Informatie

Primers voor menselijk weefsel?


Als ik menselijke weefselmonsters, zoals haar, bloed, vingernagels, enz. zou willen onderzoeken op hun DNA, welke primers zou ik dan gebruiken voor de amplificatie van het DNA bij extractie (PCR)?

bewerken: om te kijken naar de STR in het menselijk genoom op basis van het CODIS-systeem van de FBI http://en.wikipedia.org/wiki/Combined_DNA_Index_System

van wikipedia:

"CODIS identificeert genetische markers op 13 STR-loci, plus Amelogenin (AMEL) om het geslacht te bepalen.

CSF1PO D3S1358 D5S818 D7S820 D8S1179 D13S317 D16S539 D18S51 D21S11 FGA THO1 TPOX vWA

"

Ik heb iets gelezen over CODIS, maar ik weet er niet zo veel van, als iemand me wat details zou kunnen geven die nuttig zouden zijn.


De secties Referenties en Externe links van het Wikipedia-artikel in uw vraag bevatten veel relevante informatie om u op weg te helpen. Er is een link naar de CODIS- en NDIS-factsheet (National DNA Index System) van de FBI, die veel relevante informatie bevat, waaronder onderdeelnummers voor gevalideerde kits van verschillende fabrikanten. DOI-nummers voor sommige tijdschriftartikelen worden ook in het Wikipedia-artikel gegeven, waarin u mogelijk specifieke primersequenties of referenties voor hen kunt vinden. Ten slotte is er een link naar de hoofdpagina van CODIS op FBI.gov, die een overvloed aan nuttige informatie bevat, waaronder de NDIS-handleiding voor operationele procedures.

Je hoeft alleen maar te zoeken om te vinden wat je zoekt.


Het extraheren van genomisch DNA en PCR zijn verschillende processen. Het extraheren van genomisch DNA betekent dat je alle DNA-sequenties uit het menselijk genoom haalt. Met behulp van geëxtraheerd DNA kun je een specifieke regio uit de hele genoomsequentie amplificeren.

Een primerset wordt meestal aan beide uiteinden van een sequentie geplaatst waarvan u de sequentie wilt versterken. In jouw geval zou de regio die in het geel is gemarkeerd in de figuur "CODIS-markeringen" van de wiki worden versterkt.

Verschillende mensen kunnen primers anders instellen, zelfs als ze dezelfde regio willen versterken; in dit geval zijn de primersequenties echter al bepaald om consistente resultaten te krijgen. Als je de daadwerkelijke sequenties wilt weten die de FBI gebruikt, moet jij (of iemand of ik) zoeken om ze te vinden.


Recombinante humane B-celrepertoires maken screening op zeldzame, specifieke en natuurlijk gepaarde antilichamen mogelijk

Het repertoire van menselijke antilichamen wordt in toenemende mate erkend als een waardevolle bron van antilichamen van therapeutische kwaliteit. Werkwijzen voor het ontginnen van primaire antilichaam tot expressie brengende B-cellen zijn echter beperkt in hun vermogen om zeldzame en antigeenspecifieke bindmiddelen snel te isoleren. Hier tonen we de inkapseling van twee miljoen primaire B-cellen in druppeltjes ter grootte van picoliter, waar hun verwante V-genen in-frame worden gefuseerd om een ​​bibliotheek van scFv-cassettes te vormen. We gebruikten deze benadering om native gepaarde faag-display-bibliotheken van gezonde donoren te construeren en dreven de selectie naar kruisreactieve antilichamen die zich richten op influenza-hemagglutinine. Binnen 4 weken gingen we van B-celisolatie naar een panel van unieke monoklonale antilichamen, waaronder zeven die een brede reactiviteit vertoonden op verschillende klinisch relevante subtypes van hemagglutinine van influenza. De meeste geïsoleerde antilichaamsequenties werden niet gedetecteerd door next-generation sequencing van het gepaarde repertoire, wat illustreert hoe deze methode uiterst zeldzame leads kan isoleren die waarschijnlijk niet worden gevonden door bestaande technologieën.


Drie soorten spierweefsel:

Spiercellen zijn gespecialiseerd voor contractie. Spieren zorgen voor bewegingen zoals lopen, en ze vergemakkelijken ook lichamelijke processen zoals ademhaling en spijsvertering. Het lichaam bevat drie soorten spierweefsel: (a) skeletspierweefsel (b) glad spierweefsel (c) hartspierweefsel.

Figuur 1. De drie soorten spierweefsel. Het lichaam bevat drie soorten spierweefsel: (a) skeletspier, (b) gladde spieren en (c) hartspier. Van boven, LM × 1600, LM × 1600, LM × 1600. (Micrografieën verstrekt door de Regents of University of Michigan Medical School © 2012)


Miltcirculatie in levende wezens | Lymfeweefsels | Biologie

De eigenaardigheden die zijn aangetroffen in de miltcirculatie zijn de aanwezigheid van zowel '8216open'8217 als '8216gesloten'8217 circulatie. De pulp fungeert als filter voor het scheiden van R.B.C. uit plasma. Fagocyten van de pulp verwijderen de vreemde deeltjes uit het bloed.

Pulp fungeert ook als bloedreservoir, maar zijn functie als zodanig bij mensen is niet duidelijk, maar bij honden en katten is het volledig geregeld. Tijdens noodgevallen, zoals inspanning, shockbloeding, verstikking, enz., is er een sterke samentrekking van de milt, waardoor een grote hoeveelheid bloed rijk aan R.B.C. wordt afgevoerd. in de algemene circulatie. De rol ervan bij de mens is echter niet volledig bekend omdat splenectomie geen effect heeft.

De circulatie van de milt heeft een inhoud van ongeveer 500 ml. Wanneer sympathische stimulatie optreedt, worden deze capaciteiten van ongeveer 300 ml toegevoegd aan de algemene bloedsomloop. Dit toegevoegde bloed bevat een zeer hoge concentratie aan erytrocyten. Tijdens miltontspanning kan R.B.C. worden uit de circulatie gefilterd en opgeslagen in de Pulp. Aan de andere kant veroorzaakt de samentrekking van de milt terugkeer van R.B.C. aan de circulatie.

Snelheid van de bloedstroom:

De meeste onderzoekers hebben zich geconcentreerd op het bestuderen van de volumeverandering in plaats van de snelheid van de bloedstroom. Dienovereenkomstig is het stroompatroon van de milt meestal beschouwd door de volumeverandering van de milt.

Verhoging van het volume als verwijding van miltbloedvaten die verhoging van stroom veroorzaken. Omgekeerd is het geval wanneer het volume wordt verlaagd. Grim (1963) heeft echter beschreven dat de bloedstroomsnelheid bij honden van 15 kg lichaamsgewicht en 130 mm Hg arteriële bloeddruk 70 ml/min/100 g weefsel is.

Controle van de bloedstroom:

De relatie tussen druk en stroming van de milt geeft aan dat de weerstand sterk afneemt tijdens verhoging van de perfusiedruk. Deze afname van de weerstand wordt beschouwd als de oorzaak van het openen van de vasculaire sinussen.

Factoren die de doorbloeding van de milt veranderen, worden hieronder beschreven:

Neurogene factoren lijken een belangrijke rol te spelen bij de regulatie van de bloedstroom in de milt. Stimulatie van de splanchnische zenuw veroorzaakt een snelle en intensieve ritmische samentrekking van de milt samen met een afname van de stroom. Tijdens de samentrekking geeft het een aanzienlijke hoeveelheid bloed aan de algemene bloedsomloop.

Green en zijn medewerkers (1960) hebben overwogen dat de mechanismen voor het legen van de milt onder sympathische controle staan. Miltzenuwstimulatie veroorzaakt een afname van de arteriolaire instroom, een afname van het miltvolume en -gewicht en een toename van de veneuze uitstroom.

Stimulatie van baroreceptoren in de carotis-sinus en aortaboog-baroreceptoren veroorzaakt reflexmodificatie van het miltvolume, het miltgewicht en de miltcirculatie. Ernstige toename of het miltvolume na verhoogde druk in de geïsoleerde halsslagader van honden is waargenomen door Hey-mans (1929).

Reflexdilatatie van de miltvaten is mogelijk de oorzaak van deze reactie. Integendeel, tijdens drukverhoging in de sinus veroorzaakt reflex afname van het miltvolume door de activering van de sympathische zenuw.

Adrenaline en noradrenaline verminderen beide het miltvolume. De ritmische con­tractie van de milt is verhoogd na toediening van adrenaline of noradrenaline. Er wordt beweerd dat deze hor­monen een belangrijke rol spelen bij het legen van de milt. De noradrenaline helpt door arteriolaire vernauwing, terwijl de adrenaline helpt door de veneuze uitstroom te vergroten door venulaire dilatatie of door samentrekking van de gladde spier van de milt.

Acetylcholine en methacholine verhogen over het algemeen de arteriële en veneuze uitstroom. Het volume van de milt is ook iets verminderd. Maar lokale toepassing van acetylcholine, adrenaline, noradrenaline en histamine gebruiken arteriolaire vernauwing.

Tijdens bloeding, wanneer de systemische bloeddruk daalt, worden de samentrekkingen van de milt samen met arteriolaire vernauwing, afname van het miltgewicht en toename van de veneuze uitstroom waargenomen als gevolg van sympathische reflexactiviteit door de stimulatie van chemoreceptoren.

Tijdens inspanning neemt de samentrekking van de milt toe. Dit komt door de herverdeling van bloed van het inactieve gebied naar het actieve gebied. Verhoogde sympathische activiteit tijdens inspanning is de mogelijke oorzaak.

vi. Uitzetting van ingewanden:

De miltader en de superieure mesenteriale aderen zorgen voor de belangrijkste bloedtoevoer naar de lever via de poortader. Dus de milt veneuze drainage naar is via de poortader. Dus als er sprake is van een uitzetting van het vaatbed van de lever als gevolg van een toename van de sinusoïdale weerstand of als gevolg van pathologische aandoeningen, kan de drainage van de milt worden aangetast.

Daarnaast is recentelijk waargenomen dat als de holle ingewanden-achtige maag wordt opgezwollen, daar herverdeling van bloed plaatsvindt. In een dergelijke toestand wordt de hepatische bloedstroom verminderd, terwijl de milt- en mesenteriale bloedstroom wordt verhoogd.


Permanent weefsel

Cellen van meristeemweefsel differentiëren later om verschillende soorten permanent weefsel te vormen.

Permanent Weefsel wordt verder gecategoriseerd als &min

Eenvoudig permanent weefsel en

Complex permanent weefsel

Eenvoudig permanent weefsel

Eenvoudig permanent weefsel verder gecategoriseerd als &min

Parenchym weefsel ondersteunt planten en slaat ook voedsel op.

Soms bevat parenchymweefsel chlorofyl en voert het fotosynthese uit, in een dergelijke toestand staat het bekend als collenchym.

Het collenchymweefsel geeft flexibiliteit om te planten en geeft ook mechanische ondersteuning (aan planten).

De grote luchtholten, die aanwezig zijn in het parenchym van waterplanten, geven de planten drijfvermogen en helpen ze ook te drijven, staan ​​bekend als aerenchym.

De Sclerenchym weefsel maakt de plant hard en stug. De schil van een kokosnoot bestaat bijvoorbeeld uit sclerenchymateus weefsel.

De cellen van sclerenchymweefsel zijn normaal gesproken dood.

De buitenste laag cellen staat bekend als: opperhuid.

De epidermis bestaat meestal uit een enkele laag cellen.

Het gehele oppervlak van een plant heeft de buitenste laag van de epidermis, die alle delen van de plant beschermt.

Complex permanent weefsel

Het complexe weefsel bestaat normaal gesproken uit meer dan één type cellen die als een eenheid samenwerken.

Complexe weefsels helpen bij het transport door organisch materiaal, water en mineralen op en neer in de planten te vervoeren.

Complex permanent weefsel is gecategoriseerd als:

Xyleem bestaat normaal gesproken uit tracheïde, vaten, xyleemparenchym en xyleemvezels.


het enzym primase katalyseert de synthese van de primers van waaruit de synthese van DNA-polymerasen kan beginnen (Figuur 5.21). Primers zijn korte oligonucleotiden, variërend van 6 tot 60 nucleotiden lang. Ze kunnen gemaakt zijn van ribonucleotiden of een mengsel van deoxyribonucleotiden en ribonucleotiden. De belangrijkste primase in E coli heet het 60 kDa eiwit DnaG-eiwit, het product van de dnaG gen. De belangrijkste primase in eukaryote cellen is DNA-polymerase (alpha).

de primase van E coli, DnaG-eiwit, kan zelf geen primers synthetiseren, maar maakt eerder deel uit van een veel groter complex genaamd de primosoom. Het primosoom werkt herhaaldelijk tijdens de synthese van de achterblijvende streng, het vinden van een primer-bindingsplaats op de SSB-gecoate enkelstrengs sjabloonstreng en het synthetiseren van een primer. Identificatie van de componenten van het primosoom werd geholpen door het handige modelsysteem van in vitrosynthese van fX174-DNA. fX174 is een enkelstrengs bacteriofaag, het DNA dat in het virus wordt gevonden, wordt de plus-streng genoemd. Na infectie van E coliwordt deze plus-streng omgezet in een dubbelstrengs replicatieve vorm (Figuur 5.24A). De omzetting van enkelstrengs faag-DNA naar duplex-DNA vindt plaats door de synthese van verschillende Okazaki-fragmenten en daarom is het een goed model voor discontinue synthese op de achterblijvende streng. Deze reactie kan worden uitgevoerd in vitro, die de biochemische dissectie van de verschillende stappen in de assemblage en beweging van het primosoom mogelijk maakte.

Tabel 5.3. Onderdelen van het primosoom in E. coli
eiwit gen activiteiten en functies
PriA priA helicase, 3' tot 5' beweging, plaatsherkenning
PriB priB
Prijs prijs
DnaT dnaT nodig om DnaB'8209DnaC-complex toe te voegen aan preprimosoom
DnaC dnaC vormen complex met DnaB
DNAB dnaB helicase, 5' naar 3' beweging. DNA-afhankelijke ATPase.
DnaG dnaG synthetiseren primer

Vijf verschillende eiwitten worden gevonden in a prepriming complex, PriA, PriB, PriC, DnaT en DnaB (tabel 5.4). Een zesde eiwit, DnaC, is nodig voor de assemblage van dit complex. In het geval van fX174 viraal DNA-template gecoat met SSB, herkent PriA (Figuur 5.24 B) een primerassemblageplaats. de eiwitten PriBen Prijsworden vervolgens toegevoegd om een ​​complex te vormen. Het hexamere eiwit DNABis in een complex met zes moleculen van DnaCals het niet op het DNA staat. In een ATP-afhankelijk proces, en met hulp van DnaT, DnaB wordt overgebracht naar de sjabloon en DnaC wordt vrijgegeven.

Het prepriming complex is nu klaar voor de primase, DnaG, om het actieve primosoom te binden en te maken. Hoewel de rol van elk van de eiwitten in het primosoom nog niet duidelijk is, is er informatie beschikbaar over enkele van de stappen in de werking van het primosoom. De voorkeursbindingsplaats op de matrijs voor primase is CTG, waarbij de T wordt gebruikt als de matrijs voor het eerste nucleotide van de primers. Een complex met hoge affiniteit tussen DnaB en ATP vormt of stabiliseert een secundaire structuur in het enkelstrengs sjabloon-DNA dat door primase wordt gebruikt. Na ATP-hydrolyse door DnaB, dissocieert het ADP-DnaB-complex met lage affiniteit van de sjabloon. Het primosoom kan nu naar de volgende plaats gaan voor primersynthese.

Figuur 5.24. Assemblage en migratie van het primosoom. Na assemblage van het prepriming-complex voegt DnaG zich bij het complex om het primosoom te voltooien. Na synthese van de primer (donkerzwarte lijn), gaat het primosoom naar de volgende plaats voor synthese. Dit volgen langs het met SSB gecoate enkelstrengs DNA vereist ATP-hydrolyse en veroorzaakt dissociatie van een deel van het SSB. In het diagram wordt het primosoom getoond bewegend in een 5'-naar 3'-richting langs de sjabloonstreng (met de klok mee), wat het tegenovergestelde is van de richting van de primersynthese. Dit zou de bewegingsrichting zijn die door DnaB wordt gekatalyseerd. Het primosoom bevat ook PriA, dat beweging langs enkelstrengs DNA in de tegenovergestelde richting katalyseert. Zodra primers zijn gesynthetiseerd, kan DNA-polymerase III Okazaki-fragmenten daaruit synthetiseren, de primers worden uitgesneden en hiaten worden gerepareerd door DNA-polymerase I, en vervolgens worden de fragmenten aan elkaar geligeerd.

Het primosoom bevat twee helicasen die met tegengestelde polariteit langs enkelstrengs DNA kunnen bewegen. PriA beweegt in een richting van 3' naar 5', terwijl DnaB in een richting van 5' naar 3' beweegt. Wanneer getest in vitromet een substraat dat vergelijkbaar is met dat in figuur 5.22, zijn fragmenten van elk uiteinde verplaatst, wat aangeeft dat het primosoom bij sommige moleculen in de ene richting bewoog en bij andere in de andere richting. Figuur 5.24 B toont de migratie zoals aangedreven door de DnaB-helicase, maar beweging kan ook in de andere richting plaatsvinden.


Dankbetuigingen

We danken Ron McCarthy van de Washington University Pulmonary Mouse Core (ondersteund door Grant National Institutes of Health Grant HL29594) voor oöcytinjectie en productie van de hBAC CL-muizen. We danken ook Terese Hall voor administratieve ondersteuning.

* Dit werk werd geheel of gedeeltelijk ondersteund door National Institutes of Health Grants HL53325, HL74138, HL105314 en HL084922 (aan R.P.M.), K12 HL089968 (aan A.S.) en HL087563 (aan J.E.W.). Dit werk werd ook verleend door Canadian Institutes of Heath Research Grant MOP86713 (aan E.C.D.) en door een subsidie ​​van de National Marfan Foundation (aan R.P.M.).

Dit artikel bevat aanvullende tabel 1 en Fig. 1𠄳.


Levensvatbare afzonderlijke cellen voorbereiden van menselijk weefsel en tumoren voor cytomische analyse

Massacytometrie is een eencellige biologietechniek die >500 cellen per seconde bemonstert, >35 kenmerken per cel meet en gevoelig is over een dynamisch bereik van >10 4 relatieve intensiteitseenheden per kenmerk. Deze combinatie van technische troeven heeft geleid tot een reeks recente cytomische onderzoeken waarbij onderzoekers massacytometrie gebruikten om eiwit- en fosfo-eiwitexpressie in miljoenen cellen te meten, zeldzame celtypen in gezonde en zieke weefsels te karakteriseren en nieuwe, onverwachte cellen te onthullen. Deze vooruitgang vond echter grotendeels plaats in studies van bloed, lymfoïde weefsels en beenmerg, aangezien de cellen in deze weefsels gemakkelijk worden verkregen in suspensies van eencellige cellen. Deze eenheid vormt een basis voor eencellige analyse van solide tumoren en weefsels en is getest met massacytometrie. De cellen die uit deze protocollen worden verkregen, kunnen worden vastgesteld voor studie, gecryopreserveerd voor langdurige opslag of ex vivo verstoord om reacties op stimuli en remmers te ontleden. © 2017 door John Wiley & Sons, Inc.


Gerelateerde bronnen

Organs-On-Chips als platform voor het bestuderen van effecten van microzwaartekracht op de menselijke fysiologie

Organs-On-Chips als platform voor het bestuderen van effecten van microzwaartekracht op menselijke fysiologie analyseert het effect van microzwaartekracht en andere ruimtegerelateerde stressoren op de hersenbloedbarrière. Het maakt gebruik van volledig geautomatiseerde weefselchiptechnologie, een Brain-Chip, bestaande uit levende neuronale en vasculaire endotheelcellen in een micro-engineered omgeving. Resultaten kunnen inzicht geven in de relatie tussen ontsteking en hersenfunctie en een beter begrip van neurodegeneratieve ziekten zoals Alzheimer en Parkinson.


Transcriptomics bronnen van menselijke weefsels en organen

Het kwantificeren van de differentiële expressie van genen in verschillende menselijke organen, weefsels en celtypen is van vitaal belang om de menselijke fysiologie en ziekte te begrijpen. Onlangs hebben verschillende grootschalige transcriptomics-onderzoeken de expressie van eiwitcoderende genen in weefsels geanalyseerd. Deze datasets bieden een raamwerk voor het definiëren van de moleculaire bestanddelen van het menselijk lichaam en voor het genereren van uitgebreide lijsten van eiwitten die in weefsels of op een weefselbeperkte manier tot expressie worden gebracht. Hier bekijken we openbaar beschikbare menselijke transcriptoombronnen en bespreken we lichaamsbrede gegevens van onafhankelijke genoombrede transcriptoomanalyses van verschillende weefsels. Genexpressiemetingen van deze onafhankelijke datasets, gegenereerd met behulp van monsters van vers ingevroren chirurgische specimens en postmortale weefsels, zijn consistent. Over het algemeen ondersteunen de verschillende genoombrede analyses een distributie waarin veel eiwitten in alle weefsels worden gevonden en relatief weinig op een weefselbeperkte manier. Bovendien bespreken we de toepassingen van openbaar beschikbare omics-gegevens voor het bouwen van metabole modellen op genoomschaal, die worden gebruikt voor het analyseren van cel- en weefselfuncties, zowel in fysiologische als in ziektecontexten.

Omslag: De omslag van deze maand belicht het onderzoeksartikel "Gepoolde matrix eiwitinteractieschermen met behulp van Barcode Fusion Genetics" door Nozomu Yachie, Evangelia Petsalaki, Frederick P. Roth en collega's. De omslag illustreert het sleutelconcept van barcodefusie-genetica: intracellulaire fusie van twee verbonden DNA-barcodes om de combinatie van eiwitten weer te geven die deelnemen aan een eiwitinteractie. Cover art door Uta Mackensen, in overleg met de auteurs.