Informatie

Wiskundige weergave van "gensignaturen"


Volgens de definitie van Wikipedia is "een gensignatuur een groep genen in een cel waarvan het gecombineerde expressiepatroon uniek karakteristiek is voor een biologisch fenotype of medische aandoening."

Hoewel de bovenstaande definitie erg handig is om het concept te begrijpen, ben ik op zoek naar een "meer praktische" definitie of liever een wiskundige weergave (bijvoorbeeld een vector) van gensignaturen. Vandaar mijn vraag.


Er zijn wiskundige definities van "gensignatuur". Kijk eens naar het aanvullende materiaal van Subramanian et al. PNAS 2005, een van de eerste artikelen over "gensignaturen", en een methode en tool die nog steeds veel wordt gebruikt in fundamenteel onderzoek.

Merk op dat Subramanian et al. meerdere definities hebben en dat het kopiëren ervan hier buiten het bestek van deze pagina zou vallen.


Er is geen wiskundige definitie van genetische handtekening. Neem eerst een kijkje op Is er een formele definitie van handtekening van natuurlijke selectie?. Zoals uitleggen wordt de term genetische signatuur in een zeer brede zin gebruikt.

Er zijn een aantal processen waarvoor men wellicht op zoek is naar een handtekening van dit proces. Een dergelijke handtekening kan de vorm aannemen van verschillende statistieken. Een historisch belangrijke statistiek is bijvoorbeeld Tajima's D gedefinieerd als

$$D = frac{Pi - S/a}{SE}$$

, waarbij $Pi$ het gemiddelde aantal paarsgewijze verschillen is tussen twee willekeurig gesamplede haplotypes, $S$ het aantal gescheiden sites is, $a=sum_i^{k-1}1/i$, waarbij $k$ is het aantal bemonsterde haplotypes. $SE$ is de standaardfout voor de teller, waarvoor een ingewikkelde formulering nodig is (bekijk Tajima 1989 voor meer informatie).


Bekijk de video: Cara Membuat Tanda Tangan di Microsoft Word, dengan Mudah dan Simple. Otomatis. Kunci Kantor (Januari- 2022).