Informatie

NAG, FUC-moleculen in PDB-bestanden


In sommige eiwitten (zoals 4ZXB, 6CE9 die respectievelijk apo- en halo-vormen van insulinereceptoren zijn), zie ik liganden zoals FUC (ALPHA-L-FUCOSE) en NAG(N-Acetylglucosamine). Welk papier ik ook heb gecontroleerd, ik zie geen verklaring voor deze liganden en daarom neem ik aan dat ze te maken hebben met de experimentele procedure, maar ik begrijp niet helemaal wat hun rol is. Stabiliseren ze een bepaalde toestand van het eiwit? Merk op dat de bovenstaande eiwitten worden bepaald door verschillende methoden, de eerste röntgenkristallografie en de tweede door elektronenmicroscopie. Ik heb geen technische kennis over beide methoden, dus elke input of link naar een paper waarin ze worden uitgelegd, zou op prijs worden gesteld.

Bedankt


De insulinereceptor is een glycoproteïne. Dit wordt besproken, zij het kort, in beide artikelen voor de structuren die u noemde en de glycosylering is zichtbaar in de structuren zelf. U kunt meer informatie vinden in onder andere de volgende krant:

Sparrow LG, Lawrence MC, Gorman JJ, Strike PM, Robinson CP, McKern NM, Ward CW. 2008. N-gebonden glycanen van de humane insulinereceptor en hun verdeling over de kristalstructuur. Eiwitten 71(1):426-439.


Apologie

Dit behandelt het algemene geval, in plaats van het specifieke geval van de insulinereceptor, dat wordt beantwoord door @canadiner.

Het algemene probleem van onverwachte liganden in PDB-structuren

Bij het voorbereiden van een relatiedatabase van ongeveer 400 eiwitstructuren stuitte ik op het probleem van het onderscheiden van liganden die substraten of cofactoren van het enzym waren van die welke dat niet waren. En geloof me, de laatste waren wijdverbreid (en een echte pijn). In sommige gevallen was het duidelijk dat de 'ligand' de buffer was (vaak MES) waarin het eiwit was opgelost of ionen zoals sulfaat. In het geval van suikers nam ik aan dat deze aanwezig waren om de kristallisatie te bevorderen. Die opvatting lijkt - althans in sommige gevallen - te worden ondersteund door een recensie van McPherson en Gavira. In een lijst van acht categorieën additieven die worden gebruikt bij eiwitkristallisatie, omvatten ze:

(v) Osmolyten, co-oplosmiddelen en cosmotropen zijn verbindingen die hun effecten uitoefenen bij relatief hoge concentraties, 1 M of meer, en omvatten een breed scala aan moleculen zoals sucrose, trehalose en andere suikers, proline, TMAO, glycine, betaïne, taurine, sarcosine en tal van andere. Het effect van hun opname in de moederloog is het stabiliseren (of destabiliseren) van de natieve conformatie van het eiwit door de interactie van het oppervlak van het eiwit met water te veranderen, of door de hydratatielaag en mogelijk de gestructureerde wateren te veranderen.

Voorbeeld

Als voorbeeld noem ik de zeven moleculen van glycerol in 1B6G (hieronder weergegeven), een haloalkaandehalogenase van de bacterie, Xanthobacter autotrophicus. Hoewel bepaalde, meestal pathogene, bacteriën wel glycosyleringsroutes hebben, is er geen suggestie dat dit hier het geval is, zoals blijkt uit de aard van de triose en het feit dat de kristallisatie werd uitgevoerd in een glyceroloplossing:

Vervolgens werd het kristal 0,5 uur geëquilibreerd in een oplossing die 70% ammoniumsulfaat en 100 mM MES-buffer pH 5,0 bevatte en werd vervolgens 3 uur bij kamertemperatuur geweekt in 10 mM 1-chloorpentaan, 70% ammoniumsulfaat en 100 mM citraatbuffer pH 5,0. Een oplossing van 30% (m/v) PEG 6000, 20% (v/v) glycerol en 100 mM citraat pH 5,0 werd toegepast als cryoprotectant tijdens het verzamelen van gegevens.

Haloalkaandehalogenase, 1B6G. De glycerolmoleculen (grijs en rood) worden ruimtevullend weergegeven. (Het gele en rode molecuul is sulfaat, het groene een chloride-ion.)


Heterogen Sectie (bijgewerkt)

De heterogene sectie van een PDB-geformatteerd bestand bevat de volledige beschrijving van niet-standaard residuen in het item. Gedetailleerde chemische definities van niet-polymeer chemische componenten worden beschreven in de Chemical Component Dictionary (https://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers)

HET-records worden gebruikt om niet-standaard residuen te beschrijven, zoals prosthetische groepen, remmers, oplosmiddelmoleculen en ionen waarvoor coördinaten worden geleverd. Groepen worden als HET beschouwd als ze geen deel uitmaken van een biologisch polymeer dat wordt beschreven in SEQRES en worden beschouwd als een molecuul dat aan het polymeer is gebonden, of als ze een chemische soort zijn die deel uitmaakt van een biologisch polymeer en niet een van de volgende is:

  • standaard aminozuren, of
  • standaard nucleïnezuren (C, G, A, U, I, DC, DG, DA, DU, DT en DI), of
  • onbekend aminozuur (UNK) of nucleïnezuur (N) waarbij UNK en N worden gebruikt om de onbekende residunaam aan te geven.

HET-records beschrijven ook chemische componenten waarvan de chemische identiteit onbekend is, in welk geval de groep de hetID UNL (Unknown Ligand) krijgt toegewezen.

De heterogene sectie van een PDB-geformatteerd bestand bevat de volledige beschrijving van niet-standaard residuen in het item.

Opnameformaat

  • Elke HET-groep krijgt een hetID van niet meer dan drie (3) alfanumerieke tekens toegewezen. Het volgnummer, de kettingidentificatiecode, de invoegcode en het aantal coördinaatrecords worden gegeven voor elk voorkomen van de HET-groep in de invoer. De chemische naam van de HET-groep wordt gegeven in het HETNAM-record en synoniemen voor de chemische naam worden gegeven in de HETSYN-records, zie https://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers .
  • Er is een apart HET-record voor elk voorkomen van de HET-groep in een item.
  • Een bepaalde HET-groep is in het PDB-archief vertegenwoordigd met een unieke hetID.
  • VOB-items hebben geen HET-records voor watermoleculen, gedeutereerd water of methanol (indien gebruikt als oplosmiddel).
  • Onbekende atomen of ionen worden weergegeven als UNX met de chemische formule X1. Onbekende liganden zijn UNL onbekende aminozuren zijn UNK.

Verificatie/Validatie/Waarde Autoriteit Controle

Voor elke het-groep die in de invoer voorkomt, controleert de wwPDB of de bijbehorende HET, HETNAM, HETSYN, FORMUL, HETATM en CONECT-records verschijnen, indien van toepassing. Het HET-record wordt automatisch gegenereerd met behulp van de Chemical Component Dictionary en informatie uit de HETATM-records.

Elke unieke hetID vertegenwoordigt een uniek molecuul.

Relaties met andere recordtypen

Voor elke het-groep die in de invoer voorkomt, moeten er overeenkomstige HET-, HETNAM-, HETSYN-, FORMUL-, HETATM- en CONECT-records zijn. Er kunnen ook LINK-records worden gemaakt.


NAG, FUC-moleculen in PDB-bestanden - Biologie

Momentopname van experimentele gegevens

  • Methode: RÖNTGENDIFFRACTIE
  • Resolutie: 2.26
  • R-waarde vrij: 0.237 
  • R-waarde werk: 0.192 
  • R-waarde waargenomen: 0.194 

wwPDB-validatie   3D-rapport Volledig rapport

Antilichaamfucosylering verlaagt de Fc-gamma RIIIa/CD16a-affiniteit door de conformaties die door de N162-Glycan worden bemonsterd te beperken.

(2018) ACS Chem Biol 13: 2179-2189

  • PubMed: 30016589  Zoeken op PubMedSearch op PubMed Central
  • DOI: 10.1021/acschembio.8b00342
  • Primaire bronvermelding van gerelateerde structuren:  
    5VU0
  • PubMed Samenvatting: 

Therapeutische monoklonale antilichamen (mAbs) zijn grotendeels gebaseerd op de immunoglobuline G1 (IgG1)-scaffold, en veel wekken een cytotoxische celgemedieerde respons op door binding van Fcγ-receptoren. Kernfucosylering, een veel voorkomende modificatie van het asparagine (N)-gekoppelde koolhydraat op het IgG1-kristalliseerbare fragment (Fc), verlaagt de bindingsaffiniteit van Fc -receptor IIIa (CD16a) en de werkzaamheid van mAb .

Therapeutische monoklonale antilichamen (mAbs) zijn grotendeels gebaseerd op de immunoglobuline G1 (IgG1)-scaffold, en veel wekken een cytotoxische celgemedieerde respons op door binding van Fcγ-receptoren. Kernfucosylering, een veel voorkomende modificatie van het asparagine (N)-gekoppelde koolhydraat op het IgG1-kristalliseerbare fragment (Fc), verlaagt de bindingsaffiniteit van Fc -receptor IIIa (CD16a) en de werkzaamheid van mAb. We hebben vastgesteld dat IgG1 Fc-fucosylering de CD16a-affiniteit verminderde met 1,7 ± 0,1 kcal/mol in vergelijking met die van geafucosyleerde IgG1 Fc, maar CD16a N-glycaan-afknotting verminderde deze straf met 1,2 ± 0,1 kcal/mol of 70%. Fc-fucosylering beperkte het veelvoud van bemonsterde conformaties door het CD16a Asn162-glycaan te verdringen dat de koppeling tussen de -mannose (1-6) β-mannose-residuen beïnvloedt en contacten met het IgG Tyr296-residu bevorderde. Fucosylering had ook invloed op de IgG1 Fc-structuur, zoals blijkt uit veranderingen in resonantiefrequenties en kernspinrelaxatie waargenomen door kernmagnetische resonantiespectroscopie in oplossing. De effecten van fucosylering op IgG1 Fc kunnen verantwoordelijk zijn voor de resterende 0,5 ± 0,1 kcal/mol boete van gefucosyleerde IgG1 Fc-binding CD16a in vergelijking met die van geafucosyleerde IgG1 Fc. Onze resultaten gaven aan dat CD16a Asn162-glycaan de antilichaamaffiniteit indirect moduleert door het bemonsterde volume te verminderen, in tegenstelling tot een direct mechanisme met intermoleculaire glycan-glycaancontacten die eerder werden voorgesteld om dit systeem te stabiliseren. Dus antilichaam-engineering om intermoleculaire glycan-glycan-contacten te verbeteren, zal waarschijnlijk een beperkte verbetering opleveren, en toekomstige ontwerpen zouden de affiniteit moeten maximaliseren door de conformationele heterogeniteit van CD16a Asn162-glycan te behouden.

Organisatorische affiliatie

Roy J. Carver Afdeling Biochemie, Biofysica en Moleculaire Biologie, Iowa State University, 2437 Pammel Drive, Molecular Biology Building, Room 4210, Ames, Iowa 50011, Verenigde Staten.


NAG, FUC-moleculen in PDB-bestanden - Biologie

De PDB geeft geen richtlijnen voor het gebruik van keten-ID's, behalve dat wordt aangemoedigd om bepaalde tekens te gebruiken:

In de loop der jaren zijn er echter enkele vuistregels ontstaan:

  1. Als het één keten in de biologie is, zou het één keten-ID in het PDB-bestand moeten hebben
  2. Keten-id's worden bij voorkeur gegeven als logische afkortingen (E en I voor enzym en remmer of L en H voor lichte en zware keten), of in oplopende alfabetische volgorde (A, B, C, D, enz.).
  3. Als het gebruik van chain identifiers niet nodig is, was het in het verleden de gewoonte om er geen te gebruiken. De laatste tijd wordt voor dergelijke gevallen de chain-id A gebruikt.

Voor dat laatste is het jammer dat abc. xyz komen voor ABC. XYZ in de hierboven vermelde ASCII-code. Omdat we normaal gesproken beginnen met de hoofdletters en alleen numerieke tekens en kleine letters "in geval van nood" gebruiken, wat voor de kleine letters vuistregel nummer 2 overtreedt.

EU-naam: 1K7C

In het bestand 1k7c.pdb heeft het eiwit ook chain-id A een van de suikers. De meeste andere suikers hebben keten-id B, maar de sulfaten en de wateren hebben helemaal geen keten-id.

Daarnaast is het enigszins grappig om te zien dat de suikers volledig gebonden zijn door symmetrie gerelateerde moleculen. Normaal gesproken bemoeilijkt de aanwezigheid van suikers kristallisatie, maar in dit geval lijkt het erop dat de suikers belangrijk waren voor de vorming van de kristallen.

De structuur van 1k7c. De zeer dunne lijnen vertegenwoordigen een laag van 10 Ångström van residu's (etcetera) in symmetrie verwante moleculen. De wateren werden niet getoond voor de duidelijkheid.

Dezelfde situatie, maar nu roterend om dingen beter te zien.

Weer de structuur. De rode NAG heeft keten-id A, net als het eiwit waaraan het is gebonden. De gele NAG, ook gebonden aan het eiwit, heeft keten-id B.

1E4M 1MYP

In 1e4m alles (aminozuren, PO 4 , Zn, heeft keten-id M, maar de wateren hebben keten-id X. In 1MYP hebben de suikers een ander keten-id dan de resten waaraan ze covalent zijn gebonden.

EU-naam: 1HTR

Dit bestand bevat een zeer intrigerend water.

In 1htr heeft geen van de watermoleculen een ketting-id, behalve één die ketting-id B heeft. Aangegeven als een rood gestippelde gele bol.

En hier draait de structuur rond. Hoe ik het ook bekijk het water met chain-id B blijft een intrigerend mysterie.


NAG, FUC-moleculen in PDB-bestanden - Biologie

Momentopname van experimentele gegevens

  • Methode: RÖNTGENDIFFRACTIE
  • Resolutie: 2.60
  • R-waarde vrij: 0.252 
  • R-waarde werk: 0.181 
  • R-waarde waargenomen: 0.184 

wwPDB-validatie   3D-rapport Volledig rapport

Structurele basis van reeds bestaande immuniteit tegen het 2009 H1N1-pandemische influenzavirus.

(2010) Wetenschap & nbsp328: 357-360

  • PubMed: 20339031  Zoeken op PubMedSearch op PubMed Central
  • DOI: 10.1126/wetenschap.1186430
  • Primaire bronvermelding van gerelateerde structuren:  
    3LZF, 3LZG
  • PubMed Samenvatting: 

De H1N1-varkensgriep van 2009 is de eerste grieppandemie in decennia. De kristalstructuur van het hemagglutinine van het A/California/04/2009 H1N1-virus laat zien dat de antigene structuur, met name binnen de Sa-antigeenplaats, extreem lijkt op die van menselijke H1N1-virussen die aan het begin van de 20e eeuw circuleren.

De H1N1-varkensgriep van 2009 is de eerste grieppandemie in decennia. De kristalstructuur van het hemagglutinine van het A/California/04/2009 H1N1-virus laat zien dat de antigene structuur, met name binnen de Sa-antigeensite, extreem lijkt op die van menselijke H1N1-virussen die aan het begin van de 20e eeuw circuleren. De cokristalstructuur van het hemagglutinine uit 1918 met 2D1, een antilichaam van een overlevende van de Spaanse griep van 1918 die zowel de H1N1-virussen van 1918 als 2009 neutraliseert, onthult een epitoop dat in beide pandemische virussen is geconserveerd. De antigene gelijkenis tussen de 2009 en 1918-achtige virussen geeft dus een verklaring voor de leeftijdsgebonden immuniteit tegen de huidige grieppandemie.

Organisatorische affiliatie

Afdeling Moleculaire Biologie, Scripps Research Institute, 10550 North Torrey Pines Road, La Jolla, CA 92037, VS.


NAG, FUC-moleculen in PDB-bestanden - Biologie

Momentopname van experimentele gegevens

  • Methode: RÖNTGENDIFFRACTIE
  • Resolutie: 2.70
  • R-waarde vrij: 0.283 
  • R-waarde werk: 0.217 
  • R-waarde waargenomen: 0.220 

wwPDB-validatie   3D-rapport Volledig rapport

Intestinale gelvormende mucinen polymeriseren door disulfide-gemedieerde dimerisatie van D3-domeinen.

(2019) J Mol Biol431: 3740-3752

  • PubMed: 31310764  Zoeken op PubMedSearch op PubMed Central
  • DOI: 10.1016/j.jmb.2019.07.018
  • Primaire bronvermelding van gerelateerde structuren:  
    6RBF
  • PubMed Samenvatting: 

Het mucine 2-glycoproteïne assembleert tot een complexe hydrogel die het darmepitheel beschermt en het darmmicrobioom herbergt. Een belangrijke stap in de assemblage van mucine 2 is verdere multimerisatie van voorgevormde mucinedimeren, waarvan wordt aangenomen dat ze een honingraatachtige opstelling produceren bij hydrogelexpansie.

Het mucine 2-glycoproteïne assembleert tot een complexe hydrogel die het darmepitheel beschermt en het darmmicrobioom herbergt. Een belangrijke stap in de assemblage van mucine 2 is verdere multimerisatie van voorgevormde mucinedimeren, waarvan wordt aangenomen dat ze een honingraatachtige opstelling produceren bij hydrogelexpansie. Belangrijke open vragen zijn hoe meerdere mucine 2-dimeren covalent aan elkaar worden gekoppeld en hoe mucine 2-multimerisatie zich verhoudt tot analoge processen in verwante polymeren zoals mucinen van de luchtwegen en het hemostase-eiwit von Willebrand-factor. Hier rapporteren we de röntgenkristalstructuur van de mucine 2-multimerisatiemodule, waarvan is vastgesteld dat deze een dimeer vormt, verbonden door twee intersubeenheid-disulfidebindingen. De dimeerstructuur stelt het huidige model voor intestinale mucine-assemblage in twijfel, dat door disulfide gemedieerde trimerisatie van dezelfde module voorstelt. Sleutelresiduen die interacties maken over de dimeerinterface zijn sterk geconserveerd in intestinale mucine-orthologen, wat de fysiologische relevantie van de waargenomen quaternaire structuur ondersteunt. Met kennis van de interfaceresiduen kan worden aangetoond dat veel van deze aminozuren ook aanwezig zijn in andere mucinen en in de von Willebrand-factor, wat verder aangeeft dat de hierin gerapporteerde stabiele dimeerrangschikking waarschijnlijk wordt gedeeld door deze functioneel brede eiwitfamilie. De mucine 2-modulestructuur onthult dus de manier waarop zowel mucines als von Willebrand-factor polymeriseren, waardoor diepe structurele parallellen worden getrokken tussen macromoleculaire assemblages die cruciaal zijn voor mucosale epithelia en het vaatstelsel.


NAG, FUC-moleculen in PDB-bestanden - Biologie

Momentopname van experimentele gegevens

  • Methode: RÖNTGENDIFFRACTIE
  • Resolutie: 2.70
  • R-waarde vrij: 0.287 
  • R-waarde werk: 0.231 
  • R-waarde waargenomen: 0.231 

wwPDB-validatie   3D-rapport Volledig rapport

Ontdekking van een junctioneel epitoop-antilichaam dat IL-6 en gp80-eiwit: eiwit-interactie stabiliseert en de stroomafwaartse signalering moduleert.

(2017) Sci Rep 7: 37716-37716

  • PubMed: 28134246  Zoeken op PubMedSearch op PubMed Central
  • DOI: 10.1038/srep37716
  • Primaire bronvermelding van gerelateerde structuren:  
    5FUC
  • PubMed Samenvatting: 

Eiwit: eiwit-interacties zijn fundamenteel in de homeostase van levende organismen. Hier introduceren we VHH6, een junctioneel epitoop-antilichaam dat in staat is om specifiek een neo-epitoop te herkennen wanneer twee eiwitten interageren, zij het tijdelijk, om een ​​complex te vormen. Er zijn orthogonale biofysische technieken gebruikt om de "junctionele epitoop"-aard van VHH6 te bewijzen, een kameelachtig antilichaam met een enkel domein dat het IL-6-gp80-complex herkent, maar niet de afzonderlijke componenten alleen.

Eiwit: eiwit-interacties zijn fundamenteel in de homeostase van levende organismen. Hier introduceren we VHH6, een junctioneel epitoop-antilichaam dat in staat is om specifiek een neo-epitoop te herkennen wanneer twee eiwitten interageren, zij het tijdelijk, om een ​​complex te vormen. Er zijn orthogonale biofysische technieken gebruikt om de "junctionele epitoop"-aard van VHH6 te bewijzen, een kameelachtig antilichaam met een enkel domein dat het IL-6-gp80-complex herkent, maar niet de afzonderlijke componenten alleen. Röntgenkristallografie, HDX-MS en SPR-analyse bevestigden dat de CDR-regio's van VHH6 gelijktijdig interageren met IL-6 en gp80, waardoor de twee eiwitten aan elkaar worden vergrendeld. Op cellulair niveau was VHH6 in staat om de respons van endotheelcellen op exogeen IL-6 te veranderen, waardoor een aanhoudend STAT3-fosforyleringssignaal, een accumulatie van IL-6 in blaasjes en een algemeen pro-inflammatoir fenotype verder ondersteund worden door transcriptomische analyse. Junctionele epitoop-antilichamen, zoals VHH6, bieden niet alleen nieuwe mogelijkheden voor screening en structuurondersteunde geneesmiddelenontdekking, maar kunnen ook worden gebruikt als therapieën om complexe eiwit:eiwit-interacties te moduleren.


NAG, FUC-moleculen in PDB-bestanden - Biologie

Momentopname van experimentele gegevens

  • Methode: RÖNTGENDIFFRACTIE
  • Resolutie: 2.66
  • R-waarde vrij: 0.272 
  • R-waarde werk: 0.244 
  • R-waarde waargenomen: 0.245 

wwPDB-validatie   3D-rapport Volledig rapport

Structurele basis van toll-like receptor 3 signalering met dubbelstrengs RNA.

(2008) Wetenschap & nbsp320: 379-381

  • PubMed: 18420935  Zoeken op PubMedSearch op PubMed Central
  • DOI: 10.1126/wetenschap.1155406
  • Primaire bronvermelding van gerelateerde structuren:  
    3CIG, 3CIY
  • PubMed Samenvatting: 

Toll-like receptor 3 (TLR3) herkent dubbelstrengs RNA (dsRNA), een moleculaire signatuur van de meeste virussen, en veroorzaakt ontstekingsreacties die virale verspreiding voorkomen. TLR3-ectodomeinen (ECD's) dimeriseren op oligonucleotiden met een lengte van ten minste 40 tot 50 basenparen, de minimale lengte die nodig is voor signaaltransductie.

Toll-like receptor 3 (TLR3) herkent dubbelstrengs RNA (dsRNA), een moleculaire signatuur van de meeste virussen, en veroorzaakt ontstekingsreacties die virale verspreiding voorkomen. TLR3-ectodomeinen (ECD's) dimeriseren op oligonucleotiden met een lengte van ten minste 40 tot 50 basenparen, de minimale lengte die nodig is voor signaaltransductie. Om de moleculaire basis voor ligandbinding en signalering vast te stellen, hebben we de kristalstructuur bepaald van een complex tussen twee TLR3-ECD's van muizen en dsRNA met een resolutie van 3,4 angstrom. Elke TLR3-ECD bindt dsRNA op twee plaatsen aan tegenovergestelde uiteinden van het TLR3-hoefijzer, en een intermoleculair contact tussen de twee TLR3-ECD C-terminale domeinen coördineert en stabiliseert het dimeer. Deze nevenschikking zou stroomafwaartse signalering kunnen bemiddelen door de cytoplasmatische Toll-interleukine-1-receptor (TIR) ​​-domeinen te dimeriseren. De algehele vorm van de TLR3-ECD verandert niet bij binding aan dsRNA.

Organisatorische affiliatie

Laboratorium voor Moleculaire Biologie, Nationaal Instituut voor Diabetes en Spijsverterings- en Nierziekten, National Institutes of Health, Bethesda, MD 20892, VS.


Biologische assemblages gerelateerd

Probleem: struct_asym_id in assembly/ in_chains genereert nieuwe struct_asym_id

De kolom in_chains bevat een nieuwe versie van struct_asym_id voor die specifieke assemblage en entiteit. De regel lijkt als volgt te zijn: in een gespecificeerde assemblage, voor die originele ketens, behoud je hun oorspronkelijke struct_asym_id voor die gerepliceerde ketens, genereer je een nieuwe struct_asym_id die de struct_asym_id van de originele keten voortzet, terwijl deze niet in botsing komt met de bestaande struct_asym_id in die assemblage (dwz de <entity3 van assembly3 PB PC><entity5's PA>, assembly2's <entity3's PA PC><entity5's PB>).

En ik ontdekte dat de ID van de keten geleverd door PDBe PISA API (dwz https://www.ebi.ac.uk/pdbe/api/pisa/interfacelist/2o2q/3) overeenkomt met de bovenstaande ID (tenminste in mijn gebruiksgevallen):

Omdat ik alle struct_asym_id in de asymmetrische eenheid en hun replicatieresultaat kan krijgen van mmCIF's _pdbx_struct_assembly_gen en _pdbx_struct_oper_list en ik hun model_id en rangorde kan afleiden:

Ik zou de automatische regel willen toepassen om overeenkomstige nieuwe struct_asym_id voor een gespecificeerde assemblage te genereren en deze in kaart te brengen met de interfacelijst die wordt geleverd door PISA API.

Het probleem is, wat is de automatische regel?

Gerelateerde problemen

    : Betere ondersteuning voor symmetrie in het structuurmodel : Biologische assemblage-uitbreiding: keten-ID's moeten beide operator-ID's bevatten in geval van binaire expressie
      : Assemblageketen-ID's voor gevallen met samengestelde operators in assemblage-uitbreiding

    Koolhydraat 3D-structuurvalidatie

    Typische problemen van koolhydraatgroepen in wwPDB-vermeldingen worden geïllustreerd.

    Er worden validatietools beschreven om deze problemen te identificeren.

    Er worden aanbevelingen gegeven om het aantal nieuwe uitgiften te verminderen.

    Benaderingen om onjuiste glycan 3D-structuren te corrigeren worden getoond.

    Glycoproteïnen en eiwit-koolhydraatcomplexen in de wereldwijde Protein Data Bank (wwPDB) kunnen een uitstekende informatiebron zijn voor glycowetenschappers. Helaas wordt een vrij groot aantal fouten en inconsistenties gevonden in de glycaandelen van deze 3D-structuren. Dit overzicht illustreert veelvoorkomende problemen van koolhydraatgroepen in wwPDB-vermeldingen, zoals problemen met de nomenclatuur, onjuiste N-glycaankernstructuren, ontbrekende of foutieve koppelingen of slechte glycaangeometrie, en beschrijft de koolhydraatspecifieke validatietools die zijn ontworpen om dergelijke problemen te identificeren. Er worden ook aanbevelingen gegeven om deze problemen te vermijden of om onjuiste structuren te corrigeren.


    Bekijk de video: Squid Game. Behind the Scene. Netflix (Januari- 2022).