Informatie

1.4: Dankbetuigingen - Biologie


Het was een genoegen om met veel Boston College-collega's en studenten aan deze vijfde editie te werken Onderzoeken in moleculaire celbiologie. Veel dank aan Holli Rowedder voor haar zorgvuldige montage en haar hulp bij de experimenten.

In de afgelopen vijf jaar hebben veel onderwijsassistenten bekwaam leiding gegeven aan hun secties en waardevolle feedback gegeven over de effectiviteit van deze handleiding en suggesties
voor het verbeteren van zowel de handleiding als de cursus. Honderden niet-gegradueerde studenten hebben ook zeer constructieve opmerkingen en suggesties gegeven. Speciale dank gaat uit naar David Chou, klas van 2012, die de omslag en lay-out van deze handleiding heeft ontworpen.

Tot slot wil ik de steun van de National Science Foundation voor het Pathways over Time-project erkennen via subsidie ​​NSF114028.


Calciumafhankelijke clustering van inositol 1,4,5-trifosfaatreceptoren

Basofiele leukemiecellen (RBL-2H3) van de rat brengen voornamelijk de type II-receptor voor inositol 1,4,5-trifosfaat tot expressie (InsP3), die werkt als een InsP3-gated calciumkanaal. In deze cellen leidt verknoping van de immunoglobuline E-receptor met hoge affiniteit (FcεR1) tot activering van fosfolipase C -isovormen via tyrosinekinase- en fosfatidylinositol-3-kinase-afhankelijke routes, afgifte van InsP3-gevoelige intracellulaire Ca2+-voorraden, en een aanhoudende fase van Ca2+-influx. Deze gebeurtenissen gaan gepaard met een herverdeling van type II InsP3 receptoren in het endoplasmatisch reticulum en de nucleaire envelop, van een diffuus patroon met een paar kleine aggregaten in rustende cellen tot grote geïsoleerde clusters na antigeenstimulatie. Herverdeling van type II InsP3 receptoren wordt ook gezien na behandeling van RBL-2H3-cellen met ionomycine of thapsigargin. InsP3 receptorclustering vindt plaats binnen 5-10 minuten na stimulus en houdt tot 1 uur aan in aanwezigheid van antigeen. Receptorclustering is onafhankelijk van endoplasmatisch reticulum vesiculatie, die alleen optreedt bij ionomycineconcentraties >gt1 μM, en maximale clusteringreacties zijn afhankelijk van de aanwezigheid van extracellulair calcium. InsP3 receptoraggregatie kan een kenmerkende cellulaire respons zijn op Ca2+-mobiliserende liganden, omdat vergelijkbare resultaten worden gezien na activering van fosfolipase C-gekoppelde G-eiwit-gekoppelde receptoren cholecystokinine veroorzaakt herverdeling van type II-receptoren in AR4-2J-cellen van het pancreatoom van ratten en carbachol veroorzaakt herverdeling van type III-receptoren in E36 M3R-cellen van hamsterlongfibroblasten die de muscarinereceptor tot expressie brengen. Stimulatie van deze drie celtypes leidt tot een verlaging van InsP3 receptorniveaus alleen in AR4-2J-cellen, wat aangeeft dat receptorclustering niet correleert met neerwaartse regulatie van de receptor. De calciumafhankelijke aggregatie van InsP3 receptoren kunnen bijdragen aan de eerder waargenomen veranderingen in affiniteit voor InsP3 in de aanwezigheid van verhoogde Ca2+ en/of kunnen discrete regio's ontstaan ​​binnen hervulde winkels met variërende capaciteit om Ca2+ vrij te geven wanneer een volgende stimulus resulteert in de productie van InsP3.


Invoering

De belangrijkste IBD's, CD en UC, zijn chronische darmziekten die worden gekenmerkt door aanhoudende ontsteking van het darmweefsel. Onder kiemvrije omstandigheden ontwikkelt chronische colitis zich niet in IBD-diermodellen, zoals IL-10 −/− [1], TCR-α-muizen [2] en senescentie-versnelde muizen P1/Yit [3]. Bovendien is gesuggereerd dat darmontsteking het delicate evenwicht tussen de darmmicrobiota en het immuunsysteem van de gastheer bij patiënten met IBD verstoort [4].

Onlangs is prebiotische therapie, of controle van de darmmicrobiota, uitgevoerd in klinische IBD-onderzoeken en experimentele diermodellen. Prebiotica worden over het algemeen gedefinieerd als onverteerbare stoffen die selectief de activiteit van nuttige bacteriën in de darm stimuleren om de gezondheid van de gastheer te verbeteren [5-7]. Hoewel deze studies zich voornamelijk hebben gericht op de modulatie van de enterische omgeving en gunstige bacteriën, zijn de effecten van prebiotica op het immuunsysteem van de gastheer recentelijk gerapporteerd in diermodellen en klinische proeven bij mensen [8-10].

Een celvrij filtraat van P. freudenreichii van kweek werd gemeld dat het een selectief stimulerend effect had op de groei van bifidobacteriën, en DHNA, een intermediaire metaboliet van de biosynthese van menachinon, bleek de belangrijkste component te zijn die de specifieke in vitro proliferatie van het geslacht bevorderde Bifidobacterie [11, 12]. We hebben eerder gerapporteerd dat DHNA ontstekingsremmende effecten uitoefent in een muizen-dextraansulfaat-natriumcolitis-model door lymfocyt-homing te onderdrukken door de vermindering van expressie van celadhesiemoleculen [13]. Het exacte proces of de exacte volgorde van hoe DHNA ontstekingsremmende effecten uitoefent door het mucosale immuunsysteem te moduleren, blijft echter onbekend. Aangeboren immuuncellen, zoals monocyten gedifferentieerd tot weefselmacrofagen, migreren ook naar het slijmvlies van ontstoken darmen en spelen een belangrijke rol bij de ontwikkeling van slijmvliesontsteking en ulceratie [14]. Daarom zou het belangrijk zijn om te weten of DHNA de migratie van een aangeboren celpopulatie beïnvloedt en of het de overspraak tussen aangeboren immuniteit en verworven immuniteit beïnvloedt.

IL-10 −/−-muizen ontwikkelen spontaan een chronische, T-cel-gemedieerde, transmurale colitis die veel kenmerken deelt met menselijke CD. Als gevolg van de inconsistentie in de ontwikkeling van spontane colitis bij IL-10 /−-muizen, hebben Berg et al. [15] beschreef de snelle ontwikkeling van colitis bij IL-10 −/−-muizen die werden behandeld met piroxicam, een NSAID. Deze muizen ontwikkelden ernstige darmontsteking binnen 2 weken na behandeling met NSAID's, die vergelijkbaar was met de spontane IBD die zich ontwikkelde bij 3 maanden oude IL-10 −/−-muizen. NSAID-geïnduceerde colitis is histologisch vrij gelijkaardig aan spontane colitis bij IL-10 −/−-muizen en wordt gekenmerkt door duidelijke infiltratie van de dikke darm met CD4+ T-cellen en macrofagen [15].

Daarom was deze studie bedoeld om te bepalen of orale toediening van DHNA de ontsteking van het colonslijmvlies, met name de migratie van monocyten en de productie van cytokines, vermindert in IL-10 −/−-muizen die een dieet kregen dat 200 g · kg −1 piroxicam bevatte om een ​​muis-CD-model van colitis. Daarnaast werden een monocyt/macrofaagcellijn RAW264.7, IL-10 −/− muizen BMM's en een muizenhersenenendotheelcellijn bEnd.3 gestimuleerd met LPS om te bepalen of DHNA immuun- of endotheelcellen direct beïnvloedt.


Erkenning (creatieve kunsten en wetenschappen)

In de creatieve kunsten en de wetenschappelijke literatuur is een erkenning (ook wel gespeld erkenning in Amerikaans en Canadees Engels [1] ) is een uiting van dankbaarheid voor hulp bij het creëren van een origineel werk.

Het ontvangen van erkenning door middel van erkenning in plaats van auteurschap geeft aan dat de persoon of organisatie geen directe hand had bij het produceren van het betreffende werk, maar mogelijk heeft bijgedragen aan financiering, kritiek of aanmoediging van de auteur(s). Er bestaan ​​verschillende schema's voor het classificeren van dankbetuigingen Cronin et al. [2] geef de volgende zes categorieën:

Afgezien van citeren, wat meestal niet als een erkenning wordt beschouwd, wordt erkenning van conceptuele ondersteuning algemeen beschouwd als het belangrijkste voor het identificeren van intellectuele schuld. Sommige erkenningen van financiële steun kunnen daarentegen eenvoudigweg juridische formaliteiten zijn die door de subsidieverlenende instelling worden opgelegd. Af en toe zijn er ook stukjes wetenschappelijke humor te vinden in dankbetuigingen. [3]

Er zijn enkele pogingen gedaan om bibliometrische indices te extraheren uit de sectie met dankbetuigingen (ook wel "acknowledgements paratext" genoemd) [4] van onderzoekspapers om de impact van de erkende personen, sponsors en financieringsinstanties te evalueren. [5] [6]

De spelling erkenning wordt gebruikt in Brits Engels, Australisch Engels en andere Engelstalige gebieden buiten Noord-Amerika, terwijl de spelling erkenning (zonder de e na de G) wordt vaak gebruikt in Amerikaans Engels en Canadees Engels. [1]


Massaspectrometrie in de chemische biologie: evoluerende toepassingen Editors: Norberto Peporine Lopes, Ricardo Roberto da Silva

Massaspectrometrie is een van de meest wijdverbreide technologieën in de chemie en wordt met de opkomst van de omics-wetenschappen in toenemende mate gebruikt in de biologie. Dit boek vat enkele belangrijke methodologische benaderingen van massaspectrometrie en toepassingen op het gebied van chemische biologie samen.

De kernhoofdstukken bouwen voort op basisconcepten die in het eerste hoofdstuk zijn geïntroduceerd en verkennen gevestigde gebieden zoals screening met hoge doorvoer, proteomics en metabolomics. Opkomende toepassingen van massaspectrometrie bij het ophelderen van biosynthetische routes, enzymmechanismen en eiwit-eiwitinteracties worden vervolgens gepresenteerd. Verbindingen tussen deze verschillende onderzoeksgebieden worden overal benadrukt. Het boek wordt afgesloten met een bespreking van databases en toekomstperspectieven.

Dit boek zal een nuttig hulpmiddel zijn voor vroege onderzoekers van de chemische biologie die massaspectrometrie als hulpmiddel in hun onderzoek willen opnemen.


Het gen voor Tall Peas Codes voor een enzym dat nodig is om Gibberelline te maken

Hoge erwtenplanten, meer dan 6 voet lang (Le), zijn dominant voor korte planten, minder dan 1 voet lang (le). Het le-gen bevindt zich op chromosoom 4. Om dit te illustreren, laat ik mijn studenten een foto zien van vijf genetisch korte koolplanten. Gibberelline is toegevoegd aan de drie planten aan de rechterkant (Figuur 4). Studenten kunnen zien hoe deze planten, allemaal genetisch identiek, groter worden als gibberelline wordt toegevoegd. Gibberelline is een plantenhormoon dat de stengelverlenging bevordert. Gibberelline wordt geproduceerd in een reeks reacties, die elk een enzym vereisen waarvoor een gen codeert. Korte planten hebben een mutatie in het gen dat codeert voor GA 3-beta-hydroxylase, het enzym voor de laatste stap van de route (Figuur 5 Lester et al., 1997). Kort is recessief: heterozygote planten produceren, ondanks dat ze maar half zoveel van dit enzym maken, genoeg gibberelline dat ze meer dan 1,80 meter lang worden.

De vijf koolplanten op deze foto zijn genetisch identiek. Ze zijn dwerg, zoals Mendel's erwten, en kunnen geen actieve gibberelline produceren. Gibberelline is toegevoegd aan de drie planten aan de rechterkant, waardoor ze hoog zijn. De man op deze foto is Dr. Sylvan Wittwer. De foto is gemaakt in het begin van de jaren vijftig, toen hij hoogleraar tuinbouw was aan de Michigan State University en de eigenschappen van gibberellines als groeiactivatoren bestudeerde. Herdrukt met toestemming van Sylvan Wittwer/Visuals Unlimited, Hollis, NH 03049.

De vijf koolplanten op deze foto zijn genetisch identiek. Ze zijn dwerg, zoals Mendel's erwten, en kunnen geen actieve gibberelline produceren. Gibberelline is toegevoegd aan de drie planten aan de rechterkant, waardoor ze hoog zijn. De man op deze foto is Dr. Sylvan Wittwer. De foto is gemaakt in het begin van de jaren vijftig, toen hij hoogleraar tuinbouw was aan de Michigan State University en de eigenschappen van gibberellines als groeiactivatoren bestudeerde. Herdrukt met toestemming van Sylvan Wittwer/Visuals Unlimited, Hollis, NH 03049.

De laatste stap in de reactieroute voor de productie van gibberelline. GA1 is de actieve vorm van gibberelline. GA = gibberellinezuur. GA-structuren van Koning (1994).

De laatste stap in de reactieroute voor de productie van gibberelline. GA1 is de actieve vorm van gibberelline. GA = gibberellinezuur. GA-structuren van Koning (1994).

Op moleculair niveau is het verschil tussen Le (hoge plant) en le (korte plant) een enkele aminozuursubstitutie in het enzym GA 3-beta-hydroxylase, een eiwit dat 374 aminozuren lang is. In dit eiwit is het 229e aminozuur in het actieve eiwit (Le) alanine, in het inactieve eiwit (le) is het threonine. De volgorde van aminozuren in een eiwit bepaalt hoe het eiwit zal vouwen (zijn tertiaire structuur). Deze enkele aminozuursubstitutie veroorzaakt voldoende verandering in de tertiaire structuur van het enzym om het inactief te maken. Dit is een ander voorbeeld van hoe het veranderen van één aminozuur in een eiwit, vermoedelijk het resultaat van het veranderen van één basenpaar in het DNA dat codeert voor het eiwit, het eiwit kan inactiveren, wat een significante fenotypische verandering veroorzaakt. Bij mensen verandert een enkelvoudige basenpaarverandering in het bèta-hemoglobine-gen één aminozuur in het bèta-hemoglobine-eiwit, wat resulteert in sikkelcelanemie.


Dankbetuigingen

Röntgenfoto-elektronenspectra werden verkregen bij de National EPSRC XPS User's Service (NEXUS) aan de Newcastle University, een EPSRC Mid-Range Facility. We danken dr. Jose Portoles van NEXUS-faciliteit voor XPS-metingen en hulp. We zijn ook dr. Nigel Hodson van de AFM-faciliteit in het Stopford-gebouw in de Universiteit van Manchester dankbaar voor hulp en advies met de AFM-instrumentatie. De auteurs zijn dankbaar voor financiële steun van het EU FP7-ICT-2013-FET-F GRAPHENE vlaggenschipproject (nr. 604391).


RESULTATEN

Om het begrip van studenten van fylogenetische bomen te beoordelen, hebben we vier afzonderlijke analyses uitgevoerd. Verwijzend naar de analyses op basis van hun responsvariabele, zijn de analyses groepsredenering, individuele redenering, groepscorrectheid en individuele correctheid. "Groep" geeft aan dat de reacties gezamenlijk van een groep studenten zijn, terwijl "individueel" reacties van individuele studenten aangeeft. "Redenen" geeft aan dat het antwoord de ordinale, getrichotomiseerde redeneervariabele is: correct, gemengd en incorrect. "Correctheid" geeft aan dat het antwoord is of het binaire antwoord correct was of niet. De volgende secties rapporteren zowel samenvattende statistieken voor redenering (tabel 3) als correctheid (tabel 4) samen met modelgebaseerde analyses.

Tabel 3. Redenering gebruikt door studenten om taxa-gerelateerdheid van alle vier beoordelingen te bepalen

Waarden zijn het aantal reacties dat een bepaalde code heeft ontvangen, met het percentage reacties tussen haakjes. Let op: het totale aantal codes is groter dan het totale aantal reacties en de percentages zullen optellen tot meer dan 100% omdat reacties vaak in meerdere categorieën vielen. Cursief geven correcte vormen van redenering aan.

a Reacties zijn ingediend door vaste groepjes van drie of vier studenten.

b Ontkenningsredenering is niet juist of onjuist.

Tabel 4. Antwoorden en redenering gebruikt door studenten om de antwoorden van alle vier de beoordelingen te ondersteunen

Waarden zijn het aantal reacties dat een bepaalde code heeft ontvangen, met het percentage reacties tussen haakjes.

a Reacties zijn ingediend door vaste groepjes van drie of vier studenten.

Groepsredenering

Tabel 3 laat zien dat de groepsprestaties slecht waren bij het eerste huiswerk: slechts twee groepen gebruikten de juiste redenering, terwijl 12 groepen de onjuiste redenering gebruikten voor het tellen van synapomorfieën en zes de verkeerde redenering van het tellen van knooppunten. Bij de volgende opdracht gebruikten 17 groepen de meest recente gemeenschappelijke voorouders en zeven groepen gebruikten monofyletische groepering. Het tellen van synapomorfieën was nog steeds prominent met zes groepen. Twee groepen gebruikten telknooppunten.

Voor het testen van de statistische significantie van verbeterd redeneren van de initiële huiswerkbeoordeling tot de evaluatie van het evolutie-eenheidsexamen, werd een ordinaal logistisch-regressiemodel met gemengd effect gebruikt met de ordinale trichotomische redenering als de respons, de groep als een willekeurig effect en beoordeling als een vast effect (zie "Groepsredenering" in het aanvullende materiaal). Er werd een significante verbetering in redeneren waargenomen vanaf het eerste huiswerk tot het examen van de evolutie-eenheid (t(21) = 4.51, P = 0.0002).

Individuele redenering

Afgezien van een afname in monofyletische groepering, bleef individueel redeneren grotendeels bestaan ​​​​van het examen van de evolutie-eenheid tot het beoordelingshuiswerk 9 weken later (tabel 3). Individuen waren minder geneigd dan groepen om correct te redeneren op het evolutie-eenheidsexamen, en het tellen van knooppunten kwam vaker voor dan het tellen van synapomorfieën tussen individuen. De redenering varieerde enigszins tussen het huiswerk en het eindexamen. De meeste categorieën namen toe naarmate het tellen van synapomorfieën afnam tot slechts twee reacties op het eindexamen, waarin de fylogenetische boom geen synapomorfieën bevatte.

Een ordinaal logistisch-regressiemodel met gemengd effect werd gebruikt met de ordinale trichotomized redenering als de reactie van de student als een willekeurig effect en aanwezigheid, beoordeling, jaar op school en major als vaste effecten (zie "Individueel redeneren" in het aanvullende materiaal) . Redeneren was significant gerelateerd aan aanwezigheid (t(140) = 2.23, P = 0,03) maar niet significant gerelateerd aan beoordeling (F(2140) = 0.96, P = 0,38), jaar op school (F(3140) = 0.74, P = 0,53) en majeur (F(5140) = 0.77, P = 0.45).

Groepscorrectheid

Het interpreteren van taxa-gerelateerdheid op fylogenetische bomen vereist zowel kennis van correct redeneren, zoals aangegeven door redeneringsbeschrijvingen van studenten (tabel 3), en toepassing van correct redeneren, zoals aangegeven door het selecteren van juiste antwoorden voor taxa-gerelateerde vragen. Codering voor antwoord (goed of fout) en redenering gebruikt om het antwoord te ondersteunen (goed, fout of gemengd) onthulde zes verschillende combinaties van kennis en toepassing (tabel 4). Twee groepen selecteerden het juiste antwoord op het initiële huiswerk voor de fylogenetische boom, en twee andere groepen boden correcte of gemengde redeneringen aan, maar geen enkele groep gaf een correct antwoord in combinatie met een correcte redenering. De antwoorden van de groepscomponent van het evolutie-eenheidsexamen waren sterk verbeterd, hoewel slechts 57% correcte antwoorden in combinatie met correcte redenering gaf. In tegenstelling tot andere taxa-gerelateerde vragen, moesten groepen een fylogenetische boom bouwen op basis van gegevens voor de groepscomponent van het evolutie-eenheidsexamen (Figuur S2), en op één na construeerden alle groepen een fylogenetische boom die voldoende was om de vraag correct te beantwoorden (dwz , bevatte nauwkeurige evolutionaire relaties volgens de verstrekte gegevens).

Voor groepscorrectheid werd een logistisch-regressiemodel gebruikt met antwoordcorrectheid als antwoord, groepstoewijzing als een willekeurig effect en beoordeling en redenering (correct, incorrect of gemengd) als vaste effecten (zie "Groepscorrectheid" in het aanvullende materiaal ). We hebben de hypothese getest dat verbeterde redenering leidt tot verbeterde antwoordselectie, na controle voor beoordeling, en vonden marginale significantie (F(2,20) = 3.09, P = 0,07). Als we kijken naar specifieke verschillen binnen deze algemene hypothese, vonden we een significante verbetering in antwoordselectie tussen groepen die correct redeneerden versus groepen die fout redeneerden (t(20) = 2.28, P = 0,03), marginaal significante verbetering tussen correct versus gemengd redeneren (t(20) = 1.80, P = 0,09), en een onbeduidend verschil tussen gemengd versus onjuist redeneren (t(20) = 0.64, P = 0.53).

Individuele correctheid

Taxa-gerelateerde vragen die door individuen werden ingevuld, hadden een lager percentage juiste antwoorden in combinatie met correcte redenering in vergelijking met de eerdere groepscomponent van het evolutie-eenheidsexamen (tabel 4), met uitzondering van de individuele component van het evolutie-eenheidsexamen vanwege een slechte vraagstructuur (zie Discussie). Na het beantwoorden van soortgelijke taxa-gerelateerde vragen in de klas en bij beoordelingen (inclusief een beoordelingshuiswerk 2 weken eerder), gaf slechts 38% van de studenten zowel een correct antwoord als een correcte redenering voor de eindexamen taxa-gerelateerd vraag. Nog eens 31% van de studenten koos een fout antwoord ondanks het aanbieden van correcte of gemengde redeneringen.

Voor individuele correctheid werd een logistisch-regressiemodel gebruikt met antwoordcorrectheid als de responsstudent als een willekeurig effect en redenering, beoordeling, aanwezigheid in de klas, jaar op school en academische major als vaste effecten (zie "Individuele correctheid" in het aanvullende materiaal ). We hebben de hypothese getest dat verbeterde redenering leidt tot verbeterde antwoordselectie, na controle voor beoordeling, klas, hoofdvak en aanwezigheid, en vonden significante verschillen (F(2139) = 13.93, P < 0,0001). Kijkend naar specifieke vergelijkingen binnen deze algemene hypothese, vonden we een significante verbetering in antwoordselectie tussen individuen die correct redeneerden versus degenen die incorrect redeneerden (t(139) = 5.12, P < 0,0001), significante verbetering tussen correct versus gemengd redeneren (t(139) = 2.52, P = 0,01), maar een onbeduidend verschil tussen gemengd versus onjuist redeneren (t(139) = 1.29, P = 0,20). We vonden ook een marginaal significante verbetering voor degenen die de les bijwoonden (t(139) = 1.78, P = 0,08), maar geen significant effect van jaar op school (F(3139) = 0.60, P = 0,61) of majeur (F(5139) = 1.22, P = 0.30).


1.4: Dankbetuigingen - Biologie

Als onderdeel van de traditionele Chinese geneeskunde (TCM) is acupunctuur al meer dan 2500 jaar een energetische en levendige behandeling met een succesvolle toepassing [1, 2]. Acupunctuur is een oud aspect van TCM met aangetoonde therapeutische effecten [2]. Door in te werken (door naalden, laser, moxa, druk, enz.) op bepaalde delen van het huidoppervlak, kunnen functiestoornissen worden gecorrigeerd en kan pijn worden verminderd. Dergelijke gebieden worden gedefinieerd als acupunctuurpunten.

In TCM zijn meridianen draden die acupunctuurpunten met elkaar verbinden, die worden beschouwd als doorgangen waardoor energie door het lichaam stroomt [1, 2]. Het meridiaanstelsel bestaat uit 12 hoofdmeridianen, die elk verbonden zijn met een orgaansysteem en zich uitstrekken tot een extremiteit en acht collateralen [1 – 4 ]. Acupunctuurbehandelingen zouden de energiestroom door het meridiaannetwerk moeten verbeteren [5 – 10].

De morfologische basis voor het concept van meridianen in TCM is niet opgelost. Recente artikelen ondersteunen een relatie tussen acupunctuurpunten/meridianen en fascia [ 1 ]. Specifiek toonden anatomische observaties van bodyscan-gegevens aan dat het fascia-netwerk op opvallende manieren lijkt op het theoretische meridiaansysteem, en fysiologische, histologische en klinische observaties ondersteunen deze hypothese [11, 12].

Het doel van de huidige studie was om te verduidelijken of er een macro- en micro-anatomisch substraat van acupunctuurmeridianen was.

Vier exemplaren en bovendien twee onderbenen werden ontleed aan de Medische Universiteit van Wenen / Afdeling Anatomie en Celbiologie.

Ons doel was om vasculaire zenuwbundels van individuele acupunctuurpunten in de loop van de bijbehorende meridiaan weer te geven. Een vasculaire zenuwbundel (VNB) werd gedefinieerd als een combinatie van zenuwen, slagaders, aders en lymfevaten in het lichaam die samen reisden.

Na de eerste incisie werden de huid en subcutis verwijderd met behulp van een scalpel totdat de oppervlakkige fascia werd gevonden. Perforerende vasculaire zenuwbundels werden zorgvuldig gescheiden van het onderhuidse vetweefsel. De bursa, zoals Bursa patellaris en olecrani, werd uitgeroeid. Vanwege het ontbreken van een oppervlakkige fascia in het aangezichtsgebied, werden de parotisfascia en de gezichtsspieren gedefinieerd als de oppervlakkige laag.

Aangezien er in de meeste gevallen geen bundels vasculaire zenuwbundels werden gevonden op de veronderstelde acupunctuurpunten, bepaalden we het acupunctuurpunt lege artis op de sectievoorbereiding en ontleedden we tot de panniculus fascia (fascia superficialis corporis). De locaties werden fotografisch gedocumenteerd.

De verzamelde weefselmonsters werden gefixeerd in formaline en ingebed in paraffine voor de productie van histologische secties. Secties werden gekleurd met hematoxyline-eosine (HE) en gekleurd op neuronale expressie door immunohistochemische detectie van S-100 (DAKO, Glostrup, DK, verdunning 1:1200, detectiesubstraat DAB).

De belangrijkste resultaten van ons anatomisch en morfologisch onderzoek zijn te vinden in de foto's uit Figuren 1 – 13 . In figuur 1 zijn diverse vasculaire zenuwbundels (VNB's) distaal van de mediale zijde van het linker onderbeen afgebeeld. In figuur 2 kunnen we een VNB herkennen op het acupunctuurpunt en proximaal daarvan zien we een andere VNB op het linker dorsum, maar zonder een acupunctuurpunt in de buurt. In figuur 3 zien we een VNB zonder verwijzing naar een bekend acupunctuurpunt, het volgende bekende acupunctuurpunt ligt distaal van de VNB en dorsaal van de laterale malleolus sinistra.

VNB distaal van de mediale zijde van het linker onderbeen.

VNB op het acupunctuurpunt en proximaal daarvan zonder acupunctuurpunt op het linker dorsum.

VNB zonder acupunctuurpunt, acupunctuurpunt distaal van de VNB en dorsaal van de laterale malleolus sinistra.

Fascia verloop van de maagmeridiaan.

Typisch verloop van de maagmeridiaan in “Z-vorm” ST 36-ST 40 op het linker onderbeen

Typisch verloop van de maagmeridiaan in “Z-vorm” ST 36-ST 40 op het rechter onderbeen

Voorbereidende presentatie van de fascia van de maagmeridiaan (oppervlakkige fascia cristis sinistra).

Fascia-verloop van de galblaasmeridiaan tussen GB 35 en GB 36.

Fascia-verloop van de meridiaan van de dunne darm in het gebied van SI 10 tot SI 11 bij de fascia boven de rechter scapula.

Fascia verloop van de dikke darm meridiaan LI 10 tot LI 11 op de rechterarm lateraal.

Vezelverloop van de fascia corporis externa op de rechterdij. De vezels lopen haaks op het verloop van de maagmeridiaan. De fascia lata komt overeen met het verloop van de galblaasmeridiaan.

In het voorvoetgebied zijn er geen structuren van de fascia corporis externa die overeenkomen met een meridiaanloop. Opvallend zijn de pezen van de aponeuroses tendinum extensorum digitorum pedis, die voor een deel de maagmeridiaan volgen.

Representatieve microfoto's van fascia op de meridiaan van de maag en de dunne darm. In het verum (linkerkolom) is de richtingsverandering van de collageenvezels duidelijk zichtbaar (pijl) deze is bij de bereiding van placebo niet aanwezig (rechterkolom).

Representatieve microfoto van fascia op de meridiaan van de maag en de dunne darm. In alle preparaten werden zenuwvezelbundels van ongeveer hetzelfde kaliber of vaatzenuw gevonden. Immunohistochemische kleuring met een antilichaam tegen S-100.

Verwijzingen van de gedetecteerde VNB's naar de anatomie van de acupunctuurmeridiaan kunnen worden vastgesteld met behulp van de onderzoeken van Dr. Heine [13, 14]. Vasculaire zenuwbundels worden volgens Heine gedefinieerd als een structureel principe van het acupunctuurpunt. Het is een perforerende structuur bestaande uit een vegetatieve zenuw, slagader en ader, omgeven door los bindweefsel.

In figuur 4 is het fascia-verloop van de maagmeridiaan te zien. In de figuren 5(a) en 5(b) zien we het typische verloop van de maagmeridiaan in “Z-vorm” ST 36-ST 40 op het linker (a) en rechter (b) onderbeen. Figuur 6 geeft een voorbereidende presentatie weer van de fascia van de maagmeridiaan (oppervlakkige fascia cristis sinistra).

In figuur 7 kunnen we het fascia-verloop van de galblaasmeridiaan onderscheiden tussen GB 35 en GB 36

In figuur 8 zien we het fascia verloop van de dunne darm meridiaan SI 10 tot SI 11 bij de fascia boven de rechter scapula. In figuur 9 kunnen we lateraal het fascia-verloop van de dikke darmmeridiaan LI 10 tot LI 11 op de rechterarm onderscheiden.

Figuur 10 laat zien dat de structuren van de externe fascia corporis de loop van de maagmeridiaan loodrecht op de dij kruisen. De fascia lata zou overeenkomen met het verloop van de galblaasmeridiaan.

Figuur 11 laat zien dat bij de voorvoet geen banen van de fascia corporis externa te vinden zijn die overeenkomen met de maagmeridiaan. De aponeuroses tendinum extensorum digitorum pedis volgt in een van zijn delen het verloop van de maagmeridiaan.

In figuur 12 zijn representatieve microfoto's van fascia op de maag- en dunne darmmeridiaan samengevat. In het verum is de richtingsverandering van de collageenvezels duidelijk zichtbaar (pijl), die bij de bereiding van placebo niet aanwezig is. In Figuur 13 zijn representatieve microfoto's van fascia op de maag- en dunne darmmeridiaan aangegeven. In alle preparaten werden zenuwvezelbundels van ongeveer hetzelfde kaliber of vaatzenuw gevonden.

Telkens werden twee secties van hetzelfde stuk fascia gefotografeerd, om duidelijk te maken dat de fascia superficialis niet overal dezelfde grootte of structuur heeft. Op het acupunctuurpunt SI 11 was de verandering in de vezelrichting bijzonder goed vertegenwoordigd. Er was geen histologisch verschil tussen verum (acupunctuurmeridiaan) en placebo. Collageen 1 werd gevonden als een morfologisch substraat voor de fascia van de getoonde meridianen.

De fascia op de onderzochte lokalisaties varieerde in dikte en bestond uit twee tot drie lagen collageenvezels. Op de monsters van zowel de maagmeridiaan als de dunnedarmmeridiaan kon histologisch de verandering van het vezelverloop in een bindweefsellaag worden aangetoond. Bij het placebopreparaat was dit niet het geval. Bovendien was er geen histologisch verschil tussen verum (acupunctuurmeridiaan) en placebo. In alle preparaten konden kleinere zenuwvezelbundels of de perivasculaire plexus worden gedetecteerd door te kleuren met S-100. Er waren geen merkbare verschillen in de dichtheid of locatie van zenuwvezels tussen het verum en de placebo.

We hebben vier exemplaren ontleed en daarnaast twee onderbenen, in totaal 10 onderbenen. Op elke schacht werden tien acupunctuurpunten (5 van de maag en 5 van de galblaasmeridiaan) geëvalueerd. Slechts in twee van de 100 geëvalueerde acupunctuurpunten vonden we VNB's, overeenkomend met 2 van de gevallen.

Daarbij hebben we een nauwe verbinding van acupunctuurpunten met structuren van bindweefsel tot stand gebracht. Heine heeft ontdekt dat op 80 acupunctuurpunten een bundel vasculaire zenuwen van zacht bindweefsel door fascia-gaten naar de huid gaat. Dezelfde anatomische structuren werden door Egerbacher ook gevonden bij runderen en honden, zonder een percentage van de gevonden VNB's per ontlede acupunctuurpunten te specificeren [15].

Door fascia-fracties van de menselijke extracellulaire matrix te vinden met een vezel die loopt als de loop van de acupunctuurmeridiaan, suggereren we dat het anatomische substraat van de acupunctuurmeridiaan de fascia superficialis corporis van de menselijke extracellulaire matrix is, zoals werd gesuggereerd in wetenschappelijke werken [16] – 18 ]. Tegelijkertijd ontdekten we dat delen van spieren, pezen en ligamenten het meridiaantraject volgen (blaasmeridiaan dikke darm meridiaan).

Uit de histologie bleek dat er tussen verum (acupunctuurmeridiaan) en placebo geen aantoonbaar verschil is. De vezelvouwing in de meridiaanprogressie kon macroscopisch en microscopisch worden gedetecteerd. Na fixatie met formaldehyde 80'x25 waren de eiwitten van het weefsel echter gedenatureerd. Daarom zullen in toekomstige projecten verder onderzoek naar niet-gefixeerde weefselmonsters worden uitgevoerd.

Bovendien konden we de fascia van een hele acupunctuurmeridiaan niet weergeven. Een van de redenen hiervoor zou kunnen zijn dat in onze preparaten de dissectie van weefseladhesie niet eenvoudig uit te voeren was. Tegelijkertijd vonden we geen overeenkomstige vezelverlopen van de fascia superficialis corporis op de dij en de voorvoet, wat zou overeenkomen met een meridiaanverloop. We veronderstellen daarom dat andere delen van de fascia, maar ook peesbanen, de meridiaanbaan anatomisch weergeven.

Our study clearly supports the view that the human body’s fascia network may be the physical substrate represented by the meridians of TCM [ 1 ]. Specifically, this hypothesis is supported by our anatomical, morphological, and histological observations made in human corpses.

We suggest that not only fascia, especially the fascia corporis externa, but also deeper parts form the anatomical substrate of acupuncture meridians. In addition, parts of muscles, tendons, and ligaments follow the meridian course. Our observations build an anatomical basis for examining TCM principles and therapies, and it supports a holistic approach to diagnosis and treatment of diverse diseases.

Since we found VNBs in just a few of the acupuncture points and as we found VNBs even without an acupuncture point, we are no longer convinced that the sole concept of the function of the acupuncture system over neural reflexes is valid.


Referenties

Mardis, E.R. ChIP-seq: welcome to the new frontier. nat. Methoden: 4, 613–614 (2007).

Park, P.J. ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology. nat. Rev. Genet. 10, 669–680 (2009).

Barski, A. et al. High-resolution profiling of histone methylations in the human genome. Cel 129, 823–837 (2007).

Johnson, D.S., Mortazavi, A., Myers, R.M. & Wold, B. Genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions. Wetenschap 316, 1497–1502 (2007).

Mikkelsen, T.S. et al. Genome-wide maps of chromatin state in pluripotent and lineage-committed cells. Natuur 448, 553–560 (2007).

Robertson, G. et al. Genome-wide profiles of STAT1 DNA association using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing. nat. Methoden: 4, 651–657 (2007).

Dohm, J.C., Lottaz, C., Borodina, T. & Himmelbauer, H. Substantial biases in ultra-short read data sets from high-throughput DNA sequencing. Nucleïnezuren Res. 36, e105 (2008).

Rozowsky, J. et al. PeakSeq enables systematic scoring of ChIP-seq experiments relative to controls. nat. Biotech. 27, 66–75 (2009).

Vega, V.B., Cheung, E., Palanisamy, N. & Sung, W.-K. Inherent signals in sequencing-based chromatin-immunoprecipitation control libraries. PLoS ONE 4, e5241 (2009).

Liu, E.T., Pott, S. & Huss, M. Q&A: ChIP-seq technologies and the study of gene regulation. BMC Biol. 8, 56 (2010).

Teytelman, L. et al. Impact of chromatin structures on DNA processing for genomic analyses. PLoS ONE 4, e6700 (2009).

Nix, D.A., Courdy, S.J. & Boucher, K.M. Empirical methods for controlling false positives and estimating confidence in ChIP-seq peaks. BMC Bio-informatica 9, 523 (2008).

Zhang, Y. et al. Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genoom Biol. 9, R137–R137 (2008).

Tavares, L. et al. RYBP-PRC1 complexes mediate H2A ubiquitylation at polycomb target sites independently of PRC2 and H3K27me3. Cel 148, 664–678 (2012).

Ulitsky, I., Shkumatava, A., Jan, C.H., Sive, H. & Bartel, D.P. Conserved function of lincRNAs in vertebrate embryonic development despite rapid sequence evolution. Cel 147, 1537–1550 (2011).

He, H.H. et al. Nucleosome dynamics define transcriptional enhancers. nat. Genet. 42, 343–347 (2010).

Zheng, W., Zhao, H., Mancera, E., Steinmetz, L.M. & Snyder, M. Genetic analysis of variation in transcription factor binding in yeast. Natuur 464, 1187–1191 (2010).

Noordermeer, D. et al. The dynamic architecture of Hox gene clusters. Wetenschap 334, 222–225 (2011).

Welboren, W.-J. et al. ChIP-seq of ERα and RNA polymerase II defines genes differentially responding to ligands. EMBO J. 28, 1418–1428 (2009).

Birney, E. et al. Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project. Natuur 447, 799–816 (2007).

Liu, T. et al. Cistrome: an integrative platform for transcriptional regulation studies. Genoom Biol. 12, R83 (2011).

Jothi, R., Cuddapah, S., Barski, A., Cui, K. & Zhao, K. Genome-wide identification of in vivo protein–DNA binding sites from ChIP-seq data. Nucleïnezuren Res. 36, 5221–5231 (2008).

Ji, H. et al. An integrated software system for analyzing ChIP-chip and ChIP-seq data. nat. Biotech. 26, 1293–1300 (2008).

Zang, C. et al. A clustering approach for identification of enriched domains from histone modification ChIP-seq data. Bio-informatica 25, 1952–1958 (2009).

Fejes, A.P. et al. FindPeaks 3.1: a tool for identifying areas of enrichment from massively parallel short-read sequencing technology. Bio-informatica 24, 1729–1730 (2008).

Valouev, A. et al. Genome-wide analysis of transcription factor binding sites based on ChIP-seq data. nat. Methoden: 5, 829–834 (2008).

Laajala, T.D. et al. A practical comparison of methods for detecting transcription factor binding sites in ChIP-seq experiments. BMC Genomics 10, 618 (2009).

Wilbanks, E.G. & Facciotti, M.T. Evaluation of algorithm performance in ChIP-seq peak detection. PLoS ONE 5, e11471 (2010).

Pepke, S., Wold, B. & Mortazavi, A. Computation for ChIP-seq and RNA-seq studies. nat. Methoden: 6, S22–S32 (2009).

Barski, A. & Zhao, K. Genomic location analysis by ChIP-seq. J. Cell Biochem. 107, 11–18 (2009).

Malone, B.M., Tan, F., Bridges, S.M. & Peng, Z. Comparison of four ChIP-seq analytical algorithms using rice endosperm H3K27 trimethylation profiling data. PLoS ONE 6, e25260 (2011).

Chen, Y. et al. Systematic evaluation of factors influencing ChIP-seq fidelity. nat. Methoden: 9, 609–614 (2012).

Stitzel, M.L. et al. Global epigenomic analysis of primary human pancreatic islets provides insights into type 2 diabetes susceptibility loci. Cel Metab. 12, 443–455 (2010).

Sati, S. et al. High resolution methylome map of rat indicates role of intragenic DNA methylation in identification of coding region. PLoS ONE 7, e31621 (2012).

Li, N. et al. Whole genome DNA methylation analysis based on high throughput sequencing technology. Methoden: 52, 203–212 (2010).

Langmead, B., Trapnell, C., Pop, M. & Salzberg, S.L. Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome. Genoom Biol. 10, R25 (2009).

Li, H. & Durbin, R. Snelle en nauwkeurige korte uitlijning met Burrows-Wheeler-transformatie. Bio-informatica 25, 1754–1760 (2009).

Li, H. et al. The sequence alignment/map format and SAMtools. Bio-informatica 25, 2078–2079 (2009).

Salmon-Divon, M., Dvinge, H., Tammoja, K. & Bertone, P. PeakAnalyzer: genome-wide annotation of chromatin binding and modification loci. BMC Bio-informatica 11, 415 (2010).

Robinson, J.T. et al. Integrative genomics viewer. nat. Biotech. 29, 24–26 (2011).

Kent, W.J. et al. The human genome browser at UCSC. Genoom onderzoek. 12, 996–1006 (2002).

Nicol, J.W., Helt, G.A., Blanchard, S.G. Jr ., Raja, A. & Loraine, A.E. The integrated genome browser: free software for distribution and exploration of genome-scale datasets. Bio-informatica 25, 2730–2731 (2009).


Bekijk de video: BIRU MALAM. CHUBB-E X AMIR MASDI. OFFICIAL LYRICS VIDEO (December 2021).