopus, CrossRef en PubMed, moet u ervoor zorgen dat de gegevens in de referenties correct zijn. Houd er rekening mee dat onjuiste achternamen, tijdschrift-/boektitels, publicatiejaar en paginering het maken van links kunnen voorkomen. Wees voorzichtig bij het kopiëren van referenties, aangezien deze al fouten kunnen bevatten. Het gebruik van de DOI wordt sterk aangemoedigd.

Een DOI verandert gegarandeerd nooit, dus u kunt deze gebruiken als een permanente link naar elk elektronisch artikel. Een voorbeeld van een bronvermelding met DOI voor een artikel dat nog niet in een nummer is verschenen is: VanDecar J.C., Russo R.M., James D.E., Ambeh W.B., Franke M. (2003). Aseismische voortzetting van de plaat van de Kleine Antillen onder het noordoosten van Venezuela. Journal of Geophysical Research, https://doi.org/10.1029/2001JB000884. Houd er rekening mee dat het formaat van dergelijke citaten in dezelfde stijl moet zijn als alle andere verwijzingen in de krant.

Webverwijzingen
Minimaal moet de volledige URL worden vermeld en de datum waarop de referentie voor het laatst is geopend. Verdere informatie, indien bekend (DOI, auteursnamen, data, verwijzing naar een bronpublicatie, enz.), moet ook worden vermeld. Webverwijzingen kunnen desgewenst afzonderlijk (bijvoorbeeld na de literatuurlijst) onder een andere kop worden vermeld of in de literatuurlijst worden opgenomen.

Gegevensreferenties
Dit tijdschrift moedigt je aan om onderliggende of relevante datasets in je manuscript te citeren door ze in je tekst te citeren en een datareferentie op te nemen in je Reference List. Gegevensverwijzingen moeten de volgende elementen bevatten: naam/namen van de auteur, titel van de gegevensset, gegevensopslagplaats, versie (indien beschikbaar), jaar en globale persistent identifier. Voeg [dataset] direct voor de referentie toe, zodat we deze correct kunnen identificeren als een datareferentie. De [dataset]-ID verschijnt niet in uw gepubliceerde artikel.

Referenties in een speciale uitgave
Zorg ervoor dat de woorden 'dit nummer' worden toegevoegd aan alle verwijzingen in de lijst (en eventuele citaten in de tekst) naar andere artikelen in hetzelfde speciale nummer.

Software voor referentiebeheer
De meeste Elsevier-tijdschriften hebben hun referentiesjabloon beschikbaar in veel van de meest populaire softwareproducten voor referentiebeheer. Deze omvatten alle producten die Citation Style Language-stijlen ondersteunen, zoals Mendeley. Met behulp van citatieplug-ins van deze producten hoeven auteurs alleen het juiste tijdschriftsjabloon te selecteren bij het opstellen van hun artikel, waarna citaten en bibliografieën automatisch worden opgemaakt in de stijl van het tijdschrift. Als er nog geen sjabloon beschikbaar is voor dit tijdschrift, volg dan het formaat van de voorbeeldreferenties en citaten zoals weergegeven in deze gids. Als u referentiebeheersoftware gebruikt, zorg er dan voor dat u alle veldcodes verwijdert voordat u het elektronische manuscript indient. Meer informatie over het verwijderen van veldcodes uit verschillende referentiebeheersoftware.

Gebruikers van Mendeley Desktop kunnen de referentiestijl voor dit tijdschrift eenvoudig installeren door op de volgende link te klikken:
http://open.mendeley.com/use-citation-style/computers-in-biology-and-medicine
Bij het voorbereiden van je manuscript kun je deze stijl vervolgens selecteren met behulp van de Mendeley plug-ins voor Microsoft Word of LibreOffice.

Referentie opmaak
Er zijn geen strikte vereisten voor de opmaak van referenties bij indiening. Referenties kunnen in elke stijl of formaat zijn, zolang de stijl maar consistent is. Indien van toepassing dienen auteur(s)na(a)m(en), tijdschrifttitel/boektitel, hoofdstuktitel/artikeltitel, jaartal van uitgave, jaargangnummer/boekhoofdstuk en het artikelnummer of paginering aanwezig te zijn. Het gebruik van DOI wordt sterk aangemoedigd. De referentiestijl die door het tijdschrift wordt gebruikt, zal door Elsevier in de proeffase worden toegepast op het geaccepteerde artikel. Merk op dat ontbrekende gegevens in de bewijsfase worden gemarkeerd zodat de auteur dit kan corrigeren. Als u de referenties zelf wilt opmaken, moet u deze volgens de volgende voorbeelden rangschikken:

Referentie stijl:
Tekst: Vermeld referenties met nummer(s) tussen vierkante haken in lijn met de tekst. Er kan naar de eigenlijke auteurs worden verwezen, maar het (de) referentienummer(s) moet(en) altijd worden vermeld.
Voorbeeld: '. zoals aangetoond [3,6]. Barnaby en Jones [8] kwamen tot een ander resultaat. '
Lijst: Nummer de verwijzingen (nummers tussen vierkante haken) in de lijst in de volgorde waarin ze in de tekst voorkomen.
Voorbeelden:
Verwijzing naar een tijdschriftpublicatie:
[1] J. van der Geer, J.A.J. Hanraads, R.A. Lupton, De kunst van het schrijven van een wetenschappelijk artikel, J. Sci. gemeenschappelijk. 163 (2010) 51&ndash59. https://doi.org/10.1016/j.Sc.2010.00372.
Verwijzing naar een tijdschriftpublicatie met een artikelnummer:
[2] J. van der Geer, J.A.J. Hanraads, R.A. Lupton, 2018. De kunst van het schrijven van een wetenschappelijk artikel. Helijon. 19, e00205. https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2018.e00205.
Verwijzing naar een boek:
[3] W. Strunk Jr., E.B. White, The Elements of Style, vierde druk, Longman, New York, 2000.
Verwijzing naar een hoofdstuk in een bewerkt boek:
[4] GR. Mettam, LB Adams, Een elektronische versie van uw artikel voorbereiden, in: B.S. Jones, RZ Smith (red.), Inleiding tot het elektronische tijdperk, E-Publishing Inc., New York, 2009, blz. 281 & ndash304.
Verwijzing naar een website:
[5] Cancer Research UK, rapporten over kankerstatistieken voor het VK. http://www.cancerresearchuk.org/aboutcancer/statistics/cancerstatsreport/, 2003 (geraadpleegd op 13 maart 2003).
Verwijzing naar een dataset:
[dataset] [6] M. Oguro, S. Imahiro, S. Saito, T. Nakashizuka, Mortaliteitsgegevens voor Japanse eikenverwelkingsziekte en omliggende boscomposities, Mendeley Data, v1, 2015. https://doi.org/10.17632 /xwj98nb39r.1.
Verwijzing naar software:
[7] E. Coon, M. Berndt, A. Jan, D. Svyatsky, A. Atchley, E. Kikinzon, D. Harp, G. Manzini, E. Shelef, K. Lipnikov, R. Garimella, C. Xu , D. Moulton, S. Karra, S. Painter, E. Jafarov, S. Molins, Advanced Terrestrial Simulator (ATS) v0.88 (versie 0.88), Zenodo, 25 maart 2020. https://doi.org/ 10.5281/zenodo.3727209.

Tijdschrift afkortingen bron
Tijdschriftnamen dienen afgekort te worden volgens de Lijst met Titelwoordafkortingen.

Elsevier accepteert videomateriaal en animatiesequenties ter ondersteuning en verbetering van uw wetenschappelijk onderzoek. Auteurs die video- of animatiebestanden hebben die ze bij hun artikel willen indienen, worden sterk aangemoedigd om links naar deze bestanden op te nemen in de hoofdtekst van het artikel. Dit kan op dezelfde manier als een figuur of tabel door te verwijzen naar de video- of animatie-inhoud en in de hoofdtekst te noteren waar deze moet worden geplaatst. Alle ingediende bestanden moeten correct worden gelabeld, zodat ze rechtstreeks verband houden met de inhoud van het videobestand. Om ervoor te zorgen dat uw video- of animatiemateriaal direct bruikbaar is, verzoeken wij u het bestand aan te leveren in een van onze aanbevolen bestandsindelingen met een voorkeur voor een maximale grootte van 150 MB per bestand, 1 GB in totaal. Aangeleverde video- en animatiebestanden worden online gepubliceerd in de elektronische versie van uw artikel in Elsevier Webproducten, waaronder ScienceDirect. Voeg 'stills' toe aan uw bestanden: u kunt een willekeurig frame uit de video of animatie kiezen of een aparte afbeelding maken. Deze worden gebruikt in plaats van standaardpictogrammen en personaliseren de link naar uw videogegevens. Bezoek onze video-instructiepagina's voor meer gedetailleerde instructies. Opmerking: aangezien video en animatie niet kunnen worden ingesloten in de gedrukte versie van het tijdschrift, verzoeken wij u om zowel de elektronische als de gedrukte versie tekst te verstrekken voor de gedeelten van het artikel die naar deze inhoud verwijzen.

Neem interactieve datavisualisaties op in uw publicatie en laat uw lezers interactief en nauwer betrokken zijn bij uw onderzoek. Volg de instructies hier om meer te weten te komen over de beschikbare opties voor gegevensvisualisatie en hoe u deze in uw artikel kunt opnemen.

Aanvullend materiaal, zoals applicaties, afbeeldingen en geluidsfragmenten, kan bij uw artikel worden gepubliceerd om het te verbeteren. Ingediende aanvullende items worden gepubliceerd precies zoals ze zijn ontvangen (Excel- of PowerPoint-bestanden verschijnen als zodanig online). Dien uw materiaal samen met het artikel in en geef een beknopt, beschrijvend bijschrift voor elk aanvullend bestand. Als u tijdens een bepaalde fase van het proces wijzigingen wilt aanbrengen in aanvullend materiaal, zorg er dan voor dat u een bijgewerkt bestand aanlevert. Annoteer geen correcties op een eerdere versie. Schakel de optie 'Wijzigingen bijhouden' in Microsoft Office-bestanden uit, aangezien deze in de gepubliceerde versie zullen verschijnen.

Dit tijdschrift stimuleert en stelt u in staat om waar nodig gegevens te delen die uw onderzoekspublicatie ondersteunen, en stelt u in staat om de gegevens te koppelen aan uw gepubliceerde artikelen. Onderzoeksgegevens verwijzen naar de resultaten van observaties of experimenten die onderzoeksresultaten valideren. Om reproduceerbaarheid en hergebruik van gegevens te vergemakkelijken, moedigt dit tijdschrift u ook aan om uw software, code, modellen, algoritmen, protocollen, methoden en ander nuttig materiaal met betrekking tot het project te delen.

Hieronder vindt u een aantal manieren waarop u gegevens aan uw artikel kunt koppelen of een uitspraak kunt doen over de beschikbaarheid van uw gegevens bij het indienen van uw manuscript. Als u gegevens op een van deze manieren deelt, wordt u aangemoedigd om de gegevens in uw manuscript en referentielijst te vermelden. Raadpleeg de sectie "Referenties" voor meer informatie over gegevenscitatie. Ga voor meer informatie over het deponeren, delen en gebruiken van onderzoeksdata en ander relevant onderzoeksmateriaal naar de pagina onderzoeksdata.

Gegevens koppelen
Als u uw onderzoeksdata beschikbaar heeft gesteld in een datarepository, kunt u uw artikel direct aan de dataset koppelen. Elsevier werkt samen met een aantal repositories om artikelen over ScienceDirect te koppelen aan relevante repositories, waardoor lezers toegang krijgen tot onderliggende data die hen een beter begrip geven van het beschreven onderzoek.

Er zijn verschillende manieren om uw datasets aan uw artikel te koppelen. Indien beschikbaar, kunt u uw dataset direct aan uw artikel koppelen door de relevante informatie in het indieningssysteem op te geven. Ga voor meer informatie naar de database-koppelingspagina.

Voor ondersteunde datarepositories verschijnt automatisch een repositorybanner naast je gepubliceerde artikel op ScienceDirect.

Daarnaast kunt u linken naar relevante gegevens of entiteiten door middel van identifiers in de tekst van uw manuscript, met behulp van het volgende formaat: Database: xxxx (bijv. TAIR: AT1G01020 CCDC: 734053 PDB: 1XFN).

Mendeley-gegevens
Dit tijdschrift ondersteunt Mendeley Data, zodat u alle onderzoeksgegevens (inclusief onbewerkte en bewerkte gegevens, video, code, software, algoritmen, protocollen en methoden) die bij uw manuscript horen, kunt deponeren in een gratis te gebruiken, open access-repository. Tijdens het indieningsproces, na het uploaden van uw manuscript, heeft u de mogelijkheid om uw relevante datasets rechtstreeks te uploaden naar: Mendeley-gegevens. De datasets worden weergegeven en direct toegankelijk voor lezers naast uw online gepubliceerde artikel.

Gegevensverklaring
Om transparantie te bevorderen, raden we u aan om de beschikbaarheid van uw gegevens in uw inzending te vermelden. Dit kan een eis zijn van uw financier of instelling. Als uw gegevens niet toegankelijk zijn of niet geschikt zijn om te plaatsen, kunt u tijdens het indieningsproces aangeven waarom, bijvoorbeeld door te vermelden dat de onderzoeksgegevens vertrouwelijk zijn. De verklaring verschijnt bij uw gepubliceerde artikel op ScienceDirect. Ga voor meer informatie naar de pagina Gegevensverklaring.



Als dienst aan de gemeenschap stelt dit tijdschrift de geaccepteerde manuscripten zo snel mogelijk na acceptatie online beschikbaar. In dit stadium krijgt het door de auteur geaccepteerde manuscript (zowel full-text als PDF) een Digital Object Identifier (DOI) en is het volledig citeerbaar en doorzoekbaar op titel, auteur(s) naam en de full-text. Het artikel bevat ook een disclaimer waarin wordt opgemerkt dat het een onbewerkt manuscript is dat nog niet is gekopieerd, gezet of proefgelezen. Wanneer de volledig gekopieerde versie klaar is voor publicatie, vervangt deze eenvoudig de door de auteur geaccepteerde manuscriptversie.

Om een ​​snel publicatieproces van het artikel te garanderen, vragen we de auteurs vriendelijk om ons hun proefcorrecties binnen twee dagen te bezorgen. Corresponderende auteurs ontvangen een e-mail met een link naar ons online proofing-systeem, waardoor het online annoteren en corrigeren van proofs mogelijk is. De omgeving is vergelijkbaar met MS Word: naast het bewerken van tekst kun je vanuit de Copy Editor ook commentaar geven op figuren/tabellen en vragen beantwoorden. Web-based proofing zorgt voor een sneller en minder foutgevoelig proces doordat u uw correcties direct kunt typen, waardoor de mogelijke introductie van fouten wordt geëlimineerd.
Indien gewenst, kunt u er nog steeds voor kiezen om uw bewerkingen te annoteren en te uploaden in de PDF-versie. Alle instructies voor proofing worden gegeven in de e-mail die we naar auteurs sturen, inclusief alternatieve methoden voor de online versie en PDF.
We zullen er alles aan doen om uw artikel snel en nauwkeurig te publiceren. Gebruik deze proef alleen voor het controleren van de zet, redactie, volledigheid en juistheid van de tekst, tabellen en figuren. Significante wijzigingen aan het artikel zoals geaccepteerd voor publicatie zullen in dit stadium alleen worden overwogen met toestemming van de redacteur. Het is belangrijk om ervoor te zorgen dat alle correcties in één keer naar ons worden teruggestuurd. Controleer dit zorgvuldig voordat u reageert, aangezien het opnemen van eventuele latere correcties niet kan worden gegarandeerd. Proeflezen is uitsluitend uw verantwoordelijkheid.

De corresponderende auteur ontvangt gratis een aangepaste Share Link die 50 dagen gratis toegang geeft tot de definitief gepubliceerde versie van het artikel op ScienceDirect. De Share Link kan worden gebruikt voor het delen van het artikel via elk communicatiekanaal, inclusief e-mail en sociale media. Tegen meerprijs kunnen papieren overdrukken worden besteld via het overdrukbestelformulier dat wordt verzonden zodra het artikel is geaccepteerd voor publicatie. Zowel corresponderende als co-auteurs kunnen te allen tijde overdrukken bestellen via Elsevier's Auteursservice. Corresponderende auteurs die hun artikel goud open access hebben gepubliceerd, ontvangen geen Share Link omdat hun definitieve gepubliceerde versie van het artikel open access beschikbaar is op ScienceDirect en kan worden gedeeld via de DOI-link van het artikel.

Bezoek het Elsevier Support Center om de antwoorden te vinden die u nodig heeft. Hier vindt u alles, van veelgestelde vragen tot manieren om contact op te nemen.
U kunt ook de status van uw ingediende artikel controleren of te weten komen wanneer uw geaccepteerde artikel wordt gepubliceerd.


Methoden:

Gegevenssets en sequentiegegevensverwerking

Om read-mapping tussen vg en bwa aln te vergelijken, hebben we een dataset samengesteld van sequencing-lezingen van eerder gepubliceerde oude individuen (tabel 1). Het trimmen van de adapter werd gedaan met AdapterRemoval [39] voor gepaarde reads (samenvoegen van overlappende reads) en cutadapt [40] voor single-ended reads. Niet-uitgelijnde FASTQ-gegevens van de andere twee datasets [25, 27] waren al voorzien van getrimde adapters. We hebben getrimde uitlezingen uitgelijnd met het menselijke lineaire referentiegenoom (hs37d5) met behulp van bwa aln [29] met parameters -l1024 (voor het uitschakelen van seeding) en -n 0.02 [13] of -n 0.01 -o 2, met minimale basiskwaliteit -q 15 We hebben het indexbestand voor vg [17] geconstrueerd met hs37d5 en varianten uit de 1000 Genomes Project fase 3-dataset [16] boven 0,1% MAF. In totaal bevatte de grafiek 27.485.419 SNP's, 2.662.263 indels en 4.753 andere kleine complexe varianten. Bijgesneden uitlezingen werden uitgelijnd met de variatiegrafiek met behulp van vg (v1.16.0-137-ge544284) kaart met parameters "-surject-to bam -k 15 -w 1024." Dubbele uitlezingen werden verwijderd met sambamba markdup [41] met behulp van de parameter “–remove-duplicates”. BAM-bestanden werden vervolgens gefilterd met samtools-weergave [29], waarbij reads met verschillende drempelwaarden voor mappingkwaliteit werden geselecteerd (bwa aln en vg: mapQ > 0 25, ≥ 30 vg alleen: ≥ 50 ≥ 60). De reden voor het gebruik van verschillende drempelwaarden voor de kaartkwaliteit is dat bwa een ander schattingsproces voor de kaartkwaliteit gebruikt met een maximum van ongeveer 37 dan vg met een maximum van 60. De dekking werd geschat met qualimap [42] bamqc-hulpprogramma. We presenteren het leesnummer, het endogene DNA-gehalte en de dekking voor monsters die zijn uitgelijnd met vg en bwa aln in aanvullend bestand 1: tabel S5 en tabel S6.

Simulaties

We simuleerden alle mogelijke overlappende chromosoom 11 SNP's in de Human Origins-dataset [20, 21]. In de helft van de gesimuleerde metingen werd het alternatieve allel geïntroduceerd. Vervolgens hebben we verschillende niveaus van deaminering toegevoegd aan gesimuleerde metingen met behulp van gargammel [23], gebaseerd op empirisch geschatte postmortale schade in een dataset van 102 oude genomen [22]. We hebben deze gesimuleerde waarden uitgelijnd op de 1000GP-grafiek met de vg-mapper of op het lineaire menselijke referentiegenoom (GRCh37) met bwa aln , met parameters -n 0.02 of -n 0.01 -o 2 [14], bwa mem en vg (hier verwezen naar als "vg lineair"). Read mapping met vg naar de 1000GP-grafiek duurde ongeveer vier (2,12-7,57) keer langer dan met bwa aln -n 0,02 . De resulterende uitlijningen werden gesorteerd met sambamba sort, geconverteerd naar bam met samtools view en gefilterd met verschillende drempelwaarden voor mappingkwaliteit. We hebben de nauwkeurigheid van de uitlijning van het lezen geschat door de genoomcoördinaat te vergelijken van waaruit elke lezing afkomstig is en de coördinaat die is verkregen na het in kaart brengen, rekening houdend met verschuivingen tussen deze veroorzaakt door softclips, deleties en invoegingen. Read mapping fouten werden gevisualiseerd met behulp van de R [43] package circlize [44]. Om de impact van verschillende leeslengtes en deaminering in de valse uitlijningssnelheden van de drie leesmappers (vg, bwa aln en bwa mem) te onderzoeken, hebben we 100.000 metingen van verschillende groottes (35-100 bp) gesimuleerd uit een reeks microbiële referentiegenomen geïdentificeerd in de Clovis-sequentiegegevens [45] met behulp van gargammel [23]. Daarnaast hebben we postmortale veranderingen geïntroduceerd in een subset van deze gegevens (30, 50, 70 en 90 bp) op basis van [22]. We hebben alle gesimuleerde microbiële leesgegevens verwerkt zoals hierboven beschreven.

Authenticiteit en besmettingsschattingen

Post-mortem deamineringsplots werden gegenereerd met mapDamage v2 [28], waarbij een miljoen metingen per monster werden genomen. We schatten X-chromosoombesmetting in alle mannelijke monsters met ANGSD [46], met de parameters "-r X:5000000-154900000 -doCounts 1 -iCounts 1 -minQ 20" en met behulp van polymorfe locaties die zijn geïdentificeerd in het HapMap-project.

Variantroeping en populatiegenetica-analyses

Voor populatiegenetica-analyses hebben we de Human Origins-dataset gebruikt die is gedistribueerd met Lazaridis et al. [47]. Om D-statistieken en Principal Component-analyses te schatten, hebben we voor elk individu [48] bij 1233553 SNP's uit de Human Origins-dataset gegenereerd met behulp van samtools mpileup, waarbij de herkalibratie van de basiskwaliteitsscore werd uitgeschakeld en een minimale basiskwaliteitsfilter van q20 werd opgelegd. We merken op dat pileups werden gegenereerd op basis van bam-bestanden gefilterd met een minimale drempelwaarde voor de mappingkwaliteit van 30 voor bwa aln of 50 voor vg. We hebben pseudo-haploïde genotypen gegenereerd door willekeurig één allel op elke SNP-site te bemonsteren en resulterende pseudo-haploïde genotypen om te zetten in PLINK-formaat met behulp van PLINK 1.9 [49]. Deze werden vervolgens samengevoegd met de Chimp- en Href-monsters (het menselijke referentiegenoom) uit de Human Origins-dataset en geconverteerd naar eigenstrat-formaat met behulp van convertf. We schatten D-statistieken met qpDstat [20], waarbij we de parameter "printsd: YES" doorgaven om schattingen van de standaarddeviatie te verkrijgen.

Voor de Principal Component Analysis geschat met SNP-sites, hebben we eerst de Human Origins-dataset gefilterd, varianten verwijderd met een kleine allelfrequentie van minder dan 0,02 en genotypering van 0,05, en West-Euraziatische individuen geselecteerd. We hebben deze dataset samengevoegd met de pseudo-haploïde genotypen die behoren tot de oude monsters zoals hierboven beschreven en hebben smartpca [50, 51] uitgevoerd, waarbij de analyse werd beperkt tot transversie-SNP's, met behulp van de parameters "lsqproject: YES" om oude monsters in de PCA-coördinaten te projecteren geschat met de huidige populaties, "killr2: YES" om SNP's uit te sluiten in een hoog koppelingsonevenwicht (r2thresh: 0.2) en twee iteraties uit te voeren voor het verwijderen van uitbijters (numoutlieriter: 2).

We gebruikten PLINK om PCA's met indels te schatten. We hebben onze datasets voorbereid door eerst indels aan te roepen in het Yamnaya-monster dat is verwerkt met vg en bwa , zoals hieronder beschreven, varianten met een kwaliteit gelijk aan of groter dan 30 en alleen biallele indels. We gebruikten vt [52] voor variantnormalisatie, waarbij het menselijke referentiegenoom als invoer werd gebruikt en dubbele verwijdering. Vervolgens hebben we twee datasets gegenereerd, gebaseerd op de 1000 Genomes-chromosoom 21-indels, beperkt door varianten met alternatieve allelen geïdentificeerd in het vg - of in het bwa - uitgelijnde Yamnaya-monster.

Downsampling-experiment

We hebben de bwa aln- en vg-uitlijningen van de Yamnaya-individu met hoge dekking gedownsampled van 1 tot 10x met behulp van samtools. Vervolgens hebben we 1.054.447 biallele SNP's genoemd die aanwezig zijn in de 1000 Genomes chr21 VCF van alle uitlijningen met behulp van bcftools v. 1.8, waarvoor een basiskwaliteit van ten minste 20 nodig is. Van de resulterende variantaanroepen hebben we alleen biallele SNP's en geselecteerde heterozygote genotypen behouden. We hebben potentiële deaminatie-SNP's verwijderd en variantoproepen met een kwaliteitsscore van minder dan 30 uitgesloten. Ten slotte hebben we het aandeel van de correct herstelde varianten geschat door de genotypen die zijn verkregen uit de gedownsamplede uitlijningen te vergelijken met die verkregen bij volledige dekking. Vergelijking met de read-modificatiemethode werd gedaan door de downsampled en volledige dekking bwa-uitgelijnde reads te wijzigen met de 1000 Genomes SNP-allelen en varianten aan te roepen zoals hierboven beschreven.

Alternatieve allelondersteuning en allelbalans

Om alternatieve allelondersteuning tussen vg- en bwa aln-uitlijningen te vergelijken, noemden we chromosoom 1 SNP's van de Yamnaya-uitlijningen met bcftools. We hebben deze vervolgens gefilterd op variantkwaliteit groter of gelijk aan 30, met een dekkingsdiepte van meer dan 8, en geselecteerde heterozygote varianten. Uit deze genotype-aanroepen hebben we referentie- en alternatieve alleldiepte verkregen en alternatieve allelondersteuning vergeleken tussen het vg- en bwa-uitgelijnde monster. Om referentiebias op het niveau van indels te onderzoeken, noemden we varianten met FreeBayes [53] van het Yamnaya-monster dat was verwerkt met zowel vg als bwa aln met standaardparameters, die we vervolgens hebben gefilterd op de sites die aanwezig zijn in de 1000 Genomes-variatiegrafiek die wordt gebruikt voor uitlijning .

Vergelijking met aanvullende methoden voor het verminderen van referentiebias

We vergeleken vg met de workflow voorgesteld door [10] om referentiebias te verminderen. De volgende methode werd toegepast op zowel echte als gesimuleerde gegevens. Ten eerste selecteerden we voor elk met bwa uitgelijnd monster reads die overlapten met de Human Origins SNP's of met de 1000 Genomes-dataset. Vervolgens hebben we het allel in deze reads aangepast met behulp van het "modify_read_alternative.py" -script, gedistribueerd met [10], en hebben ze opnieuw toegewezen met bwa aln naar GRCh37 zoals hierboven beschreven. Vervolgens hebben we de originele reads behouden die zijn toegewezen aan dezelfde locatie als de gewijzigde reads met "filter_sam_startpos_dict.py." wij schatten NS-statistieken van de resulterende gefilterde uitlijningen zoals hierboven beschreven.

We vergeleken vg ook met een tweede workflow voor het verwijderen van referentiebias [15]. Gesimuleerde sequentielezingen werden uitgelijnd met bwa aln op twee versies van het referentiegenoom, één met referentie-allelen en de andere alternatieve allelen. We gebruikten "bam-mergeRef" (https://github.com/StephanePeyregne/bam-mergeRef) om de resulterende uitlijningen samen te voegen, één versie van een uitlezing te behouden als deze in beide uitlijningen op dezelfde regio is toegewezen, en ook om de uitlezingen in kaart te brengen in de ene uitlijning, maar niet in de andere.


Methoden:

Beschrijving van RaGOO-algoritme en scorestatistieken

De volledige RaGOO-broncode en documentatie zijn beschikbaar op GitHub op https://github.com/malonge/RaGOO en worden vrijgegeven onder een MIT-licentie. RaGOO is geschreven in Python3 en gebruikt de python-pakketten intervaltree en numpy. Het vertrouwt ook op Minimap2 dat beschikbaar is op GitHub op https://github.com/lh3/minimap2. RaGOO wordt ook geleverd met een implementatie van Assemblytics voor structurele variatieanalyse.

Overzicht steigeralgoritme

RaGOO maakt gebruik van afstemmingen op een referentiegenoom om contigs te clusteren, ordenen en oriënteren om pseudomoleculen te vormen. RaGOO roept intern Minimap2 op, met k-mer size en window size beide ingesteld op 19 bp, om de noodzakelijke mappings van contigs naar een referentiegenoom te verkrijgen. Standaard worden alle uitlijningen met een lengte van minder dan 1 kbp verwijderd. Om contigs in chromosoomgroepen te clusteren, wordt elke contig toegewezen aan het referentiechromosoom dat het het meest omvat. Dekking wordt hier gedefinieerd als het totale aantal referentiechromosoombasenparen dat in ten minste één uitlijning wordt gedekt. Vervolgens worden voor elke pseudomolecuulgroep de contigs in die groep geordend en georiënteerd ten opzichte van elkaar. Om dit te doen, wordt de langste (primaire) uitlijning voor elke contig met het toegewezen referentiechromosoom onderzocht. Ordenen wordt bereikt door deze primaire alignementen te sorteren op de beginpositie en vervolgens op de eindpositie in de referentie. Ten slotte wordt de oriëntatie van die contig toegewezen aan de oriëntatie van de primaire uitlijning. Om pseudomoleculen te produceren, worden geordende en georiënteerde contigs aaneengeschakeld, met opvulling van "N" -tekens tussen contigs.

Betrouwbaarheidsscores voor steigers

Aan elke contig wordt een betrouwbaarheidsscore toegekend, tussen 0 en 1, voor elk van de drie hierboven beschreven fasen. De clustering betrouwbaarheidsscore is het aantal basenparen dat een contig bedekt in het toegewezen referentiechromosoom, gedeeld door het totale aantal bedekte basenparen in het gehele referentiegenoom. Om een ​​metriek te creëren die verband houdt met contig ordervertrouwen, hebben we a . gedefinieerd locatie vertrouwen. Eerst worden de kleinste en grootste uitlijningsposities, met betrekking tot de referentie, tussen een contig en het toegewezen referentiechromosoom gevonden. Het locatievertrouwen wordt vervolgens berekend als het aantal gedekte basenparen in dit bereik gedeeld door het totale aantal basenparen in het bereik. Ten slotte, om de te berekenen oriëntatie vertrouwen, brengt elk basenpaar in elke uitlijning tussen een contig en het toegewezen referentiechromosoom een ​​stem uit voor de oriëntatie van zijn uitlijning. Het oriëntatievertrouwen is het aantal stemmen voor de toegewezen oriëntatie van de contig gedeeld door het totale aantal stemmen.

Chimere contig-correctie

Voorafgaand aan het clusteren, ordenen en oriënteren, biedt RaGOO de mogelijkheid om contigs te verbreken die chimeer kunnen zijn, zoals aangegeven door discordante uitlijningen met de referentie. RaGOO kan zowel interchromosomale als intrachromosomale chimere contigs identificeren en corrigeren. Interchromosomale chimere contigs zijn contigs die significante uitlijningen hebben met twee verschillende referentiechromosomen. Om dergelijke contigs te identificeren en te doorbreken, worden alle uitlijningen voor een contig overwogen. Uitlijningen van minder dan 10 kbp worden verwijderd en de overige uitlijningen worden op unieke ankerfilters gefilterd [25]. Als er meerdere gevallen zijn waarbij ten minste 5% van de totale uitlijningslengtes ten minste 100 kbp van een afzonderlijk referentiechromosoom beslaan, wordt een contig als chimeer beschouwd. Om de contig te verbreken, worden uitlijningen gesorteerd met betrekking tot de contig-start, vervolgens de eindposities, en de contig wordt verbroken waar de gesorteerde uitlijningen overgaan tussen referentiechromosomen.

Intrachromosomale chimere contigs zijn contigs die significante uitlijningen hebben met verre loci op hetzelfde referentiechromosoom. Net als bij interchromosomale chimere contigs, begint de identificatie en het doorbreken van intrachromosomale chimere contigs met het verwijderen van korte en niet-unieke uitlijningen. De overige uitlijningen worden gesorteerd met betrekking tot de begin- en eindpositie in het referentiechromosoom. Vervolgens wordt de genomische afstand tussen opeenvolgende uitlijningen berekend, zowel met betrekking tot de referentie als de contig. Als een van deze afstanden de door de gebruiker gedefinieerde drempels overschrijdt, wordt de contig verbroken tussen de twee uitlijningen die de grote afstand daartussen is. Er kan slechts één intrachromosomale en één interchromosomale breuk optreden per contig per uitvoering van de software. Belangrijk is dat alle bovenstaande criteria voor het doorbreken van contigs afstembare parameters zijn in de RaGOO-software. Hiermee kunnen gebruikers specificeren hoe groot een structureel verschil tussen het samenstel en de referentie moet zijn om het als een fout te beschouwen. Chimere contig-correctie mag alleen worden gebruikt in gevallen waarin de gebruiker er zeker van is dat zulke grote structurele verschillen tussen de assemblage en de referentie waarschijnlijker mis-assemblages zijn dan echte, grootschalige structurele varianten. We adviseren gebruikers om de correctie van verkeerde montage te valideren met onafhankelijke gegevens om ervoor te zorgen dat echte variatie niet wordt gemaskeerd.

Steiger van een Arabidopsis thaliana en menselijk genoom

Van onze 103 A. thaliana assemblages, benadrukten we de runtime- en steigernauwkeurigheid van de assemblage die de TFÄ 04-toetreding vertegenwoordigt (SRR1945711). Dit samenstel werd geassembleerd met SPAdes (zie hieronder) en had een steiger N50 van 120.255 bp met een totale grootte van 115.803.138 bp [43]. Om de steiger van een genoom van zoogdieren aan te tonen, hebben we bovendien RaGOO gebruikt om de gemengde haplotype menselijke Canu-assemblage, afgeleid van Pacific Biosciences CCS-lezingen, te bestellen en te oriënteren. Deze menselijke samenstelling had een contig N50 van 22.778.121 bp en een totale grootte van 3.418.171.375 bp. Voor zowel de TFÄ 04 als de menselijke assemblages werden standaard RaGOO-parameters gebruikt en werd de software uitgevoerd met 8 threads ("-t 8"). De referentiegenomen TAIR 10 en hs37d5 werden gebruikt om respectievelijk de TFÄ04- en menselijke assemblages te ondersteunen. RaGOO voltooid in 12.576 s en 12 min en 33.090 s voor respectievelijk TFÄ 04 en mens. De dotplots voor beide assemblages werden gemaakt door RaGOO-pseudomoleculen uit te lijnen met de respectieve referentiegenomen met nucmer (-1 200 - c 500). Uitlijningen werden gefilterd met deltafilter (-1-1 20000), en grafieken werden gemaakt met Mummerplot (--vet). Alleen nucleair chromosoom en niet-alternatieve sequenties worden getoond in de dotplots.

Gesimuleerde referentiegeleide steigers

een gesimuleerde S. lycopersicum ontwerp-genoomassemblage is gemaakt door het Heinz SL3.0-referentiegenoom, met uitzondering van chromosoom 0, te partitioneren in steigers van variabele lengte. Intervallen langs elk chromosoom werden achtereenvolgens gedefinieerd, waarbij elke intervallengte willekeurig werd getrokken uit de verdeling van waargenomen M82 Canu contig-lengtes. Bedtools [47] werd vervolgens gebruikt om de volgorde op te halen die bij deze intervallen hoort. Ten slotte werden gesimuleerde steigers met meer dan 50% "N" -tekens verwijderd en werd de helft van de resterende contigs willekeurig omgekeerd aangevuld. Een tweede gesimuleerd samenstel dat contigs bevat in plaats van steigers, werd afgeleid van deze gesimuleerde steigers. Steigers werden gebroken bij elk stuk "N" -tekens langer dan of gelijk aan 20 bp, met uitzondering van de tussenruimte. Alle resulterende contigs met een lengte van minder dan 10 kbp werden ook uitgesloten. We noemen dit paar gesimuleerde assemblages de "gemakkelijke" set gesimuleerde gegevens. Om een ​​"harde" set gegevens te simuleren, begonnen we met dezelfde "gemakkelijke" steigers en voegden variatie toe. Om dit te doen, hebben we SURVIVOR gebruikt om 10.000 indels te simuleren, variërend van 20 bp tot 10 kbp in grootte. We hebben ook SNP's toegevoegd met een snelheid van 1%. Nogmaals, we splitsen deze steigers in contigs, wat resulteert in een paar "harde" gesimuleerde assemblages.

Gezien deze "gemakkelijke" en "harde" gesimuleerde steigers en contigs, werden RaGOO, Chromosomer en MUMmer's "show-tiling" -hulpprogramma gebruikt voor referentie-geleide steigers. Voor RaGOO was het breken van chimera's uitgeschakeld en werden standaardparameters gebruikt, met uitzondering van de opvulhoeveelheid, die op nul was ingesteld. Chromosomeer gebruikte Blast-uitlijningen met standaardparameters. Bovendien was de "fragmentmap-ratio" ingesteld op 1,05 en de hoeveelheid opvulling op nul. Show-tiling gebruikte standaard parameters. Aangezien RaGOO en Chromosomer vertrouwen op aligners die multithreading mogelijk maken, werden beide tools uitgevoerd met acht threads, terwijl show-tiling werd uitgevoerd met een enkele thread.

We hebben verschillende metingen geregistreerd om het succes van deze tools bij het bestellen en oriënteren van gesimuleerde assemblages te evalueren. Ten eerste hebben we de runtime, het percentage gelokaliseerde contigs en het percentage gelokaliseerde sequentie waargenomen. Om de nauwkeurigheid van clustering en oriëntatie te beoordelen, meten we het percentage gelokaliseerde contigs dat respectievelijk de juiste cluster en oriëntatie had gekregen. Ten slotte hebben we twee metingen gebruikt om de volgordenauwkeurigheid van elk pseudomolecuul te beoordelen. De eerste was de bewerkingsafstand tussen de ware en voorspelde volgorde van contigs. Deze bewerkingsafstand werd genormaliseerd door te delen door het totale aantal contigs in de ware volgorde. De tweede ordeningsnauwkeurigheidsmeting was het percentage correcte aangrenzende contig-paren.

Tomatenvolgordegegevens

Plantmateriaal en groeiomstandigheden

Zaden van de S. lycopersicum cultivar M82 (LA3475) waren uit eigen voorraad. Zaden van de S. pimpinellifolium toetreding BGV006775 werden verstrekt door E. van der Knaap, University of Georgia. Zaden van de S. lycopersicum foklijn Fla.8924 waren afkomstig uit de stammen van S. Hutton, University of Florida. Zaden werden direct gezaaid en ontkiemd in de grond in 96-cellige plastic flats en 21 dagen gekweekt onder lange-dagomstandigheden (16 uur licht / 8 uur donker) in een kas onder natuurlijk licht aangevuld met kunstlicht van hoge druk natriumbollen (

250 mol m 2 s 1 ). Dag- en nachttemperaturen waren 26-28 °C en 18-20 °C, respectievelijk, met een relatieve vochtigheid van 40-60%.

Genoom- en transcriptoomsequenties

Genomic Illumina-leesgegevens voor BGV006775 zijn gedownload van de NCBI Sequence Read Archive (SRA) -database (toetreding SRS3394566). Genomic Illumina-leesgegevens voor Fla.8924 (Lee et al. [33]) werden geleverd door S. Hutton, University of Florida. Illumina-leesgegevens voor alle transcriptomen zijn gedownload van ftp://ftp.solgenomics.net/user_requests/LippmanZ/public_releases/by_experiment/Park_etal/ [SeSo1] ftp://ftp.solgenomics.net/transcript_sequences/by_species/Solanum_lycopersicum/libraries/ illumina/LippmanZ/ [SeSo2] http://solgenomics.net/[SeSo3]. [SeSo4] [ZBL5].

Weefselverzameling en DNA-extractie met hoog molecuulgewicht

Voor extractie van DNA met een hoog molecuulgewicht werden jonge bladeren verzameld van 21 dagen oude lichtgegroeide zaailingen. Voorafgaand aan weefselverzameling werden zaailingen 48 uur in volledige duisternis geïncubeerd. Snel ingevroren plantenweefsel werd gemalen met behulp van een vijzel en stamper en geëxtraheerd in vijf volumes ijskoude extractiebuffer 1 (0,4 M sucrose, 10 mM Tris-HCl pH 8, 10 mM MgCl2en 5 mM 2-mercapto-ethanol). Extracten werden kort gevortext, gedurende 15 minuten op ijs geïncubeerd en tweemaal door een enkele laag Miracloth (Millipore Sigma) gefiltreerd. Filtraten werden gedurende 20 minuten bij 4 bij 4000 rpm gecentrifugeerd °C en pellets werden voorzichtig opnieuw gesuspendeerd in 1 ml extractiebuffer 2 (0,25 M sucrose, 10 mM Tris-HCl pH 8, 10 mM MgCl2, 1% Triton X-100 en 5 mM 2-mercaptoetanol). Ruwe nucleaire pellets werden verzameld door centrifugatie bij 12.000G gedurende 10 min bij 4 °C en gewassen door opnieuw te suspenderen in 1 ml extractiebuffer 2 gevolgd door centrifugatie bij 12.000G gedurende 10 min bij 4 °C. Kernpellets werden opnieuw gesuspendeerd in 500 μl extractiebuffer 3 (1,7 M sucrose, 10 mM Tris-HCl pH 8, 0,15% Triton X-100, 2 mM MgCl2, en 5 mM 2-mercaptoethanol), gelaagd over 500 μl extractiebuffer 3, en 30 min gecentrifugeerd bij 16.000G om 4 °C. De kernen werden opnieuw gesuspendeerd in 2,5 ml kernlysisbuffer (0,2 M Tris pH 7,5, 2 M NaCl, 50 mM EDTA en 55 mM CTAB) en 1 ml 5% Sarkosyl-oplossing en geïncubeerd bij 60 °C gedurende 30 minuten. Om DNA te extraheren, werden kernextracten voorzichtig gemengd met 8,5 ml chloroform/isoamylalcoholoplossing (24:1) en langzaam geroteerd gedurende 15 minuten. Na 20 minuten centrifugeren bij 4000 rpm,

3 ml waterige fase werd overgebracht naar nieuwe buizen en gemengd met 300 ul 3 M NaOAC en 6,6 ml ijskoude ethanol. Neergeslagen DNA-strengen werden overgebracht naar nieuwe 1,5 ml buizen en tweemaal gewassen met ijskoude 80% ethanol. Gedroogde DNA-strengen werden 's nachts bij 4 uur opgelost in 100 μl elutiebuffer (10 mM Tris-HCl, pH 8,5). °C. Kwaliteit, kwantiteit en moleculaire grootte van DNA-monsters werden beoordeeld met behulp van Nanodrop (Thermofiser), Qbit (Thermofiser) en pulsed-field gelelektroforese (CHEF Mapper XA System, Biorad) volgens de instructies van de fabrikant.

Voorbereiding en sequencing van de Nanopore-bibliotheek

DNA werd afgeschoven tot 30 kb met behulp van de Megarupter of 20 kb met behulp van Covaris g-buizen. DNA-reparatie en end-prep werd uitgevoerd met behulp van New England Biosciences-kits NEBNext FFPE DNA-reparatiekit en Ultra II End-Prep Kit. DNA werd gezuiverd met een 1 x AMPure XP-kraalopruiming. Vervolgens werd DNA-ligatie uitgevoerd met NEBNext Quick T4 DNA Ligase, gevolgd door nog een AMPure XP-kraalopruiming. DNA werd opnieuw gesuspendeerd in elutiebuffer en gesequenced volgens het MinION-standaardprotocol.

10× Genomics bibliotheek voorbereiding en sequencing

1,12 ng gDNA met hoog molecuulgewicht werd gebruikt als invoer voor de 10 × Genomics Chromium Genome-kit v2 en bibliotheken die we hebben voorbereid volgens de instructies van de fabrikant. De uiteindelijke bibliotheken, na afschuiving en adapterligatie, hadden een gemiddelde fragmentgrootte van 626 bp en werden gesequenced op een Illumina HiSeq, 2500 2 x 250 bp.

Hi-C bibliotheek voorbereiding en sequencing

DNA-extractie, bibliotheekconstructie en sequencing voor Hi-C-analyses werd uitgevoerd door Phase Genomics (Seattle, WA) en uitgevoerd volgens de protocollen van de leverancier. Jonge bladeren van 21 dagen oude, licht gegroeide en 48 uur donker geïncubeerde zaailingen werden in nat vloeipapier gewikkeld en 's nachts op ijs verscheept.

Eerste de novo assemblage van tomatengenomen

De Oxford Nanopore-sequencinggegevens voor M82, BGV en FLA werden verzameld met Canu. Voor alle drie de assemblages werden standaardparameters gebruikt met de verwachte genoomgrootte ingesteld op 950 Mbp. Assemblages werden ingediend bij het UGE-cluster in het Cold Spring Harbor Laboratory voor parallelle computing. Na montage werd vastgesteld dat de M82-montage bacteriële verontreiniging bevatte. Om bacteriële contigs uit de assembly te verwijderen, werden de Canu-contigs uitgelijnd met alle RefSeq-bacteriële genomen (gedownload op 7 juni 2018) evenals het Heinz SL3.0-referentiegenoom. Als een contig meer RefSeq-bacteriële genoom-basenparen omvatte dan SL3.0-basenparen, werd het als een verontreiniging beschouwd en uit de assemblage verwijderd.In dit artikel verwijst "M82 Canu contigs" naar de Canu contigs nadat contigant contigs waren verwijderd.

Referentiegeleide en referentievrije steigers van tomatengenomen

De M82 Canu-contigs werden geordend en georiënteerd in pseudomoleculen met RaGOO, Chromosomer en Nucmer's "show-tiling" -hulpprogramma. De Heinz SL3.0-referentie, met chromosoom 0 verwijderd, werd gebruikt voor alle tools. RaGOO gebruikte acht threads met chimere contig-correctie ingeschakeld en de gap-padding-grootte ingesteld op 200 bp. We hebben RaGOO ook opgedragen om drie contigs met lage nauwkeurigheidsscores voor groepering over te slaan. Chromosomeer gebruikte acht threads voor BLAST-uitlijningen. De Chromosomeer-fragmentmapverhouding was ingesteld op 1,05 en de grootte van de opvulling van de opening was ingesteld op 200 bp. Standaard parameters werden gebruikt voor show-tiling.

Voor referentievrije steigers van de M82-assemblage, 46.239.525.282 bp (

60 × dekking van de M82 Canu-contigs) van 2 × 101 Hi-C-sequencing-uitlezingen werden uitgelijnd met de M82 Canu-contigs met BWA-mem met behulp van de "-5" -vlag [48]. Uitgelijnde uitlezingen werden vervolgens gefilterd met "samtools-weergave" om uitlijningen op te nemen waarbij beide partners van een paar uitgelijnd waren als een primaire, niet-aanvullende uitlijning (-F 2316) [49]. SALSA2 gebruikte deze uitlijningen vervolgens samen met de M82 Canu-assemblagegrafiek om steigers te bouwen. De SALSA2 "-m" -vlag was ook ingesteld op "ja" om verkeerde assemblages in de M82-contigs te corrigeren, en de verwachte genoomgrootte werd ingesteld op 800 Mbp. Ten slotte hebben we "-e GATC" ingesteld om overeen te komen met het gebruik van Sau3AI in de Hi-C-bibliotheek. De SALSA2-steigers bestonden uit 2065 steigers en hadden een N50 van 18.282.950 bp en een totale grootte van 827.545.698 bp.

De structurele nauwkeurigheid van de M82 RaGOO-pseudomoleculen en SALSA2-steigers werd beoordeeld met dotplots en Hi-C-dichtheidsgrafieken. Voor dotplots werden beide sequenties uitgelijnd met de Heinz SL3.0-referentie (met chromosoom 0 verwijderd) met Minimap2 met behulp van de parameter "-ax asm5". Uitlijningen met een lengte van minder dan 12 kbp werden uitgesloten. Voor Hi-C-visualisatie werden dezelfde eerder beschreven Hi-C-gegevens uitgelijnd op beide sequenties met dezelfde parameters als voor SALSA2. Deze uitlijningen werden vervolgens gevisualiseerd met Juicebox [50]. Hi-C-partners die zijn toegewezen aan hetzelfde restrictiefragment, werden uitgesloten van visualisatie.

Met dezelfde parameters als M82 werd RaGOO ook gebruikt om de FLA- en BGV Canu-assemblages te bestellen en te oriënteren. BGV onderging twee rondes van chimere contig-correctie. De structurele varianten van Assemblytics voor elke assembly werden vergeleken met "SURVIVOR merge", waarbij de "max. afstand tussen breekpunten" was ingesteld op 1 kbp. Varianten in chromosoom 0 van de SL3.0-referentie, evenals varianten die meer dan 10% hiaten overspannen, werden uitgesloten van de structurele variantanalyse.

Tomatengenoomcorrectie en polijsten

M82 RaGOO-pseudomoleculen werden handmatig gecorrigeerd voor verkeerde assemblages en/of referentiebias. Handmatige correcties werden geïdentificeerd door Hi-C-uitlijningen te visualiseren met het M82-genoom dat in de vorige secties is beschreven. Ten eerste werden drie contigs met valse uitlijningen verwijderd uit de pseudomoleculen. Vervolgens werd met behulp van Juicebox Assembly Tools een inversiefout gecorrigeerd op chromosoom 3 en werden twee bestelfouten gecorrigeerd, één op chromosoom 7 en één op chromosoom 11. Het “.assembly”-bestand dat bij deze handmatige bewerkingen hoort, is te vinden in aanvullend bestand 7 Het vullen en polijsten van gaten werd uitgevoerd op de RaGOO-pseudomoleculen voor de M82-, FLA- en BGV-tomaattoetredingen. Voor elke assemblage werden alle respectieve Oxford Nanopore-sequencinggegevens die voor assemblage werden gebruikt, gebruikt voor het opvullen van gaten met PBJelly.

Na het opvullen van de leemtes probeerden we de meest effectieve strategie voor het polijsten van het genoom te vinden op basis van onze gegevens. We gebruikten de met gaten gevulde M82-assemblage als uitgangspunt voor onze tests. Om dit genoom te polijsten, hebben we de ruwe Oxford Nanopore-gegevens gebruikt die zijn gebruikt voor assemblage, evenals 10 × Genomics Illumina Whole Genome Shotgun-sequencing-lezingen. We hebben adapters en primers (23 bp vanaf het begin van lezen 1) en basen van lage kwaliteit (40 bp vanaf het einde van lezen 1 en lezen 2) uit deze 10 × genomics-gegevens verwijderd. Met deze gegevens vergeleken we meerdere polijststrategieën met behulp van verschillende uitlijnings- en polijsttools. Eerst onderzochten we assemblages gepolijst met of zonder Nanopolish [51]. Voor Nanopolish werd de M82 onbewerkte Oxford Nanopore-leesset uitgelijnd met de M82-assemblage met Minimap2 met behulp van de "map-ont" -parameter. Vervolgens vergeleken we assemblages gepolijst met 1 of 2 rondes Pilon-polijsten. Voor elke polijstronde werden de Illumina-gegevens willekeurig gesubsampled tot 40 × dekking voorafgaand aan uitlijning. Ten slotte vergeleken we bwa mem, Bowtie2 en ngm voor kort leesbare uitlijning voorafgaand aan Pilon-polijsten [52, 53]. We gebruikten bwa mem en ngm met standaardparameters, terwijl Bowtie2 werd uitgevoerd met de parameter "--local".

We hebben het hulpprogramma "dnadiff" van MUMmer gebruikt om de werkzaamheid van deze polijstpijplijnen te vergelijken (aanvullend bestand 3). Voor dnadiff-analyse werden gepolijste assemblages en de SL3.0-referentie opgedeeld in contigs door sequenties te verbreken met openingen van 20 bp of langer. Vervolgens werden assemblages uitgelijnd met de referentiecontigs met nucmer met behulp van de "-l 100 -c 500 -maxmatch" -parameters. Nadat we hadden vastgesteld dat 2 rondes Pilon-polijsten met Bowtie2 de beste resultaten opleverden, pasten we dezelfde pijplijn toe op de BGV- en FLA-assemblages met

26 × dekking van gepaarde Illumina short-read-gegevens werd gebruikt voor respectievelijk BGV en FLA. BUSCO werd gebruikt om de volledigheid van het genoom van de gepolijste M82-, BGV- en FLA-assemblages te evalueren. De Solanaceae odb10-database werd gebruikt met de parameter 'soort' ingesteld op 'tomaat'.

Ten slotte hebben we gezocht naar valse duplicaties die werden geïntroduceerd na het opvullen van gaten met PBJelly, aangezien anderen dergelijke verschijnselen hebben gemeld [54]. We hebben eerst de M82-, BGV- en FLA-assemblages onderzocht na het opvullen van de spleet maar vóór het polijsten. Met behulp van deze assemblages noemden we structurele varianten met betrekking tot het SL3.0-referentiegenoom met behulp van Assemblytics (unieke minimale uitlijningslengte ingesteld op 10 kbp). We vonden toen alle "tandemuitbreidingen" (duplicaties) die gaten kruisten die door PBJelly waren opgevuld. Ten slotte hebben we voor alle kruisende tandemuitbreidingen de gemiddelde onbewerkte ONT-leesdekking voor de variant berekend. Voor FLA en BGV hadden alle tandemuitbreidingen in opgevulde gaten voldoende leesondersteuning (> 15×). Voor M82 waren er twee tandemuitbreidingen die minder dan 1× dekking hadden. Omdat één variant slechts 7 bp lang was met betrekking tot de M82-assemblage, hebben we deze weggelaten uit deze analyse. De resterende valse tandemuitbreiding breidde 982 bp uit en was perfect in kaart gebracht op de uiteindelijke gepolijste M82-assemblage met behulp van Minimap2 tot M821.3ch09: 21470172-21471154.

Annotatie van het tomatengenoom

We hebben eiwitcoderende genen in de M82-, FLA- en BGV-assemblage geannoteerd met behulp van de Maker v3.0-pijplijn op Jetstream door herhalingen, cDNA-sequenties van volledige lengte en eiwitten van de Heinz 1706 ITAG3.2-assemblage [55] te verschaffen. Eenvoudige, lage complexiteit en niet-geclassificeerde herhalingen werden uitgesloten van maskering. We hebben Maker bovendien voorzien van een M82-referentietranscriptoom afgeleid van 50 M82 RNA-seq-bibliotheken. RNA-seq-uitlezingen werden uitgelijnd met het M82-genoom met behulp van STAR, een splice-bewuste aligner [56]. Deze uitlijningen werden gebruikt om transcripten samen te stellen en een consensustranscriptoom vast te stellen met behulp van respectievelijk StringTie en TACO [57, 58]. We hebben Maker uitgevoerd met parameters est2genome ingesteld op 1, protein2genome ingesteld op 1 en keep_preds ingesteld op 1 om de genannotatie uit te voeren. Genmodellen met een lage consensus en een AED-score van meer dan 0,5 werden gefilterd uit de door Maker voorspelde genmodellen. We hebben bovendien genmodellen verwijderd die korter zijn dan 62 bp volgens de cutoffs die werden gebruikt voor de ITAG3.2-annotatie. Vermeende genfuncties werden toegewezen aan de MAKER-genmodellen via Interproscan-eiwitsignaturen en zoeken naar blastp-eiwithomologie [18]. blastp ondervroeg de UniProtKB/Swiss-Prot en Heinz 1706 ITAG3.2 eiwitdatabases en filterde uitlijningen met een e waarde groter dan 1e−05 [59]. We hebben verder genen uitgefilterd die geen geassocieerde genfunctie hadden in Interproscan, UniprotKB/Swiss-Prot of ITAG3.2.

S. pennellii genoom steigers

S. pennellii contigs werden ondersteund met zowel de Heinz 1706 SL3.0-referentie als de onafhankelijke S. pennellii referentiegenoom met behulp van standaard RaGOO-parameters en exclusief chromosoom 0 van de referentiechromosomen ("-e"). De twee resulterende sets pseudomoleculen werden op elkaar afgestemd met behulp van Nucmer (-1 200 - c 500). De resulterende uitlijningen werden gefilterd met delta-filter (-1 50000-1) en uitgezet met mummerplot. De twee referentiegenomen werden ook met elkaar uitgelijnd met behulp van Nucmer (-l50-c 100), en de resulterende uitlijningen werden gefilterd met delta-filter (-1 10000-1) en uitgezet met mummerplot.

Analyse van structurele varianten van Arabidopsis

De 1001 Genomes-database is gedolven voor toetredingen waarvoor ten minste 50 × dekking van gepaarde sequencinggegevens was. We eisten ook dat de leeslengte minimaal 100 bp was. Om praktische redenen hebben we toetredingen met een te hoge dekking uitgesloten. Voor elk van de resterende toetredingen werden de fastq-bestanden willekeurig gesubsampled om een ​​dekking van exact 50× te bereiken. Gesubsamplede uitlezingen werden vervolgens geassembleerd met de SPAdes-assembler, met k-mer grootte ingesteld op 33, 55, 77 en 99, anders standaard parameters. Deze conceptassemblages werden vervolgens besteld en georiënteerd met RaGOO met behulp van standaardparameters (geen chimere contig-correctie) en het TAIR 10-referentiegenoom (GCA_000001735.1). RaGOO leverde ook structurele varianten, met een minimale variantgrootte van 20 bp. Van de assemblages op chromosoomschaal werden enkele assemblages met een genoomgrootte van meer dan 150 Mbp verwijderd vanwege vermeende monsterverontreiniging. Na deze filtering bleven assemblages en structurele variant oproepen voor 103 toetredingen over.

Varianten die werden genoemd in chromosoom 0 of de chloroplast/mitochondriale chromosomen werden weggegooid. Ook varianten die meer dan 10% overlap hadden met een hiaat werden uitgesloten. Om unieke varianten in meerdere monsters te vinden, werd SURVIVOR-samenvoeging gebruikt, zodat een variant slechts in ten minste 1 monster aanwezig hoefde te zijn om te worden gerapporteerd. Daarom, gegeven alle 103 monsters, leverde dit de vereniging op van alle varianten die aanwezig zijn in het pan-genoom. Om gedeelde varianten in meerdere monsters te vinden, werd SURVIVOR-samenvoeging gebruikt, zodat een variant in alle te rapporteren monsters aanwezig moet zijn geweest. Dit zorgde in feite voor de kruising van varianten in het pan-genoom. In alle gevallen waarin SURVIVOR-samenvoeging werd gebruikt, was de "max. afstand tussen breekpunten" ingesteld op 1 kbp. Ook werd rekening gehouden met de streng van de SV, terwijl de afstand op basis van de grootte van de variant niet werd geschat. Ten slotte werd de minimale variantgrootte ingesteld op 20 bp om consistent te zijn met de RaGOO-parameters. Bedtools werd gebruikt om kruisingen tussen varianten en genen te vinden.


Klanten die dit item bekeken, bekeken ook


Inhoud

Het bestaan ​​van micro-organismen werd eeuwenlang verondersteld voordat ze daadwerkelijk werden ontdekt. Het bestaan ​​van ongezien microbiologisch leven werd gepostuleerd door het jaïnisme, dat al in de 6e eeuw v.Chr. gebaseerd is op Mahavira's leringen. [7] Paul Dundas merkt op dat Mahavira het bestaan ​​beweerde van onzichtbare microbiologische wezens die in aarde, water, lucht en vuur leven. [8] Jain-geschriften beschrijven nigodas die submicroscopische wezens zijn die in grote clusters leven en een zeer kort leven hebben, waarvan wordt gezegd dat ze elk deel van het universum doordringen, zelfs in weefsels van planten en vlees van dieren. [9] De Romein Marcus Terentius Varro verwees naar microben toen hij waarschuwde voor het lokaliseren van een woning in de buurt van moerassen "omdat er bepaalde minuscule schepsels zijn gefokt die niet met het oog kunnen worden gezien, die in de lucht zweven en het lichaam binnendringen via mond en neus en daardoor ernstige ziekten veroorzaken." [10]

In de gouden eeuw van de islamitische beschaving veronderstelden Perzische wetenschappers het bestaan ​​van micro-organismen, zoals Avicenna in zijn boek De canon van de geneeskunde, Ibn Zuhr (ook bekend als Avenzoar) die schurftmijten ontdekte, en Al-Razi die de vroegst bekende beschrijving van pokken gaf in zijn boek Het deugdzame leven (al-Hawi). [11]

In 1546 stelde Girolamo Fracastoro voor dat epidemische ziekten werden veroorzaakt door overdraagbare zaadachtige entiteiten die infectie konden overbrengen door direct of indirect contact, of overdracht door voertuigen. [12]

In 1676 observeerde Antonie van Leeuwenhoek, die het grootste deel van zijn leven in Delft, Nederland woonde, bacteriën en andere micro-organismen met behulp van een door hem ontworpen microscoop met één lens. [17] [2] Hij wordt beschouwd als de grondlegger van de microbiologie, aangezien hij een pionier was in het gebruik van eenvoudige microscopen met één lens van zijn eigen ontwerp. [17] Terwijl Van Leeuwenhoek vaak wordt genoemd als de eerste die microben observeerde, maakte Robert Hooke zijn eerste geregistreerde microscopische observatie, van de vruchtlichamen van schimmels, in 1665. [20] Er is echter gesuggereerd dat een jezuïetenpriester genaamd Athanasius Kircher was de eerste die micro-organismen observeerde. [21]

Kircher was een van de eersten die toverlantaarns ontwierp voor projectiedoeleinden, dus hij moet goed bekend zijn geweest met de eigenschappen van lenzen. [21] Hij schreef "Over de wonderbaarlijke structuur van de dingen in de natuur, onderzocht door een microscoop" in 1646, waarin hij zei: "wie zou geloven dat azijn en melk rijk zijn aan een ontelbare veelheid aan wormen." Hij merkte ook op dat verrot materiaal vol zit met ontelbare kruipende diertjes. Hij publiceerde zijn Scrutinium Pestis (Onderzoek van de pest) in 1658, waarin hij correct verklaarde dat de ziekte werd veroorzaakt door microben, hoewel hij hoogstwaarschijnlijk rode of witte bloedcellen zag in plaats van de plaag zelf. [21]

Het gebied van bacteriologie (later een subdiscipline van de microbiologie) werd in de 19e eeuw opgericht door Ferdinand Cohn, een botanicus wiens studies over algen en fotosynthetische bacteriën hem ertoe brachten verschillende bacteriën te beschrijven, waaronder Bacil en Beggiatoa. Cohn was ook de eerste die een schema formuleerde voor de taxonomische classificatie van bacteriën en die endosporen ontdekte. [22] Louis Pasteur en Robert Koch waren tijdgenoten van Cohn en worden vaak beschouwd als de grondleggers van respectievelijk de moderne microbiologie [21] en de medische microbiologie. [23] Pasteur is het meest bekend om zijn reeks experimenten die bedoeld waren om de toen wijdverbreide theorie van spontane generatie te weerleggen, waardoor de identiteit van de microbiologie als biologische wetenschap werd bevestigd. [24] Een van zijn studenten, Adrien Certes, wordt beschouwd als de grondlegger van de mariene microbiologie. [25] Pasteur ontwierp ook methoden voor het bewaren van voedsel (pasteurisatie) en vaccins tegen verschillende ziekten zoals miltvuur, kippencholera en hondsdolheid. [2] Koch is vooral bekend vanwege zijn bijdragen aan de ziektekiemtheorie, waarmee hij aantoont dat specifieke ziekten werden veroorzaakt door specifieke pathogene micro-organismen. Hij ontwikkelde een reeks criteria die bekend zijn geworden als de postulaten van Koch. Koch was een van de eerste wetenschappers die zich richtte op de isolatie van bacteriën in pure cultuur, wat resulteerde in zijn beschrijving van verschillende nieuwe bacteriën, waaronder: Mycobacterium tuberculosis, de veroorzaker van tuberculose. [2]

Hoewel Pasteur en Koch vaak worden beschouwd als de grondleggers van de microbiologie, weerspiegelde hun werk niet nauwkeurig de ware diversiteit van de microbiële wereld vanwege hun exclusieve focus op micro-organismen met directe medische relevantie. Pas aan het einde van de 19e eeuw en het werk van Martinus Beijerinck en Sergei Winogradsky werd de ware reikwijdte van de microbiologie onthuld. [2] Beijerinck leverde twee belangrijke bijdragen aan de microbiologie: de ontdekking van virussen en de ontwikkeling van verrijkingscultuurtechnieken. [26] Terwijl zijn werk aan het tabaksmozaïekvirus de basisprincipes van de virologie vestigde, was het zijn ontwikkeling van verrijkingscultuur die de meest directe impact had op de microbiologie door de teelt van een breed scala aan microben met enorm verschillende fysiologieën mogelijk te maken. Winogradsky was de eerste die het concept van chemolithotrofie ontwikkelde en daarmee de essentiële rol onthulde die micro-organismen spelen in geochemische processen. [27] Hij was verantwoordelijk voor de eerste isolatie en beschrijving van zowel nitrificerende als stikstofbindende bacteriën. [2] De Frans-Canadese microbioloog Felix d'Herelle was in 1917 mede-ontdekker van bacteriofagen en was een van de vroegst toegepaste microbiologen. [28]

Joseph Lister was de eerste die fenolontsmettingsmiddel op de open wonden van patiënten gebruikte. [29]


Uitgebreide chiraliteit

Hoewel er veel boeken bestaan ​​over het onderwerp chirale chemie, behandelen ze slechts kort chirale synthese en analyse als een klein onderdeel van een groter werk, tot op heden zijn er geen die de achtergrondinformatie en de nieuwste ontwikkelingen samenbrengen in één uitgebreid naslagwerk. Comprehensive Chirality biedt een compleet overzicht van het vakgebied en omvat chiraal onderzoek dat relevant is voor synthese, analytische chemie, katalyse en farmaceutica. De afzonderlijke hoofdstukken in elk van de 9 delen bieden een diepgaand overzicht en een verzameling referenties over definitie, technologie, toepassingen en een gids/links naar de gerelateerde literatuur. Of het nu in een academische of zakelijke setting is, deze hoofdstukken zullen een onschatbare bron vormen voor gevorderde studenten/onderzoekers die nieuw zijn in een gebied en voor degenen die meer achtergrondinformatie of antwoorden op een bepaald probleem nodig hebben, met name bij de ontwikkeling van medicijnen.

Hoewel er veel boeken bestaan ​​over het onderwerp chirale chemie, behandelen ze slechts kort chirale synthese en analyse als een klein onderdeel van een groter werk, tot op heden zijn er geen die de achtergrondinformatie en de laatste ontwikkelingen samenbrengen in één uitgebreid naslagwerk. Comprehensive Chirality biedt een compleet overzicht van het vakgebied en omvat chiraal onderzoek dat relevant is voor synthese, analytische chemie, katalyse en farmaceutica. De afzonderlijke hoofdstukken in elk van de 9 delen bieden een diepgaand overzicht en een verzameling referenties over definitie, technologie, toepassingen en een gids/links naar de gerelateerde literatuur. Of het nu in een academische of zakelijke setting is, deze hoofdstukken zullen een onschatbare bron vormen voor gevorderde studenten/onderzoekers die nieuw zijn in een gebied en voor degenen die meer achtergrondinformatie of antwoorden op een bepaald probleem nodig hebben, met name bij de ontwikkeling van medicijnen.


Bekijk de video: Biochemie 4 aminozuren peptide dipeptide polypeptide (December 2021).