Informatie

Hoe werd het coronavirus onderscheiden?


Ik heb veel gelezen over de uitbraak van het coronavirus, ik weet dat wetenschappers in januari al het virale genoom hadden gesequenced.

Hoe werd het virus geïdentificeerd? voorafgaand aan de opeenvolging

Aangezien virussen niet zijn als ziektekiemen die je gemakkelijk met een microscoop kunt zien en onderscheiden, hoe konden wetenschappers dan weten dat er iets nieuws was aan de nieuwe ziekte en hoe konden ze de ziekteverwekker zuiveren die die ziekte veroorzaakt zonder te weten wat het is en zonder te weten wat het is? genetische code?

Waar kan ik informatie vinden over procedures die worden gebruikt om nieuwe virale pathogenen te identificeren?

Gezien het feit dat er een groep mensen is met een verdachte ziekte, wat zijn de? laboratoriumprocedures gebruikt om bekende pathogenen te elimineren en hoe je ontdekt dat je een nieuw virus hebt zonder de genetische sequentie ervan te kennen (en zonder het vermogen om het te extraheren - voor zover ik weet kun je virusdeeltjes niet isoleren met een pincet...).

Bedankt!


Dit is fundamentele epidemiologie. Als medische professionals merken dat een groep mensen met een gemeenschappelijk kenmerk wordt gezien voor een vergelijkbare ziekte, vragen ze of er een verband is. In dit geval werd bij verschillende mensen in Wuhan een ernstige longontsteking vastgesteld en de artsen merkten dat ze op dezelfde locatie werkten.

Drie volwassen patiënten kregen een ernstige longontsteking en werden op 27 december 2019 opgenomen in een ziekenhuis in Wuhan... Haar beroep was detailhandelaar in de groothandelsmarkt voor zeevruchten... Hij was een frequente bezoeker van de groothandelsmarkt voor zeevruchten.

--Een nieuw coronavirus van patiënten met longontsteking in China, 2019

Je hebt meer kans om op te volgen wanneer de ziekte ongebruikelijk of ernstig is, en wanneer de verbindende factor ongebruikelijk of verdacht is. In dit geval was de ernstige longontsteking vermoedelijk onverwacht, en markten voor levende dieren hebben altijd potentieel voor overdracht van ziekten.

(Het is zelfs heel goed mogelijk dat het virus al weken in de regio circuleerde voordat dit cluster werd opgemerkt, en dat eerdere gevallen niet verrassend genoeg waren om het onderzoek op gang te brengen dat nodig was om een ​​nieuw virus te identificeren; hoewel het ook waarschijnlijk is dat de medisch personeel in Wuhan had gemerkt dat er doorgaans veel gevallen van longontsteking waren en zocht al naar een verband.)

Zie ook de antwoorden op Hoe hebben wetenschappers hiv ontdekt?. Ouderwetse epidemiologie is altijd kritisch.

In hetzelfde artikel wordt uitgelegd hoe het virus werd gesequenced:

Bronchoalveolaire lavagevloeistofmonsters werden verzameld in steriele bekers waaraan virustransportmedium werd toegevoegd... RNA geëxtraheerd uit bronchoalveolaire lavagevloeistof en kweeksupernatanten werd gebruikt als een sjabloon om het genoom te klonen en te sequensen. We gebruikten een combinatie van Illumina-sequencing en nanopore-sequencing om het virusgenoom te karakteriseren.

En geïsoleerd:

... supernatant van bronchoalveolaire lavagevloeistofmonsters werd geënt op het apicale oppervlak van de celculturen ... Na drie passages werden apicale monsters en menselijke luchtwegepitheelcellen voorbereid voor transmissie-elektronenmicroscopie ...

Dus kort, ze namen monsters van patiënten, kweekten ze op gekweekte cellen, gebruikten elektronenmicroscopie om het soort virus te controleren. Ze bepaalden de vloeistof (geen cellen, omdat het virus in de vloeistof zou worden uitgescheiden, waardoor het een relatief zuivere bron van virus-RNA zou worden) en vervolgens de sequentie bepaald met behulp van een standaard high-throughput sequencing-aanpak; het kennen van het waarschijnlijke soort virus zou dit gemakkelijker maken, maar is niet essentieel. Er zou veel menselijk RNA in de sequentie zitten, maar het is gemakkelijk om dat bio-informatisch te scheiden en je analyse te beperken tot de virale sequenties. Het virusisolaat was ook niet essentieel voor de identificatie; het kennen van de volgorde is tegenwoordig de kritieke informatie. Maar het hebben van een virusisolaat maakt al het daaropvolgende werk zeker veel gemakkelijker.

Dit is vrij standaard moderne moleculaire biologie, geen esoterische vaardigheid.