Informatie

Niet-monotone knock-outeffecten bij prokaryoten


Meestal selecteren de onderzoekers bij het uitvoeren van gen-knock-out één gen om te verwijderen / vervangen door rommel en kijken ze vervolgens of de prokaryoot nog steeds splijting kan ondergaan. Als het zich blijft voortplanten, wordt het gen als niet-essentieel bestempeld; als het organisme zich niet kan voortplanten, wordt het gen als essentieel bestempeld; en soms (als het organisme zich kan voortplanten, maar slechts gedurende een bepaald aantal generaties) wordt het gen als quasi-essentieel bestempeld.

Als gen X essentieel is en je zowel gen X als een ander gen Y uitschakelt, sterft het organisme meestal nog steeds; dit is een voorbeeld van monotoon gedrag. Dit hoeft echter niet altijd het geval te zijn, het kan zijn dat gen X alleen essentieel is in de aanwezigheid van gen Y (bijvoorbeeld als de twee geproduceerde eiwitten zich in een delicate feedbackloop bevinden). Zijn er voorbeelden waarbij het uitschakelen van gen X het organisme niet levensvatbaar maakt, maar het uitschakelen van gen X? en Y handhaaft de levensvatbaarheid? In het meest extreme geval, is er een voorbeeld waarbij zowel gen X als Y essentieel zijn, maar als beide worden uitgeschakeld, is het organisme nog steeds levensvatbaar? Ik ben vooral geïnteresseerd in eenvoudige prokaryoten (een antwoord op Mycoplasma genitalium of Escherichia coli zou het beste zijn), maar meer gecompliceerde organismen hebben de voorkeur boven geen antwoord.


Hier is een voorbeeld waarin de knock-out van een niet-essentieel gen in gist (Saccharomyces cerevisiae) de dodelijke effecten van een andere knock-out onderdrukt.

Amy L. Kistler en Christine Guthrie (2001) Deletie van MUD2, de gisthomoloog van U2AF65, kan de vereiste voor Sub2, een essentiële spliceosomale ATPase, omzeilen. Genen en ontwikkeling 15:42-49

Het SUB2-gen codeert voor een eiwit dat een onderdeel is van het TREX-complex dat nodig is voor de export van nucleair mRNA. Deletie van het SUB2-gen is dodelijk. Het MUD2-gen codeert voor een niet-essentieel eiwit dat betrokken is bij pre-mRNA-splitsing.

De auteurs laten zien dat -

"... de essentiële vereiste voor de SUB2 ATPase kan worden omzeild door de niet-essentiële splitsingsfactor MUD2 te verwijderen ... "

Gedetailleerde informatie over deze (en alle andere) Saccharomyces cerevisiae-genen is vrij beschikbaar in de Saccharomyces Genome Database


Bekijk de video: Predictive Analytics Sprintsessie - Webinar with our partner Victa dutch (Januari- 2022).